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PANDORA: Phylogeny-Aware Network Discovery of Microbial Roles and Annotation

Description du projet

Décoder l’ADN fragmenté des microbes de notre planète

Les microbes agissent comme des moteurs invisibles de la Terre en assurant le cycle des nutriments essentiels et en régulant le climat. Cependant, le fonctionnement de leurs gènes reste mystérieux. Les méthodes d’analyse traditionnelles ne parviennent pas à décrypter cette «matière noire microbienne», car l’ADN prélevé dans la nature est généralement fragmenté. Soutenu par le programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet PANDORA vise à développer un outil intelligent d’apprentissage automatique, entraîné sur des milliers de génomes complets, afin de comprendre comment les gènes coopèrent. Cette approche permet de prédire avec précision la fonction des gènes malgré la fragmentation des données. Les chercheurs cartographieront l’évolution microbienne et détermineront à quel moment des caractéristiques telles que la respiration et la résistance aux antibiotiques sont apparues pour la première fois. Ils lanceront également une bibliothèque de modèles à grande échelle en accès ouvert. L’exploitation de ces données génomiques favorisera la mise au point de nouvelles enzymes industrielles et améliorera les modèles climatiques en clarifiant la manière dont les microbes assurent le cycle mondial des nutriments.

Objectif

"Microbes are the hidden engines of our planet, yet the function of most of their genes remains a mystery (the ""microbial dark matter""). Our understanding is held back because we typically recover only incomplete genomes from nature, making traditional analysis methods unreliable. This project will build PANDORA, a powerful predictive tool designed to overcome this fundamental barrier. PANDORA uses a phylogenetically-aware machine learning approach, trained on thousands of complete genomes, to learn the complex rules of which genes work together. This unique method allows it to accurately predict gene function even in fragmented data, distinguishing a truly absent gene from one that is simply missing. The project will: 1. Create the first large-scale, open-access library of predictive models for the global scientific community. 2. Discover the roles of thousands of unknown genes, generating a public roadmap for future biological research. 3. Reconstruct a timeline of microbial evolution, revealing when key processes like respiration and antibiotic resistance first emerged on Earth. By turning genomic data into functional knowledge, PANDORA will accelerate discovery. Its applications will advance Europe's bioeconomy through the discovery of novel enzymes, support public health by identifying new targets to combat antimicrobial resistance, and improve climate models by clarifying the role of microbes in global nutrient cycles."

Champ scientifique (EuroSciVoc)

Mots‑clés

Programme(s)

Thème(s)

Régime de financement

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

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Appel à propositions

(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2025-PF

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Coordinateur

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Contribution nette de l'UE
€ 292 118,88
Adresse
Raemistrasse 101
8092 Zuerich
Suisse
Région
Schweiz/Suisse/Svizzera Zürich Zürich
Type d’activité
Higher or Secondary Education Establishments
Liens
Coût total
Aucune donnée