Objectif
Gene expression is one of the marks of cellular state and function. The relative abundance of transcripts defines and is a result of the differentiation status of a cell. Interrogation of gene expression levels and patterns in the human and other genomes can be informative about perturbations from the average pattern due to external stimuli or internal factors such as genetic variants. Gene expression profiles have been extensively used to assess developmental processes, pathways contributing to cell differentiation, and predicting the outcome of disease status.
Understanding the effects of genetic variation in basic cellular processes such as gene expression is key to the dissection of the genetic contributions to whole organism phenotypes.
We propose to interrogate the transcriptome of primary fibroblasts, primary T-cells and EBV-transformed B-cell (lymphoblastoid cell lines or LCLs) from umbilical cords of 200 individuals of European descent using next generation sequencing (mRNAseq). A subset will also be interrogated for transcriptionally engaged RNA polymerases (GROseq) and protein abundance. These data will be analyzed for the detection of eQTLs and other genetic effects associated with variation in alternative splicing and other properties of the transcripts and dissection of the genetic effects from primary transcription to protein and their tissue specific effects. These data will be integrated with genome-wide association studies and other efforts to dissect the genetic basis of complex traits and diseases in humans. In addition, we will develop bioinformatic models to understand the fine scale regulatory signals that are responsible for the regulatory patterns observed and how sequence variants have an effect on them.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines
- sciences naturelles sciences biologiques génétique ARN
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
ERC-2010-StG_20091118
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Institution d’accueil
1211 Geneve
Suisse
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.