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Decoding the transcriptomic programs that define human macrophage function.

Description du projet

Décrypter la régulation génétique du dysfonctionnement des macrophages dans l’inflammation chronique

Les macrophages sont des cellules immunitaires essentielles qui jouent un rôle clé dans la régulation de l’inflammation et l’homéostasie tissulaire. Des recherches ont révélé que les macrophages dérégulés influencent considérablement l’inflammation chronique, mais les mécanismes moléculaires sous-jacents à ce comportement restent flous. Soutenu par le programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet MACROCODE vise à élucider les mécanismes qui conduisent à l’altération de la fonction des macrophages lors d’une inflammation chronique. Pour ce faire, il perturbera les gènes des macrophages qui présentent une expression dérégulée dans les conditions inflammatoires chroniques et développera un cadre informatique pour relier ces gènes perturbés aux programmes transcriptomiques, aux fonctions cellulaires et aux phénotypes de la maladie. Enfin, cette étude permettra de valider des gènes clés en modulant leur expression afin d’évaluer leurs impacts sur la différenciation, l’identité et la fonction des macrophages.

Objectif

Macrophages are essential cells of the innate immune system, playing crucial roles in coordinating inflammatory responses and maintaining homeostasis. In cases of chronic inflammation, damaged tissues release abnormal signals that attract macrophages precursors to the local environment and drive macrophages toward a proinflammatory phenotype. This creates a feedback loop that sustains inflammation. The consequences to society are huge: chronic inflammatory diseases are among the leading causes of death and disability worldwide.

Recent single-cell multi-omics studies have identified dysregulated macrophages as central players in chronic inflammation, but the molecular mechanisms sustaining these responses remain poorly understood.

MACROCODE aims to unravel the molecular mechanisms governing the altered function of macrophages during chronic inflammation.

The specific aims of this project are:

1. Use CRISPR-Cas9 technology with single-cell read-outs to perturb genes in macrophages that show dysregulated expression between healthy and diseased states in chronic inflammatory conditions . Genes will be selected by creating an integrated single-cell transcriptomics atlas of macrophages in both health and disease.

2. Develop a computational framework using bioinformatics and AI tools to link these perturbed genes to transcriptomic programs, cellular functions and in vivo disease phenotypes.

3. Validate key genes by modulating their expression using dCas9-VPR or KRAB systems, and evaluate the effects on macrophage differentiation, identity and function.

Altogether, MACROCODE will decode the genetic regulation of macrophage dysfunction in chronic inflammation. This multidisciplinary project will equip me with advanced skills in genomics and bioinformatics, enhance my leadership and transferable skills, and prepare me for a future as an independent leader in the field of gene therapy for immune diseases.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

Mots‑clés

Programme(s)

Thème(s)

Régime de financement

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

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Appel à propositions

(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2024-PF-01

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Coordinateur

GENOME RESEARCH LIMITED LBG
Contribution nette de l'UE
€ 260 347,92
Adresse
WELLCOME SANGER INSTITUTE WELLCOME GENOME CAMPUS HINXTON
CB10 1SA SAFFRON WALDEN
Royaume-Uni
Région
East of England East Anglia Cambridgeshire CC
Type d’activité
Research Organisations
Liens
Coût total
Aucune donnée