Objectif
Transcription factors (TF) regulate genome function by controlling gene expression. Comprehensive characterization of the in vivo binding of TF to the DNA in relevant primary models is a critical step towards a global understanding of the human genome. Recent advances in high-throughput genomic technologies provide an extraordinary opportunity to develop and apply systematic approaches to learn the underline principles and mechanisms of mammalian transcriptional networks. The premise of this proposal is that a tractable set of rules govern how cells commit to a specific cell type or respond to the environment, and that these rules are coded in regulatory elements in the genome. Currently our understanding of the mammalian regulatory code is hampered by the difficulty of directly measuring in vivo binding of large numbers of TFs to DNA across multiple primary cell types and their natural response to physiological stimuli.
Here, we overcome this bottleneck by systematically exploring the genomic binding network of 1. All relevant TFs of key hematopoietic cells in both steady state and under relevant stimuli. 2. Follow the changes in TF networks as cells differentiate 3. Use these models to engineer cell states and responses. To achieve these goals, we developed a new method for automated high throughput ChIP coupled to sequencing (HT-ChIP-Seq). We used this method to measure binding of 40 TFs in 4 time points following stimulation of dendritic cells with pathogen components. We find that TFs vary substantially in their binding dynamics, genomic localization, number of binding events, and degree of interaction with other TFs. The analysis of this data suggests that the TF network is hierarchically organized, and composed of different types of TFs, cell differentiation factors, factors that prime for gene induction, and factors that bind more specifically and dynamically. This proposal revisits and challenges the current understanding of the mammalian regulatory code.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques génétique ADN
- sciences naturelles sciences biologiques génétique génome
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
ERC-2012-StG_20111109
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Institution d’accueil
7610001 Rehovot
Israël
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.