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Plasmonic nanopore technologies for automatic manipulation and Raman spectroscopic sequencing of single proteins

Description du projet

Lire la séquence d’une protéine, acide aminé par acide aminé

Les protéines sont la clé de la compréhension des maladies et de leurs traitements. Si les protéines pouvaient être séquencées aussi facilement que l’ADN, la médecine s’en trouverait transformée. Dans ce contexte, le projet RamanProSeq, financé par le CEI, va créer une plateforme de séquençage à molécule unique, sans étiquette, intégrant des capteurs renforcés par des plasmons qui amplifient les signaux lumineux, ce qui permet une détection à haute résolution des peptides individuels. Le système identifie la séquence de la protéine et cartographie les modifications qui déterminent les mécanismes biologiques et l maladie. Cette approche à haut débit et à faible coût fait entrer la protéomique dans la pratique clinique et la met sur un pied d’égalité avec la génomique et la transcriptomique.

Objectif

The human proteome offers unprecedented insights into health, diseases and treatment. The current protein detection techniques are either expensive, insensitive, complex or introduce biases. Meanwhile, no amplification methods for proteins exist, which complicates their detection and leads to a serious lag of proteomics behind genomics and transcriptomics, hampering not only mechanistic studies but also clinical applications. The RamanProSeq project aims to develop a label-free optical single-molecule protein sequencing technology capable of reading protein primary sequence at single-amino-acid resolution with high accuracy (>99.9%). The proposed technology will revolutionise the field of proteomics towards personalized medicine and early diagnosis of diseases. The project will be based on the partners' approaches: ultrafast Raman spectroscopy with 1 microsecond time resolution and plasmonic nanopore-enhanced Raman sensors that have demonstrated single-molecule identification of 20 proteogenic amino acids, their post-translational modifications and discrimination of single amino acid residues within single peptides. Such achievement has addressed the long-standing challenge of current single-molecule technologies that cannot detect all 20 proteinogenic amino acids. Based on these approaches, the RamanProSeq project will integrate solid-state nanopores with a high-speed Raman detection system, an automated control system, computer simulations, and advanced Raman-based bioinformatics. The output of the project will be a novel nanopore-based device that will be used to sequence individual proteins at low concentrations and with high accuracy. The project will enable low cost, high resolution and high throughput in single-protein sequencing for a broad range of applications in life science and beyond.

Champ scientifique (EuroSciVoc)

Mots‑clés

Programme(s)

Thème(s)

Régime de financement

HORIZON-EIC - HORIZON EIC Grants

Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme de financement

Appel à propositions

(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-EIC-2025-PATHFINDEROPEN

Voir tous les projets financés au titre de cet appel

Coordinateur

OULUN YLIOPISTO
Contribution nette de l'UE
€ 743 903,75
Adresse
PENTTI KAITERAN KATU 1
90014 Oulu
Finlande
Région
Manner-Suomi Pohjois- ja Itä-Suomi Pohjois-Pohjanmaa
Type d’activité
Higher or Secondary Education Establishments
Liens
Coût total
€ 743 903,75

Participants (5)