Objectif
Copy number variation (CNV) of DNA segments has recently been identified as a major source of genetic diversity, but a comprehensive understanding of the phenotypic effect of these structural variations is only beginning to emerge. An extensive map of CNV in wild mice and inbred strains has been established by the host group. These variable regions cover ~11% of their autosomal genome. CNVs are suggested to shape tissue transcriptomes on a global scale and thus represent a substantial source for within-species phenotypic variation. In this context, we address three major research objectives all regarding the impact of structural variants on different aspects of the transcriptome. To unravel the effects of CNVs on expression at the nucleotide rather than locus level we propose to use RNA-seq to monitor expression changes of both coding and non-coding RNAs that map to or close to genomic regions that vary in copy numbers in multiple tissues of the three mouse inbred strains (129S2, DBA/2J, C57BL/6J). These will be compared to changes in the abundance of transcripts that lie outside of CNV regions. Secondly, we will use RNA-seq data to identify and characterize alternative splicing events that are either tissue- or strain-specific, as well as determine whether copy number polymorphisms affect this process. Thirdly, we will investigate allelic imbalance at genome-wide scale and check if this phenomenon is more likely to occur in CNVs. This work should (i) give an unprecedented global and precise view of the mouse transcriptome; (ii) produce the first transcriptome comparison at the nucleotide level of normal individuals of a population; (iii) help to gauge the influence of CNVs on the transcriptome and (iv) provide the first assessment of allelic imbalance at genome-wide scale.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ARN transcriptomes
- sciences naturelles sciences biologiques génétique nucléotide
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
FP7-PEOPLE-2009-IEF
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
1015 LAUSANNE
Suisse
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.