Objectif
Transmembrane proteins interact which each other directly or mediated via their influence on the lipid membrane structure and fluctuations. The interactions govern the dynamics of integral protein insertion, (re-) folding and assembly in functional oligomeric structures such as the tetrameric potassium channel KcsA.
On the other hand, antimicrobial peptides as defensins and magainins aggregate supposedly either in the lipid head group region or in a transmembrane fashion leading to permeation and rupture of bacterial membranes. The mechanisms of these processes are very difficult to study experimentally.
The objective of our research proposal is to model protein-membrane interactions by multi-scale molecular dynamics simulation. Using a quantitative coarse g rain description, we can access the spatial and temporal scales of these processes, which are too large for direct simulation with atomistic molecular dynamics.
However, using a special interface between our coarse grain representation and the all atom rep resentation of the system, we can connect the mesoscale phenomena to the underlying atomistic details.
Using special techniques as path sampling and the novel metadynamics method, we will map out the free energy landscape of interacting transmembrane prote ins in terms of generic hydrophobic, hydrophilic and electrostatic interactions, specific protein residue interactions, and interactions induced by lipid ordering and friction.
If successful, the results are expected to gain insight in how peptides and proteins insert and interact in biomembranes which is of interest to a wide variety of applications, in particular for drug design and for the development of biomimetic antimicrobials.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences naturelles sciences biologiques biologie cellulaire métabolisme cellulaire
- sciences naturelles sciences biologiques biologie moléculaire
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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FP6-2002-MOBILITY-5
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
Suisse
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.