La importancia de las proteínas de los microbios intestinales para la salud
La herramienta «statistical inference of function through evolutionary relationships» (SIFTER) basa su análisis de la función de las proteínas en la evolución de las familias de dichas proteínas. Este modelo, desarrollado como parte del proyecto «Functional annotation of microbial communities in human health and in the environment» (SIFTERMETAGENOMICS), basa sus predicciones de las funciones de las proteínas en las diferentes características del árbol genealógico de la evolución de las proteínas. Entre los factores a tener en cuenta se encuentran la posible evolución hacia otra función dentro de la familia, la mutabilidad estimada del par de funciones moleculares, la distancia en el árbol y los eventos existentes tras cada función (especiación o duplicación genética). Los resultados del estudio «Critical Assessment of Function protein Annotation» (CAFA) muestran que SIFTER está entre los diez mejores algoritmos, tal y como publicó la revista «Nature Methods» en 2013. Además, esta herramienta demostró su potencial en un estudio sobre la enfermedad de Crohn. Actualmente se entiende que la enfermedad de Crohn está asociada a un desequilibrio del ecosistema microbiano del intestino. Los investigadores del proyecto realizaron un perfilado de ribosomas 16S en pacientes con la enfermedad de Crohn y en un grupo de control (ambos grupos se estaban sometiendo a cirugía o colonoscopia). Los perfiles de los pacientes con la enfermedad de Crohn mostraron que la microbiota de aquellos cuyos síntomas remitían era más similar a la del grupo de control que la de aquellos que habían sufrido una recaída. Además, los pacientes que permanecían en estado de remisión mostraron una mayor estabilidad de las proteínas microbianas del intestino. Por su parte, los análisis de las proteínas realizados durante el proyecto SIFTERMETAGENOMICS demostraron que el perfilado de la microbiota intestinal podía ser útil para prever la eficacia del tratamiento de los pacientes con la enfermedad de Crohn sometidos a cirugía. Las aplicaciones de la herramienta SIFTER están en consonancia con iniciativas tales como el «Critical assessment of genome interpretation» (CAGI), un experimento comunitario que se utiliza para evaluar los métodos informáticos y, de ese modo, predecir el impacto sobre el fenotipo de la variación genómica. El experimento CAGI es de gran utilidad para el análisis de los datos de la enfermedad de Crohn. En último congreso hubo un total de cincuenta y seis estudios de esta afección. En resumen, los resultados de CAGI y de proyectos como SIFTERMETAGENOMICS ayudarán a médicos y orientadores a comprender la fiabilidad de los métodos de predicción de variantes y su correcta aplicación.
