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Atomic-resolution cryo-electron ptychography for structural biology

Descrizione del progetto

Immagini a risoluzione atomica di piccole biomolecole

Determinare la struttura tridimensionale delle molecole biologiche a risoluzione atomica è fondamentale per comprenderne la funzione e progettare terapie efficaci. Sebbene la microscopia crioelettronica abbia rivoluzionato la biologia strutturale, non è ancora in grado di risolvere molecole di dimensioni inferiori a 50 kDa. Con il sostegno del programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, il progetto CryoBioPtycho si propone di affrontare questa sfida attraverso la pticografia crioelettronica, una tecnica di immaginografia avanzata in grado di ricostruire strutture molecolari con un ottimo livello di dettaglio e chiarezza. Il gruppo di ricerca combinerà parametri di imaging ottimizzati con algoritmi computazionali avanzati di ricostruzione per ottenere informazioni strutturali su bersagli precedentemente inaccessibili. Secondo le previsioni, la piattaforma generata avrà ampie implicazioni per la progettazione di farmaci e la biotecnologia.

Obiettivo

This project aims to establish an automated cryo-electron ptychography (cryo-EP) workflow to achieve atomic-resolution (better than 4 Å) structural determination of biological macromolecules, including those under 50 kDa, which remain beyond the reach of conventional cryo-electron microscopy (cryo-EM). Cryo-EP offers superior contrast transfer and defocus tolerance compared to mainstream cryo-EM and cryo-integrated differential phase contrast (cryo-iDPC), yet its application in structural biology is hindered by challenges such as low-dose data acquisition, probe position inaccuracies, motion blur, and lack of integrated software.
To address these limitations, we propose a multidisciplinary approach combining optimized electron-optical parameters, dose-fractionated acquisition, multi-convergence semi-angle (multi-CSA) imaging, and robust computational reconstruction algorithms. The project will develop an automated, open-source software pipeline for data acquisition and processing, leveraging state-of-the-art cryo-electron microscopes (e.g. Titan Krios G4, BIOTOOL system operating at liquid helium temperature), high-speed detectors (e.g. Dectris Arina, TimePix) and high-performance computing resources. Validation will be performed on benchmark samples (e.g. TMV, apoferritin) and extended to challenging targets such as hemoglobin (60 kDa) and fetuin A (40 kDa).
By overcoming current technical barriers, this project will enable high-resolution structural insights into previously inaccessible biomolecules, with broad implications for drug design, biotechnology, and fundamental biology. The outcomes will be disseminated through open-access publications, software releases, and public engagement, ensuring wide adoption and sustainability within the structural biology community.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

Parole chiave

Programma(i)

Argomento(i)

Meccanismo di finanziamento

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

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Invito a presentare proposte

(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2025-PF

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Coordinatore

FORSCHUNGSZENTRUM JULICH GMBH
Contributo netto dell'UE
€ 202 125,12
Costo totale
Nessun dato