Objectif
Phylogenies are used to describe the history of evolutionarily related biological entities (e.g. genes, individuals, species) and are central in many biological applications, including functional genomics, epidemiology and biodiversity assessment. Many methods for reconstructing and studying phylogenies have been proposed, almost all of which use trees to represent them. Although in many cases this is reasonable, in many others phylogenies should be represented as networks (more precisely directed acyclic graphs). This is due to a number of biological phenomena collectively known as recombination, which are common in viruses (e.g. HIV and influenza), bacteria and sexual populations. Unfortunately recently proposed methods to reconstruct network phylogenies have not yet found many applications in evolutionary biology. I believe that this is due to the fact that many of these methods aim to explain all conflicting signal in the data with recombination, thus inferring far more recombination events than what is actually needed. I therefore propose a number of techniques whose goal is to explore the gap that is left between classical tree reconstruction, where no recombination is allowed, and the new network-based methods, where too many recombinations are allowed. The methods I propose are simple extensions of well-known approaches for tree reconstruction: maximum parsimony and distance methods. The two approaches differ for the optimality criterion used to score networks, but they have in common the fact that they impose a constraint on the number of recombinations allowed. Maximum parsimony scores networks on the basis of the number of sequence changes needed to explain the input sequences. On the other hand, distance methods score networks on the basis of how well they fit a collection of distance matrices given in input. In both cases, the optimization problems involved are likely to be computationally hard and therefore I plan to attack them using heuristics.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques morphologie biologique morphologie comparative
- sciences naturelles sciences biologiques microbiologie virologie
- sciences naturelles sciences biologiques biologie de l'évolution
- sciences naturelles sciences biologiques écologie écosystème
- sciences naturelles informatique et science de l'information intelligence artificielle programmation heuristique
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
FP7-PEOPLE-2009-IEF
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
75794 PARIS
France
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.