Objetivo
Phylogenies are used to describe the history of evolutionarily related biological entities (e.g. genes, individuals, species) and are central in many biological applications, including functional genomics, epidemiology and biodiversity assessment. Many methods for reconstructing and studying phylogenies have been proposed, almost all of which use trees to represent them. Although in many cases this is reasonable, in many others phylogenies should be represented as networks (more precisely directed acyclic graphs). This is due to a number of biological phenomena collectively known as recombination, which are common in viruses (e.g. HIV and influenza), bacteria and sexual populations. Unfortunately recently proposed methods to reconstruct network phylogenies have not yet found many applications in evolutionary biology. I believe that this is due to the fact that many of these methods aim to explain all conflicting signal in the data with recombination, thus inferring far more recombination events than what is actually needed. I therefore propose a number of techniques whose goal is to explore the gap that is left between classical tree reconstruction, where no recombination is allowed, and the new network-based methods, where too many recombinations are allowed. The methods I propose are simple extensions of well-known approaches for tree reconstruction: maximum parsimony and distance methods. The two approaches differ for the optimality criterion used to score networks, but they have in common the fact that they impose a constraint on the number of recombinations allowed. Maximum parsimony scores networks on the basis of the number of sequence changes needed to explain the input sequences. On the other hand, distance methods score networks on the basis of how well they fit a collection of distance matrices given in input. In both cases, the optimization problems involved are likely to be computationally hard and therefore I plan to attack them using heuristics.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas morfología biológica morfología comparativa
- ciencias naturales ciencias biológicas microbiología virología
- ciencias naturales ciencias biológicas biología evolutiva
- ciencias naturales ciencias biológicas ecología ecosistemas
- ciencias naturales informática y ciencias de la información inteligencia artificial programación heurística
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
FP7-PEOPLE-2009-IEF
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
75794 PARIS
Francia
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.