Objetivo
We propose here an exhaustive analysis of the genome, exome, methylome and transcriptome of primary tumours and metastases from patients with colon carcinoma, based on a combination of deep sequencing and chip based techniques. Dependent on their availability, we shall also perform analyses of tumor stem cells, circulating tumor cells, free tumor DNA in serum and xenografts derived from the same patients. This will be complemented by the development and application of highly sensitive techniques to identify individual mutations, transcripts and proteins/protein complexes both in-situ in pathology slides as well as in patients’ blood or serum. The integration of these results will allow us to address the heterogeneity of the tumor samples, to deduce the genome/epigenome/transcriptome of the different cell types making up or originating from the tumor (e.g. circulating tumor cells, tumour stem cells or xenografts), to establish models able to predict suitable candidates for further biomarker development, and also to predict the effects and side effects of drugs in the treatment of genetically defined groups of patients. Available biomarkers, as well as biomarkers predicted from the work within the project will be validated in patient derived xenograft models and stem cell cultures, and ultimately transferred into a point of care (POC) diagnostic format. In parallel we will explore the use of the global genome and methylome information, e.g. derived from the analysis of free tumor DNA in the serum of the patient, as the ‘ultimate’ biomarker, to model the biology of the tumor (possibly even before any tumor has been localised), and as an independent route to predict clinically relevant parameters. Though sequencing/methylation analysis of the genome of the tumor through free DNA is currently still too costly for use as a routine diagnostic, this is likely to change over the period covered by the grant, due to the extremely rapid progress in the development of large scale sequencing techniques.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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- ciencias naturales ciencias biológicas genética ADN
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas
- ciencias médicas y de la salud biotecnología médica tecnologías celulares células madre
- ciencias médicas y de la salud medicina básica patología
- ciencias naturales ciencias biológicas genética genoma
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
IMI-JU-02-2009
Consulte otros proyectos de esta convocatoria
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
JTI-CP-IMI - Joint Technology Initiatives - Collaborative Project (IMI)
Coordinador
13353 Berlin
Alemania
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Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.
Participantes (21)
80539 MUNCHEN
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751 05 Uppsala
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WC1E 6BT LONDON
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69006 Lyon
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12489 Berlin
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91405 ORSAY CEDEX
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13125 Berlin
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10117 Berlin
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8010 GRAZ
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01069 Dresden
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La participación finalizó
80333 Muenchen
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151 85 Sodertaelje
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55218 Ingelheim
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2340 Beerse
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64293 Darmstadt
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CT13 9NJ Sandwich
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4070 Basel
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RG21 4FA Basingstoke
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10691 Stockholm
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08035 Barcelona
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14195 Berlin
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