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The Microme Project: A Knowledge-Based Bioinformatics Framework for Microbial Pathway Genomics

Ziel

The exponential increase in microbial genome and metagenome sequencing throughput has widened the gap between sequence and functional understanding. A clear picture of metabolic processes across the spectrum of bacterial species is essential to enable the exploitation of microbial genomics for the purposes of environmental biotechnology. The Microme project endeavors to extend the scope of microbial genome annotation from functional assignment at the gene level to the systematic generation of pathway assemblies and genome-scale metabolic models. A few key ideas and design principles will enable the Microme reconstruction pipeline to achieve this ambitious goal.A clear definition of a metabolic pathway as a collection of reaction sets, each of which convert the same defined inputs into the same outputs, will allow species-specific pathway variants to be identified, assembled into networks, compared across species, and used for downstream computations. A unique pathways projection, curation and assembly cycle, feeding directly into the flow of newly sequenced genomes, will allow a qualitative increase in the speed and reliability of the pathway generation process. Pathways and models produced the pipeline will be accessible to the scientific community as an integrated resource via the Microme portal. Finally, taking advantage of the availability of pathway assemblies from a large sample of genomes, methods for comparative and phylogenetic analyses and novel metabolic engineering strategies for environmental biotechnology goals will be developed, applied to proof-of-concept studies, and integrated to the resource as an analytical tool layer. Microme will be supported by a robust bioinformatics infrastructure, developed by integrating a set of established European databases and tools, integrated with reference protein annotation, metabolites and reactions databases, and interfaced with the annotation pipelines of the two main European sequencing centers.

Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

FP7-KBBE-2007-2A
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigen

Koordinator

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
Adresse
Meyerhofstrasse 1
69117 Heidelberg
Deutschland

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Aktivitätstyp
Research Organisations
Kontakt Verwaltung
Tom Ratcliff (Mr.)
EU-Beitrag
€ 876 000

Beteiligte (15)

COMMISSARIAT A L ENERGIE ATOMIQUE ET AUX ENERGIES ALTERNATIVES
Frankreich
EU-Beitrag
€ 567 000
Adresse
Rue Leblanc 25
75015 Paris 15

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Aktivitätstyp
Research Organisations
Kontakt Verwaltung
Régis Copin (Mr.)
ETHNIKO KENTRO EREVNAS KAI TECHNOLOGIKIS ANAPTYXIS
Griechenland
EU-Beitrag
€ 375 978
Adresse
Charilaou Thermi Road 6 Km
57001 Thermi Thessaloniki

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Aktivitätstyp
Research Organisations
Kontakt Verwaltung
Costas Kiparissides (Prof.)
AGENCIA ESTATAL CONSEJO SUPERIOR DE INVESTIGACIONES CIENTIFICAS
Spanien
EU-Beitrag
€ 375 979
Adresse
Calle Serrano 117
28006 Madrid

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Aktivitätstyp
Research Organisations
Kontakt Verwaltung
Carlos Manuel Abad Ruiz (Mr.)
FUNDACION SECTOR PUBLICO ESTATAL CENTRO NACIONAL INVESTIGACIONES ONCOLOGICAS CARLOS III
Spanien
EU-Beitrag
€ 250 481
Adresse
C Melchor Fernandez Almagro 3
28029 Madrid

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Aktivitätstyp
Research Organisations
Kontakt Verwaltung
Ralf Dahm (Dr.)
LEIBNIZ-INSTITUT DSMZ-DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN UND ZELLKULTUREN GMBH
Deutschland
EU-Beitrag
€ 321 999
Adresse
Inhoffenstrasse 7b
38124 Braunschweig

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Aktivitätstyp
Research Organisations
Kontakt Verwaltung
Heike Bauer (Dr.)
HELMHOLTZ-ZENTRUM FUR INFEKTIONSFORSCHUNG GMBH

Beteiligung beendet

Deutschland
Adresse
Inhoffenstrasse 7
38124 Braunschweig
Aktivitätstyp
Research Organisations
Kontakt Verwaltung
Michael Stratz (Dr.)
Isthmus
Frankreich
EU-Beitrag
€ 242 480
Adresse
Rue Saint Amand 31
75015 Paris

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Aktivitätstyp
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Kontakt Verwaltung
Philippe Marlière (Dr.)
MOLECULAR NETWORKS GMBH COMPUTERCHEMIE
Deutschland
EU-Beitrag
€ 239 800
Adresse
Neumeyerstr 28-34
90411 Nurnberg

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Aktivitätstyp
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Kontakt Verwaltung
Christof H. Schwab (Dr.)
SIB SWISS INSTITUTE OF BIOINFORMATICS
Schweiz
EU-Beitrag
€ 275 980
Adresse
Rue Michel Servet 1 Cmu
1206 Geneve

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Aktivitätstyp
Research Organisations
Kontakt Verwaltung
Jocelyne Bocquet (Ms.)
UNIVERSITE LIBRE DE BRUXELLES
Belgien
EU-Beitrag
€ 250 481
Adresse
Avenue Franklin Roosevelt 50
1050 Bruxelles

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Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Kontakt Verwaltung
Jacques Van Helden (Prof.)
GENOME RESEARCH LIMITED
United Kingdom
EU-Beitrag
€ 321 756
Adresse
The Gibbs Building, Euston Road 215
NW1 2BE London

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Aktivitätstyp
Research Organisations
Kontakt Verwaltung
David Davison (Mr.)
TEL AVIV UNIVERSITY
Israel
EU-Beitrag
€ 417 152
Adresse
Ramat Aviv
69978 Tel Aviv

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Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Kontakt Verwaltung
Lea Pais (Ms.)
Ceprodi Compagnie Europeenne de Produits Diabetiques

Beteiligung beendet

Frankreich
EU-Beitrag
€ 124 091,24
Adresse
Bd De Courcelles 67
75008 Paris
Aktivitätstyp
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Kontakt Verwaltung
David Dieumegard (Mr.)
WAGENINGEN UNIVERSITY
Niederlande
EU-Beitrag
€ 464 476
Adresse
Droevendaalsesteeg 4
6708 PB Wageningen

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Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Kontakt Verwaltung
Tom Bessems (Mr.)
AMABIOTICS SAS
Frankreich
EU-Beitrag
€ 159 496,76
Adresse
Rue Gaston Cremieux 2
91000 Evry

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Aktivitätstyp
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Kontakt Verwaltung
Chantal Rougier (Ms.)