Obiettivo
Recent studies show that protein function is not only determined by the static folded three-dimensional structure, but also by the distribution of the populations of its conformational sub-states within different environments. A detailed investigation of interacting protein interfaces requires - beyond the knowledge of their structure - information about their flexibility and the range of accessible conformations of the native state and complexed states. Additionally, successful protein structure prediction has demonstrated the suitability of “building blocks” (prototype fragments) as embodiment of local biological and physicochemical features. It is expected that the overall dynamics of protein structures can similarly be assembled from fragment flexibilities embedded in a known protein fold. Therefore this proposal focuses on developing a fast fragment-based method to predict the dynamics of a native or designed protein structure, which will be used to determine or define function in interaction networks and binding specificity in protein-ligand complexes. Specifically, the dynamics of prototypical fragments from a representative protein set will be sampled by molecular simulations; a flexibility predictor will be designed, implemented using Hidden Markov Model (HMM) and trained on dynamic profiles of the prototypical fragments; by using the flexibility predictor protein-protein and protein-ligand interactions will be investigated. For protein-protein interactions the flexibility of all known high-resolution protein structures will be predicted and made publicly available. To study flexibility as determinant of ligand-binding specificity, comparisons between the conformational sub-space of protein-ligand complexes and the space of all accessible conformations of the unbound components will be performed.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP7-PEOPLE-2007-2-1-IEF
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
W1B 1AL LONDON
Regno Unito
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.