Description du projet
La propagation des plasmides et de la résistance aux antibiotiques
Les bactéries ont développé des mécanismes de défense sophistiqués contre les virus envahisseurs. Les plasmides, de petites molécules d'ADN qui transportent et transmettent des gènes de résistance aux antibiotiques entre les bactéries, doivent eux aussi échapper à ces systèmes de défense lors de leur transfert. Or, leurs processus précoces et les mécanismes sous-jacents demeurent mal compris. Le projet DEFCONJ, financé par le CER,concentre ses efforts sur les éléments anti-défensifs présents sur les plasmides eux-mêmes et qui s'activent lors du transfert. Les chercheurs feront appel à l'apprentissage automatique, à des analyses structurelles et à des expériences fonctionnelles pour caractériser ces systèmes et déterminer comment ils neutralisent collectivement les défenses bactériennes. Les résultats de ce projet renforceront notre compréhension de la propagation de la résistance aux antibiotiques et contribueront à la conception de nouveaux outils destinés à la biologie synthétique et aux applications cliniques.
Objectif
The microbial world's genomic arms race spurred a remarkable diversity of defense and anti-defense mechanisms, with CRISPR-Cas and anti-CRISPR systems as prime examples that revolutionized genome editing. Recent years have seen a surge in the discovery of bacterial anti-phage systems and their viral countermeasures, yet little is known about how plasmids—key vectors of antibiotic resistance—overcome host defenses. Our lab recently found that plasmids' leading regions, the first to enter recipient cells, harbor diverse anti-defense systems vital for efficient conjugation. This sets the stage for in-depth studies of plasmid-encoded anti-defenses (PEADs), significantly advancing our understanding of conjugation, with far-reaching implications for clinical and biotechnological applications.
Here, we will explore PEADs through three interconnected aims. In Aim 1 we will develop machine-learning and language model approaches, complemented by structural analyses, to identify and characterize putative PEADs from extensive genomic and metagenomic databases. This will be followed by functional testing in both targeted and high-throughput assays. In Aim 2 we will elucidate PEAD regulation, including early expression from single-stranded promoters and unique mechanisms for transient expression, integrating state-of-the-art computational approaches with in vitro transcription and conjugation efficiency assays. In Aim 3 we will determine how multiple PEADs function in concert to counteract multilayered defenses, informing the design of tailored plasmid-leading regions for efficient DNA transfer to targeted bacteria. DEFCONJ tackles a fundamental question: how do plasmids achieve efficient conjugation despite host defenses? Beyond transforming our understanding of the plasmid-host arms race, this research will advance our comprehension of antimicrobial resistance dissemination, while paving the way for powerful new tools for clinical and synthetic biology applications.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles informatique et science de l'information bases de données
- sciences naturelles sciences biologiques microbiologie bactériologie
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) ERC-2025-COG
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
69978 Tel Aviv
Israël
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.