Obiettivo
DNA replication is at the core of life and strongly appeals to the imagination. It is also a textbook example of template-directed synthesis, involving enzyme-assisted molecular recognition of incoming bases by the template strand. Yet, in spite of much effort, many fundamental questions about its mechanism are open.
In this project, using a quantumchemical approach, we aim at two main objectives:
- understanding the electronic nature of molecular recognition in DNA base pairs, in artificial mimics thereof and in larger, macromolecular aggregates of related systems;
- unravelling the mechanism of the highly accurate, enzyme-assisted DNA replication and, in particular, understanding the role of hydrogen bonding, steric factors and solvent effects in this multistep process.
The two subprojects are intimately connected and reinforce each other. We wish to explore the possibilities of rationally designing monomers whose capability to undergo self-organization can be switched on or off chemically (by a third agent) or physically (by radiation). Potential applications are the controlled and selective formation of macromolecules, nanostructures and materials.
Furthermore, a better knowledge and, thus, tuning and control of the DNA replication process is envisaged. On the long term, we hope to contribute to the development in general of quantumchemical approaches to biologically relevant problems, i.e. quantumbiology.
Our computations are mostly based on density functional theory (DFT) but also on high-level abinitio theory as well as molecular mechanics (MM). Extensive validation studies, by others and us, have shown that DFT is the method of choice, both in terms of efficiency and accuracy, for large biochemically relevant molecules that involve hydrogen bonding.
Our approach furthermore involves the application and further development of hybrid QM/MM techniques for tackling realistic model systems of the template-primer-enzyme complex involved in DNA replication.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze chimiche chimica fisica termochimica
- scienze naturali scienze biologiche genetica nucleotidi
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine enzimi
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP6-2004-MOBILITY-5
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
AMSTERDAM
Paesi Bassi
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.