Objetivo
Recent studies show that protein function is not only determined by the static folded three-dimensional structure, but also by the distribution of the populations of its conformational sub-states within different environments. A detailed investigation of interacting protein interfaces requires - beyond the knowledge of their structure - information about their flexibility and the range of accessible conformations of the native state and complexed states. Additionally, successful protein structure prediction has demonstrated the suitability of “building blocks” (prototype fragments) as embodiment of local biological and physicochemical features. It is expected that the overall dynamics of protein structures can similarly be assembled from fragment flexibilities embedded in a known protein fold. Therefore this proposal focuses on developing a fast fragment-based method to predict the dynamics of a native or designed protein structure, which will be used to determine or define function in interaction networks and binding specificity in protein-ligand complexes. Specifically, the dynamics of prototypical fragments from a representative protein set will be sampled by molecular simulations; a flexibility predictor will be designed, implemented using Hidden Markov Model (HMM) and trained on dynamic profiles of the prototypical fragments; by using the flexibility predictor protein-protein and protein-ligand interactions will be investigated. For protein-protein interactions the flexibility of all known high-resolution protein structures will be predicted and made publicly available. To study flexibility as determinant of ligand-binding specificity, comparisons between the conformational sub-space of protein-ligand complexes and the space of all accessible conformations of the unbound components will be performed.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
FP7-PEOPLE-2007-2-1-IEF
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
W1B 1AL LONDON
Reino Unido
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.