Objectif
MODIFy (Multi-Omic study of transcription factor Dose-Induced cell Fate) is a multimodal experimental and computational project aimed at dissecting the interplay between human genetic variability and transcription factor (TF) dose in the context of human induced pluripotent stem cell (hiPSC) differentiation.
Transcription factors (TFs) establish a cell’s gene expression profile, and their overexpression can induce cell state and even cell identity changes such as reprogramming of human somatic cells into hiPSCs. hiPSCs can then be differentiated into specific cell types for therapeutic purposes. However, hiPSC differentiation is highly heterogeneous and inefficient. This is due to molecular complexities including variability in the expression levels of the inducing TFs and differences in pluripotency among hiPSC lines, which can be driven by genetic variation.
MODIFy aims to dissect the determinants of hiPSC differentiation heterogeneity by studying the interplay between TF expression level (dose) and genetic background at the single cell level. To this end, I will build on scTF-seq, a method developed in the Deplancke lab that enables systematic assessment of TF-induced cell state transitions across a wide dose range with single cell RNA sequencing (scRNA-seq). I will extend scTF-seq by incorporating a multimodal readout that combines transcriptomic and chromatin accessibility profiling, and apply it to genetically different hiPSC lines. This will allow me to decipher the gene regulatory networks activated at different TF doses and uncover how genetic variation influences them by modulating TF dose sensitivity. By combining my experience in in vitro differentiation, method development and bioinformatics with the expertise of Prof. Deplancke’s lab in scRNA-seq this project will yield fundamental insights into how TF dose and genotype interact to control cell fate,ultimately guiding improved strategies for cell engineering across diverse human genetic background.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences médicales et de la santé biotechnologie médicale technologies cellulaires cellule souche
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ARN
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2025-PF
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
1015 Lausanne
Suisse
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.