Projektbeschreibung
Anpassung der S. Typhimurium-Linien verstehen
Salmonella enterica Serovar Typhimurium ST313, Linie 3 (L3), ist eine kürzlich beschriebene, in allen Bereichen empfindliche Linie, bei der invasive nicht-typhöse Salmonellen jährlich etwa 77 500 Todesfälle verursachen. Damit wird die Annahme in Frage gestellt, dass Antibiotikaresistenz den Hauptfaktor für den Erfolg von Krankheitserregern bildet. Das Team des innerhalb der Marie-Skłodowska-Curie-Maßnahmen unterstützten Projekts ATLAS untersucht, warum L3 trotz fehlender Antibiotikaresistenz gedeiht. Dabei werden Phänogenomik, funktionelle Genomik und Multiomik-Analysen kombiniert, um L2- und L3-Isolate zu vergleichen. Unter Fokussierung auf zirkulierende L3-Stämme werden mit dieser Arbeit L3-spezifische Virulenzmechanismen aufgedeckt und ein frei zugänglicher Atlas der ST313-Evolution erstellt, um zu bewerten, ob metabolische Effizienz und die Umgehung des Immunsystems für den Erfolg von Bakterien wichtiger als Antibiotikaresistenz sein können.
Ziel
The ATLAS project tackles a critical paradox in bacterial evolution: the rise of pan-susceptible S. Typhimurium ST313 Lineage 3 (L3), which is displacing multidrug-resistant Lineage 2 (L2) across sub-Saharan Africa, a region where invasive non-typhoidal Salmonella causes around 77,500 deaths annually. This phenomenon challenges the prevailing view that antibiotic resistance is the main driver of pathogen success. Building on the host laboratory’s discovery of L3 and preliminary evidence of its hyper-replication in macrophages, ATLAS seeks to uncover why L3 thrives despite lacking antimicrobial resistance.
ATLAS employs a uniquely integrative strategy combining phenogenomics, functional genomics, and multi-omics analyses. We will compare L2 and L3 isolates using parallel workflows: phenotypic assays and pangenome analysis (WP1), coupled with dual RNA-seq, Tn-seq during macrophage infection, and integration with genome-scale metabolic models (WP2). These datasets will converge in WP3 through GWAS and a comprehensive comparative network analysis to reveal the mechanisms driving lineage replacement. This integrated approach is essential to capture the interplay of virulence, metabolism, and immune evasion, factors invisible to single-method studies.
By focusing on circulating L3 strains and applying simultaneous multi-omics integration, ATLAS moves beyond prior studies limited to early isolates and sequential analyses. Leveraging the host lab’s optimized protocols, Tn-seq libraries, and transcriptomic resources, the project will generate transformative insights: L3-specific virulence mechanisms and metabolic adaptations enabling systemic infection will be mapped, creating at the same time an open-access atlas of ST313 evolution. This resource will shift the field from descriptive observation to predictive frameworks, providing the basis to determine whether metabolic efficiency and immune evasion can outweigh antibiotic resistance in bacterial success.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) HORIZON-MSCA-2025-PF
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
L69 7ZX LIVERPOOL
Vereinigtes Königreich
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.