Description du projet
Comprendre l’adaptation des lignées de S. Typhimurium
Salmonella enterica sérovar Typhimurium ST313 Lignée 3 (L3) est une lignée pan-sensible récemment décrite où la Salmonella invasive non typhoïdique cause environ 77 500 décès par an. Cela remet en question l’idée reçue selon laquelle la résistance aux antibiotiques est le principal facteur de succès des agents pathogènes. Soutenu par le programme Actions Marie Skłodowska-Curie, le projet ATLAS étudiera pourquoi L3 prospère malgré l’absence de résistance aux antimicrobiens, en combinant des analyses phénogénomiques, génomiques fonctionnelles et multi-omiques pour comparer les isolats L2 et L3. Se concentrant sur les souches L3 circulantes, ce travail permettra de découvrir les mécanismes de virulence spécifiques à L3 et de créer un atlas en libre accès de l’évolution de ST313 afin d’évaluer si l’efficacité métabolique et l’évasion immunitaire peuvent surpasser la résistance aux antibiotiques dans le succès bactérien.
Objectif
The ATLAS project tackles a critical paradox in bacterial evolution: the rise of pan-susceptible S. Typhimurium ST313 Lineage 3 (L3), which is displacing multidrug-resistant Lineage 2 (L2) across sub-Saharan Africa, a region where invasive non-typhoidal Salmonella causes around 77,500 deaths annually. This phenomenon challenges the prevailing view that antibiotic resistance is the main driver of pathogen success. Building on the host laboratory’s discovery of L3 and preliminary evidence of its hyper-replication in macrophages, ATLAS seeks to uncover why L3 thrives despite lacking antimicrobial resistance.
ATLAS employs a uniquely integrative strategy combining phenogenomics, functional genomics, and multi-omics analyses. We will compare L2 and L3 isolates using parallel workflows: phenotypic assays and pangenome analysis (WP1), coupled with dual RNA-seq, Tn-seq during macrophage infection, and integration with genome-scale metabolic models (WP2). These datasets will converge in WP3 through GWAS and a comprehensive comparative network analysis to reveal the mechanisms driving lineage replacement. This integrated approach is essential to capture the interplay of virulence, metabolism, and immune evasion, factors invisible to single-method studies.
By focusing on circulating L3 strains and applying simultaneous multi-omics integration, ATLAS moves beyond prior studies limited to early isolates and sequential analyses. Leveraging the host lab’s optimized protocols, Tn-seq libraries, and transcriptomic resources, the project will generate transformative insights: L3-specific virulence mechanisms and metabolic adaptations enabling systemic infection will be mapped, creating at the same time an open-access atlas of ST313 evolution. This resource will shift the field from descriptive observation to predictive frameworks, providing the basis to determine whether metabolic efficiency and immune evasion can outweigh antibiotic resistance in bacterial success.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
PROGRAMME PRINCIPAL
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) HORIZON-MSCA-2025-PF
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
L69 7ZX LIVERPOOL
Royaume-Uni
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.