Objetivo
The central question of this proposal is: how are changes in cell state regulated at the transcriptomic and epigenetic level? I will tackle this question using an integrated computational and experimental approach with the T helper cell system as my model. The Th system consists of a naïve precursor cell type, and four main differentiated cell types that have some capacity to interconvert, known as plasticity. The experiments will be designed to measure both entire transcriptomes and single mRNAs by single molecule RNA-FISH.
(i) Quantifying genetic switches. On a genome-wide scale, what is the distribution of gene expression levels in the Th cell types? Do genes have two discrete expression levels (on and off) in terms of mRNAs per cell or a continuous distribution of expression levels? How do epigenetic marks correlate with expression levels? We will use genome-wide RNA-seq and epigenetic ChIP-seq experiments on homogeneous populations of cells coupled with new computational methods.
(ii) The molecular nature of the genetic switch. What is the hierarchy and kinetics of molecular events that drive gene expression changes during differentiation and plasticity? Using highly resolved timecourse experiments to profile individual cell generations, we will unravel the temporal order of regulation by transcription factors, microRNAs and epigenetic factors using RNA-seq and ChIP-seq experiments. We will integrate the data computationally to infer new regulatory interactions.
(iii) How genetic switches drive cell type switches. Which transcription factors directly regulate cytokines, the phenotypic readout of Th cells? Are the kinetics of these interactions graded or switch-like? What is the extent of stochastic cell-to-cell variation? We will validate predicted transcription factor-cytokine interactions and quantify levels of proteins and mRNA in single cells with fluorescence microscopy experiments, modelling this data probabilistically.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
ERC-2010-StG_20091118
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Institución de acogida
69117 Heidelberg
Alemania
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.