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BRIDGE: Uncovering the biological relevance of non-paralogous gene-gene loops in coordinating transcription and function across neurons and other cell types

Projektbeschreibung

Charakterisierung der Funktion nicht-paraloger Gen-Gen-Schleifen

Jüngste Forschungen zur 3D-Genomarchitektur zeigen, dass bestimmte Gene über große genomische Entfernungen hinweg physikalisch miteinander interagieren. Es bleibt jedoch unklar, ob diese Wechselwirkungen die Aktivität über mehrere Gene hinweg koordinieren. Das durch die Marie Skłodowska-Curie-Maßnahmen geförderte BRIDGE-Projekt zielt darauf ab, zu untersuchen, wie physische Wechselwirkungen zwischen weit voneinander entfernten, nicht-paralogen Genen (Gen-Gen-Schleifen) Transkriptionsprogramme beeinflussen und ob sie ausschließlich in Neuronen auftreten. Zu diesem Zweck werden langreichweitige, paarweise Genkontakte in Neuronen der Fruchtfliege und anderen Zelltypen untersucht, um zu prüfen, ob sie die Gentranskription und -funktion koordinieren. Die Ergebnisse könnten neue Krankheitsmechanismen bei Säugetieren aufdecken und erklären, wie Genomstrukturen mehrere Gene regulieren, was zur Entdeckung fortschrittlicher Gentherapien führen könnte.

Ziel

Gene transcription is tightly controlled by regulatory elements in the genome. While most act locally, distant regulatory elements are increasingly recognized as key contributors to gene control, revising our fundamental understanding of how regulatory interactions are organized in genomes. Recent three-dimensional (3D) genome folding studies showed that some genes form specific, long-range physical contacts with other gene loci. However, whether such contacts coordinate multi-gene activity remains unknown.

My BRIDGE (Biological Regulation of Interacting Distant GEnes) project investigates ultra-long-range, pairwise gene contacts recently discovered in fly neurons. These gene pairs are not known to function together but engage in highly specific and conserved contacts. Using the simplicity of these contacts and their suitability for in vivo manipulation, this project will test whether these distant gene contacts coordinate gene transcription and function in neurons and other cell types.

Through genome engineering, chromatin imaging, genomics and genetic assays, I will disrupt or rewire these contacts (WP1-3) and analyze their biological impact. WP4 will explore whether these contacts extend beyond neurons by comparing 3D genome organization across four differentiated cell types from all germ layers.

BRIDGE will determine whether long-range gene tethering is a neuron-specific or broader regulatory mechanism. It may also uncover novel functional synergies between mammalian disease-relevant homologs of the studied genes. More broadly, BRIDGE will deepen our understanding of how genome organization enables multi-gene regulation, with long-term implications for developing gene therapies targeting gene networks. It will also provide interdisciplinary training and career development to support my transition to independent research at the interface of 3D genomics and gene regulation.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

Schlüsselbegriffe

Programm/Programme

Thema/Themen

Finanzierungsplan

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

(öffnet in neuem Fenster) HORIZON-MSCA-2025-PF

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Koordinator

UNIVERSITE DE LAUSANNE
Netto-EU-Beitrag
€ 307 958,88
Adresse
QUARTIER UNIL CENTRE - BATIMENT UNICENTRE
1015 LAUSANNE
Schweiz
Region
Schweiz/Suisse/Svizzera Région lémanique Vaud
Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Links
Gesamtkosten
Keine Daten