Ziel
Gene expression is one of the marks of cellular state and function. The relative abundance of transcripts defines and is a result of the differentiation status of a cell. Interrogation of gene expression levels and patterns in the human and other genomes can be informative about perturbations from the average pattern due to external stimuli or internal factors such as genetic variants. Gene expression profiles have been extensively used to assess developmental processes, pathways contributing to cell differentiation, and predicting the outcome of disease status.
Understanding the effects of genetic variation in basic cellular processes such as gene expression is key to the dissection of the genetic contributions to whole organism phenotypes.
We propose to interrogate the transcriptome of primary fibroblasts, primary T-cells and EBV-transformed B-cell (lymphoblastoid cell lines or LCLs) from umbilical cords of 200 individuals of European descent using next generation sequencing (mRNAseq). A subset will also be interrogated for transcriptionally engaged RNA polymerases (GROseq) and protein abundance. These data will be analyzed for the detection of eQTLs and other genetic effects associated with variation in alternative splicing and other properties of the transcripts and dissection of the genetic effects from primary transcription to protein and their tissue specific effects. These data will be integrated with genome-wide association studies and other efforts to dissect the genetic basis of complex traits and diseases in humans. In addition, we will develop bioinformatic models to understand the fine scale regulatory signals that are responsible for the regulatory patterns observed and how sequence variants have an effect on them.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle Proteine
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik RNS
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Genom
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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ERC-2010-StG_20091118
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigen
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Gastgebende Einrichtung
1211 Geneve
Schweiz
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.