Objetivo
Understanding, predicting and engineering protein-protein interaction (PPI) affinity and specificity is a key problem in molecular biology. In particular, we do not know how sequence-to-affinity encoding works at a quantitative and mechanistic level and we cannot predict and engineer the effects of mutations on PPIs. To tackle this problem, we need to generate large amounts of quantitative biophysical measurements. Until now this was not possible due to the low throughput of classic biophysics techniques. Here we propose to expand high-throughput deep mutational scanning (DMS) methodology to quantify the effects of tens of millions of mutations on hundreds of PPIs.
To generate a dataset of sufficient size and diversity to train models to predict changes in binding affinity from sequence, we will perform combinatorial trans mutagenesis by combining single mutants in the interaction interface of each partner of a given PPI and quantify the change in binding using a highly-validated protein complementation assay (PCA). To establish the platform, we will first focus on mutating PPIs of the KRAS oncoprotein. We will then scale up this approach to mutate at least one hundred structurally diverse PPIs. The resulting dataset will be of unprecedented size and standardisation, serving as a landmark reference dataset for us and others to train and evaluate models to predict the effects of mutations on interaction affinity. These data and models should transform our ability to understand clinical variants affecting PPIs and allow us to better understand, drug and engineer PPIs critical for medicine and biotechnology.
“DeepScalePPIs” will be supervised by Prof. Ben Lehner (CRG, Barcelona), whose group has pioneered the use of deep mutagenesis to understand protein structures, dynamics and interactions. In this unique environment I will be able to learn and combine knowledge from different fields s as genomics, systems biology, biophysics and computational biology.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas
- ciencias naturales ciencias biológicas genética mutación
- ciencias naturales ciencias biológicas biofísica
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMA PRINCIPAL
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
08003 Barcelona
España
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.