Obiettivo
Transmembrane proteins interact which each other directly or mediated via their influence on the lipid membrane structure and fluctuations. The interactions govern the dynamics of integral protein insertion, (re-) folding and assembly in functional oligomeric structures such as the tetrameric potassium channel KcsA.
On the other hand, antimicrobial peptides as defensins and magainins aggregate supposedly either in the lipid head group region or in a transmembrane fashion leading to permeation and rupture of bacterial membranes. The mechanisms of these processes are very difficult to study experimentally.
The objective of our research proposal is to model protein-membrane interactions by multi-scale molecular dynamics simulation. Using a quantitative coarse g rain description, we can access the spatial and temporal scales of these processes, which are too large for direct simulation with atomistic molecular dynamics.
However, using a special interface between our coarse grain representation and the all atom rep resentation of the system, we can connect the mesoscale phenomena to the underlying atomistic details.
Using special techniques as path sampling and the novel metadynamics method, we will map out the free energy landscape of interacting transmembrane prote ins in terms of generic hydrophobic, hydrophilic and electrostatic interactions, specific protein residue interactions, and interactions induced by lipid ordering and friction.
If successful, the results are expected to gain insight in how peptides and proteins insert and interact in biomembranes which is of interest to a wide variety of applications, in particular for drug design and for the development of biomimetic antimicrobials.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine
- scienze naturali scienze biologiche biologia cellulare metabolismo cellulare
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP6-2002-MOBILITY-5
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
Svizzera
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.