Ziel
In metagenomics the microbial genomes are studied directly in their natural habitats, which obviates the need of isolation and cultivation of individual species. In this study, we will use metagenomics techniques in the analysis of microbiota from the human gut. Crohn's disease is a chronic inflammatory disease of the digestive tract affecting about a million individuals worldwide. The incidence of Crohn's disease has increased during the past decades, however, the cause of the disease remains unknown. The amount of data created by this study is immense and effective computational approaches are needed for analysis. Especially the function prediction of novel proteins is of great importance, since sequences without molecular function annotation are of limited use to us. Automated phylogenomics is one of the most promising ways of having consistent reliable protein annotations that is applicable on a large scale and particularly for metagenomics information. SIFTER, a prototype tool for automated phylogenomic protein function prediction, has been shown to annotate ten times more proteins on tested protein families compared with the traditional method, BLAST. In this study, unique aspects of the metabolic and signaling capacities of microbiota from the inflamed gut of Crohn's patients versus undiseased tissue will be analyzed, with an ultimate long-term goal of understanding how microbial communities contribute to Crohn's disease and how treatment may be improved. To reach this goal, the SIFTER protein function prediction method will be refined to work on metagenomic data. SIFTER will then be applied to analyze sequences sampled from diseased and healthy intestinal tissue. The work of this proposal will be performed in two very high-quality host organizations in Berkeley, USA and in Cambridge, UK. Furthermore, the successful completion of the proposed project would significantly increase the European competitiveness in the fields of metagenomics and phylogenomics.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
- Medizin- und Gesundheitswissenschaften Gesundheitswissenschaften entzündliche Krankheiten
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Mikrobiologie Mikrobiome
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Genom
Sie müssen sich anmelden oder registrieren, um diese Funktion zu nutzen
Wir bitten um Entschuldigung ... während der Ausführung ist ein unerwarteter Fehler aufgetreten.
Sie müssen sich authentifizieren. Ihre Sitzung ist möglicherweise abgelaufen.
Vielen Dank für Ihr Feedback. Sie erhalten in Kürze eine E-Mail zur Übermittlungsbestätigung. Wenn Sie sich für eine Benachrichtigung über den Berichtsstatus entschieden haben, werden Sie auch im Falle einer Änderung des Berichtsstatus benachrichtigt.
Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
FP7-PEOPLE-IOF-2008
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigen
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Koordinator
69117 Heidelberg
Deutschland
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.