Objectif
Many important cellular processes are controlled by networks of biochemical reactions. The individual components of the network and their interactions are often well known. However, the functioning of these networks remains an important issue for research. Recent research has shown that, due to the very low concentrations of molecules involved, biochemical networks are highly stochastic. Particle-based approaches are needed in order to model the large fluctuations that are involved. Spatial diffusion, localized clustering of molecules and spatial fluctuations are all-important issues that can only be approached by a spatially resolved modelling approach. Current particle-based methods do not resolve the positions of individual particles in space. The proposed project involves the development of a new computer simulation scheme for biochemical networks. This will be particle-based and spatially resolved and so Will naturally address the difficulties of the current methods. The new scheme will represent a considerable advance in computer simulation methodology, since twill allows simulation on timescales up to minutes. To do this, it will use existing analytical solutions of the Schmoluchowski equation for diffusing reactive pairs of particles.
These will be used for time propagation, allowing very large timesteps, limited only by the need for only one collision to occur per particle per timestep. The method will then be applied to several well-characterized examples of biochemical networks. Simple genetic networks, in which DNA is used to make proteins which in turn influence their own production from the DNA, will be modelled in collaboration with experimental workers. Bad erial chemotaxis, which ¡s a mechanism by which bacteria detect and respond to external signals, will also be modelled. The new method will be tested against previous experimental and theoretical results on these systems.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences biologiques biologie cellulaire
- sciences naturelles mathématiques mathématiques appliquées modèle mathématique
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
FP6-2002-MOBILITY-5
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Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Coordinateur
UTRECHT
Pays-Bas
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.