Objetivo
In metagenomics the microbial genomes are studied directly in their natural habitats, which obviates the need of isolation and cultivation of individual species. In this study, we will use metagenomics techniques in the analysis of microbiota from the human gut. Crohn's disease is a chronic inflammatory disease of the digestive tract affecting about a million individuals worldwide. The incidence of Crohn's disease has increased during the past decades, however, the cause of the disease remains unknown. The amount of data created by this study is immense and effective computational approaches are needed for analysis. Especially the function prediction of novel proteins is of great importance, since sequences without molecular function annotation are of limited use to us. Automated phylogenomics is one of the most promising ways of having consistent reliable protein annotations that is applicable on a large scale and particularly for metagenomics information. SIFTER, a prototype tool for automated phylogenomic protein function prediction, has been shown to annotate ten times more proteins on tested protein families compared with the traditional method, BLAST. In this study, unique aspects of the metabolic and signaling capacities of microbiota from the inflamed gut of Crohn's patients versus undiseased tissue will be analyzed, with an ultimate long-term goal of understanding how microbial communities contribute to Crohn's disease and how treatment may be improved. To reach this goal, the SIFTER protein function prediction method will be refined to work on metagenomic data. SIFTER will then be applied to analyze sequences sampled from diseased and healthy intestinal tissue. The work of this proposal will be performed in two very high-quality host organizations in Berkeley, USA and in Cambridge, UK. Furthermore, the successful completion of the proposed project would significantly increase the European competitiveness in the fields of metagenomics and phylogenomics.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias médicas y de la salud ciencias de la salud enfermedades inflamatorias
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas
- ciencias naturales ciencias biológicas genética genoma
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
FP7-PEOPLE-IOF-2008
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
69117 Heidelberg
Alemania
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.