Projektbeschreibung
Ein genauerer Blick auf die Zellidentität in Wirbeltiergenomen
Die Komplexität der Genome von Wirbeltieren stellt eine Herausforderung dar: Trotz Zehntausender von Genen werden nur wenige stabile Zelltypen gebildet. Wie diese Zelltypen kodiert werden, ist nach wie vor ein Rätsel. Genregulatorische Elemente, die die Genexpression steuern, sind von entscheidender Bedeutung, aber auch weniger konserviert als Gene und teils weit von ihren Zielgenen entfernt. Unterstützt über die Marie-Skłodowska-Curie-Maßnahmen wird im Projekt EvoDCode untersucht, wie genomische Sequenzen die Zellidentität im Pallium von Wirbeltieren bestimmen. Mit modernster Einzelzellsequenzierung und Modellen des maschinellen Lernens sollen im Rahmen des Projekts regulatorische Elemente und ihre Rolle in artspezifischen und konservierten Zelltypen kartiert werden, um neue Erkenntnisse für die Evolutionsbiologie und therapeutische Anwendungen zu gewinnen.
Ziel
Vertebrate genomes consist of tens of thousands of genes and yet they produce only a limited number of stable cell types. Our understanding of how cell types are encoded in the genome is still lacking. The expression of genes is controlled by gene regulatory elements, which are evolutionarily much less conserved than genes are and can be located far away in the genome. My main goal is to better understand how the genomic sequence underlies cell identity in the pallium across vertebrate species and I hypothesize that gene regulatory logic can be directly learned from the genomic sequence and used to predict cell types. Recent advances in the field of single cell sequencing have made the generation of large epigenomic datasets possible, while novel machine learning models like DNA language models are providing unprecedented insights into the regulatory logic of the genome. In addition, for many non-model species high quality reference genomes are becoming available as there is an increased awareness for the need to preserve biodiversity.
I will conduct single cell multiome sequencing, supplemented with low-cost single-cell ATAC-seq using the HyDrop platform - developed in the host-lab - to profile regulatory elements across cell types in the pallium from multiple species, including mammals, birds, lizards and fish. My experience in generating and annotating single cell data from the brain will aid in the analysis and alignment of the generated datasets. Next, I will use this data to study the relationships between the genome of a species and the identified cell types by training species-aware DNA language models and using these models to identify species-specific and conserved regulatory logic. These models will not only be interesting from an evolutionary perspective, but also aid in ongoing efforts to develop synthetic enhancers used to target highly specific cell types, which can be applied in many therapeutic applications.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik DNS
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Ökologie Ökosystem
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Zoologie Mammalogie
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Genom
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
9052 ZWIJNAARDE - GENT
Belgien
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.