Projektbeschreibung
Verständnis und Vorhersage der Ploidie bei Sarkomen
Sarkome sind seltene Krebsarten, die aus mesenchymalem Gewebe entstehen und durch komplexe genetische Profile und weit verbreitete Aneuploidie gekennzeichnet sind. Die heute üblichen Methoden zur Bewertung der Tumorploidie, vor allem durch Sequenzierung, stoßen in Bezug auf Genauigkeit, Erschwinglichkeit und Zugänglichkeit an Grenzen. Das Ziel des innerhalb der Marie-Skłodowska-Curie-Maßnahmen unterstützten Projekts SImPloidy besteht darin, einen leichter zugänglichen und genaueren Ansatz zur Vorhersage der Tumorploidie anhand von Hämatoxylin- und Eosin-gefärbten Objektträgerdarstellungen zu entwickeln. Im Rahmen des Projekts wird ein Modell zur Segmentierung von Sarkomzellkernen und zur Vorhersage der Ploidie auf Einzelkernebene optimiert sowie die Methode anhand vorhandener Normen validiert. Auf der Grundlage eines Datensatzes mit Bildern von mehr als vierzig Sarkomtypen werden beispiellose Einblicke in die Ploidie bei einem breiten Spektrum von Sarkomen geboten.
Ziel
Sarcomas are a diverse group of rare cancers that originate from mesenchymal tissues. The rarity and intrinsic genetic complexity of sarcoma have made it one of the most challenging tumours to diagnose and consequently, to treat. A key genetic characteristic of many sarcoma subtypes is aneuploidy. Aneuploidy is defined by losses and gains of chromosomes, and is a prognostic marker for a variety of sarcomas. Currently, tumour ploidy are most commonly estimated using copy number alteration calling software on whole-exome and whole-genome sequencing data. However, the unsatisfactory accuracy, economic costs, infrastructure requirements, lack of trained personnel in interpreting the results is still an impediment to global adoption of these techniques for routine use, particularly in less developed economies.
The goal of this research is to develop a more accessible and more accurate approach for predicting tumour ploidy based on Hematoxylin and Eosin (H&E) stained whole slide images. The specific aims of the project are to 1) optimise a nucleus segmentation model for annotating sarcoma nuclei in H&E images, and predict tumour ploidy at single-nucleus level, 2) thoroughly validate image ploidy and systemically compare it with existing ploidy estimation methods, 3) evaluate the diagnostic and prognostic value of the image ploidy, and investigate its underlying biological mechanisms in pan-sarcoma.
This work will be carried out at University College London and the Royal National Orthopaedic Hospital, under the supervision of Prof. Adrienne Flanagan and Dr. Nischalan Pillay. The host labs have collected and scanned whole slide images of more than 40 types of bone and soft tissue sarcomas from more than 8000 cases, of which 1,600 cases have paired WGS and transcriptome sequencing. The access to this unique dataset will give an unprecedented opportunity to study ploidy at single-nucleus level in pan-sarcoma.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Informatik und Informationswissenschaften Software
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik RNS Transkriptome
- Medizin- und Gesundheitswissenschaften Klinische Medizin Onkologie
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Chromosom
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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(öffnet in neuem Fenster) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
WC1E 6BT LONDON
Vereinigtes Königreich
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.