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PANDORA: Phylogeny-Aware Network Discovery of Microbial Roles and Annotation

Descrizione del progetto

Decodificare il DNA frammentato dei microbi del nostro pianeta

I microbi fungono da motori nascosti che animano la Terra, favorendo il riciclo dei nutrienti essenziali e regolando il clima. Tuttavia, il funzionamento dei loro geni rimane un mistero. L’analisi tradizionale non riesce a decifrare questa «materia oscura microbica» perché il DNA prelevato dall’ambiente naturale è solitamente frammentato. Con il sostegno del programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, il progetto PANDORA mira a sviluppare uno strumento intelligente di apprendimento automatico, addestrato su migliaia di genomi completi, per comprendere come i geni interagiscono tra loro. Questo approccio consente di prevedere con precisione la funzione dei geni nonostante la frammentarietà dei dati. I ricercatori tracceranno una mappa dell’evoluzione microbica, rivelando quando sono comparsi per la prima volta tratti quali la respirazione e la resistenza agli antibiotici. Introdurranno inoltre una vasta libreria di modelli ad accesso libero. Sbloccare questi dati genomici consentirà di sviluppare nuovi enzimi industriali e di migliorare i modelli climatici, chiarendo il modo in cui i microbi contribuiscono al ciclo globale dei nutrienti.

Obiettivo

"Microbes are the hidden engines of our planet, yet the function of most of their genes remains a mystery (the ""microbial dark matter""). Our understanding is held back because we typically recover only incomplete genomes from nature, making traditional analysis methods unreliable. This project will build PANDORA, a powerful predictive tool designed to overcome this fundamental barrier. PANDORA uses a phylogenetically-aware machine learning approach, trained on thousands of complete genomes, to learn the complex rules of which genes work together. This unique method allows it to accurately predict gene function even in fragmented data, distinguishing a truly absent gene from one that is simply missing. The project will: 1. Create the first large-scale, open-access library of predictive models for the global scientific community. 2. Discover the roles of thousands of unknown genes, generating a public roadmap for future biological research. 3. Reconstruct a timeline of microbial evolution, revealing when key processes like respiration and antibiotic resistance first emerged on Earth. By turning genomic data into functional knowledge, PANDORA will accelerate discovery. Its applications will advance Europe's bioeconomy through the discovery of novel enzymes, support public health by identifying new targets to combat antimicrobial resistance, and improve climate models by clarifying the role of microbes in global nutrient cycles."

Campo scientifico (EuroSciVoc)

Parole chiave

Programma(i)

Argomento(i)

Meccanismo di finanziamento

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

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Invito a presentare proposte

(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2025-PF

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Coordinatore

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Contributo netto dell'UE
€ 292 118,88
Indirizzo
Raemistrasse 101
8092 Zuerich
Svizzera
Regione
Schweiz/Suisse/Svizzera Zürich Zürich
Tipo di attività
Higher or Secondary Education Establishments
Collegamenti
Costo totale
Nessun dato