Objectif
The central question of this proposal is: how are changes in cell state regulated at the transcriptomic and epigenetic level? I will tackle this question using an integrated computational and experimental approach with the T helper cell system as my model. The Th system consists of a naïve precursor cell type, and four main differentiated cell types that have some capacity to interconvert, known as plasticity. The experiments will be designed to measure both entire transcriptomes and single mRNAs by single molecule RNA-FISH.
(i) Quantifying genetic switches. On a genome-wide scale, what is the distribution of gene expression levels in the Th cell types? Do genes have two discrete expression levels (on and off) in terms of mRNAs per cell or a continuous distribution of expression levels? How do epigenetic marks correlate with expression levels? We will use genome-wide RNA-seq and epigenetic ChIP-seq experiments on homogeneous populations of cells coupled with new computational methods.
(ii) The molecular nature of the genetic switch. What is the hierarchy and kinetics of molecular events that drive gene expression changes during differentiation and plasticity? Using highly resolved timecourse experiments to profile individual cell generations, we will unravel the temporal order of regulation by transcription factors, microRNAs and epigenetic factors using RNA-seq and ChIP-seq experiments. We will integrate the data computationally to infer new regulatory interactions.
(iii) How genetic switches drive cell type switches. Which transcription factors directly regulate cytokines, the phenotypic readout of Th cells? Are the kinetics of these interactions graded or switch-like? What is the extent of stochastic cell-to-cell variation? We will validate predicted transcription factor-cytokine interactions and quantify levels of proteins and mRNA in single cells with fluorescence microscopy experiments, modelling this data probabilistically.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
ERC-2010-StG_20091118
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Institution d’accueil
69117 Heidelberg
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.