Cel
Phylogenies are used to describe the history of evolutionarily related biological entities (e.g. genes, individuals, species) and are central in many biological applications, including functional genomics, epidemiology and biodiversity assessment. Many methods for reconstructing and studying phylogenies have been proposed, almost all of which use trees to represent them. Although in many cases this is reasonable, in many others phylogenies should be represented as networks (more precisely directed acyclic graphs). This is due to a number of biological phenomena collectively known as recombination, which are common in viruses (e.g. HIV and influenza), bacteria and sexual populations. Unfortunately recently proposed methods to reconstruct network phylogenies have not yet found many applications in evolutionary biology. I believe that this is due to the fact that many of these methods aim to explain all conflicting signal in the data with recombination, thus inferring far more recombination events than what is actually needed. I therefore propose a number of techniques whose goal is to explore the gap that is left between classical tree reconstruction, where no recombination is allowed, and the new network-based methods, where too many recombinations are allowed. The methods I propose are simple extensions of well-known approaches for tree reconstruction: maximum parsimony and distance methods. The two approaches differ for the optimality criterion used to score networks, but they have in common the fact that they impose a constraint on the number of recombinations allowed. Maximum parsimony scores networks on the basis of the number of sequence changes needed to explain the input sequences. On the other hand, distance methods score networks on the basis of how well they fit a collection of distance matrices given in input. In both cases, the optimization problems involved are likely to be computationally hard and therefore I plan to attack them using heuristics.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: Europejski Słownik Naukowy.
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne morfologia biologiczna morfologia porównawcza
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne mikrobiologia wirusologia
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne biologia ewolucyjna
- nauki przyrodnicze nauki biologiczne ekologia ekosystemy
- nauki przyrodnicze informatyka sztuczna inteligencja programowanie heurystyczne
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Wieloletnie programy finansowania, które określają priorytety Unii Europejskiej w obszarach badań naukowych i innowacji.
Temat(-y)
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenia do składania wniosków dzielą się na tematy. Każdy temat określa wybrany obszar lub wybrane zagadnienie, których powinny dotyczyć wnioski składane przez wnioskodawców. Opis tematu obejmuje jego szczegółowy zakres i oczekiwane oddziaływanie finansowanego projektu.
Zaproszenie do składania wniosków
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
Procedura zapraszania wnioskodawców do składania wniosków projektowych w celu uzyskania finansowania ze środków Unii Europejskiej.
FP7-PEOPLE-2009-IEF
Zobacz inne projekty w ramach tego zaproszenia
System finansowania
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Program finansowania (lub „rodzaj działania”) realizowany w ramach programu o wspólnych cechach. Określa zakres finansowania, stawkę zwrotu kosztów, szczegółowe kryteria oceny kwalifikowalności kosztów w celu ich finansowania oraz stosowanie uproszczonych form rozliczania kosztów, takich jak rozliczanie ryczałtowe.
Koordynator
75794 Paris
Francja
Ogół kosztów poniesionych przez organizację w związku z uczestnictwem w projekcie. Obejmuje koszty bezpośrednie i pośrednie. Kwota stanowi część całkowitego budżetu projektu.