Description du projet
Comprendre et prédire la ploïdie dans les pan-sarcomes
Les sarcomes sont des cancers rares qui se développent à partir de tissus mésenchymateux et qui se caractérisent par des profils génétiques complexes et une aneuploïdie généralisée. Les méthodes actuelles d’évaluation de la ploïdie tumorale, principalement par séquençage, présentent des limites en termes de précision, de coût et d’accessibilité. Soutenu par le programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet SImPloidy vise à développer une approche plus accessible et plus précise pour prédire la ploïdie des tumeurs à partir d’images de lames entières colorées à l’hématoxyline et à l’éosine (H&E). Le projet optimisera un modèle de segmentation des noyaux de cellules de sarcomes et de prédiction de la ploïdie au niveau d’un seul noyau, en validant la méthode par rapport aux normes existantes. S’appuyant sur un ensemble d’images provenant de plus de 40 types de sarcomes, il offrira un aperçu sans précédent de la ploïdie dans un large éventail de sarcomes.
Objectif
Sarcomas are a diverse group of rare cancers that originate from mesenchymal tissues. The rarity and intrinsic genetic complexity of sarcoma have made it one of the most challenging tumours to diagnose and consequently, to treat. A key genetic characteristic of many sarcoma subtypes is aneuploidy. Aneuploidy is defined by losses and gains of chromosomes, and is a prognostic marker for a variety of sarcomas. Currently, tumour ploidy are most commonly estimated using copy number alteration calling software on whole-exome and whole-genome sequencing data. However, the unsatisfactory accuracy, economic costs, infrastructure requirements, lack of trained personnel in interpreting the results is still an impediment to global adoption of these techniques for routine use, particularly in less developed economies.
The goal of this research is to develop a more accessible and more accurate approach for predicting tumour ploidy based on Hematoxylin and Eosin (H&E) stained whole slide images. The specific aims of the project are to 1) optimise a nucleus segmentation model for annotating sarcoma nuclei in H&E images, and predict tumour ploidy at single-nucleus level, 2) thoroughly validate image ploidy and systemically compare it with existing ploidy estimation methods, 3) evaluate the diagnostic and prognostic value of the image ploidy, and investigate its underlying biological mechanisms in pan-sarcoma.
This work will be carried out at University College London and the Royal National Orthopaedic Hospital, under the supervision of Prof. Adrienne Flanagan and Dr. Nischalan Pillay. The host labs have collected and scanned whole slide images of more than 40 types of bone and soft tissue sarcomas from more than 8000 cases, of which 1,600 cases have paired WGS and transcriptome sequencing. The access to this unique dataset will give an unprecedented opportunity to study ploidy at single-nucleus level in pan-sarcoma.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles informatique et science de l'information logiciel
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ARN transcriptomes
- sciences médicales et de la santé médecine clinique oncologie
- sciences médicales et de la santé médecine fondamentale pathologie
- sciences naturelles sciences biologiques génétique chromosome
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
WC1E 6BT London
Royaume-Uni
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.