Objetivo
Post-transcriptional regulation (PTR) is increasingly recognized as a pervasive and complex system that regulates every aspect of RNA metabolism including splicing, localization, stability and translation. PTR is mediated by the interactions of trans-factors such as RNA-binding proteins (RBPs) and miRNAs with cis-acting elements located in mRNAs. Regulatory networks controlled by RBPs and miRNAs have been viewed as two distinct mechanisms; however, a number of recent studies have shown that RBPs and miRNAs can act in coordination. Previous studies of PTR have ignored this fact and only focused on a single class of factors, i.e. either RBPs or miRNAs. In this proposal, we will (i) develop computational models that consider the joint effect of multiple RBPs and miRNAs to explain PTR events (ii) integrate our PTR model with additional regulatory elements such as transcription factors, epigenetic marks and copy number changes to explain more general phenomena such as differential gene expression in cancer.
Recent explosion of data in (i) RBP binding specificities, (ii) post-transcriptional fate of mRNAs (e.g. localization, stability)
and (iii) mRNA-bound proteome in human cells have enabled the systematic study of post-transcriptional events, which is
the main goal of this proposal. The proposed project will start with a genome-wide mapping of binding sites of RBPs and
miRNAs in mRNAs. These potential binding sites will then be investigated for cooperative or competitive interactions
between RBPs and miRNAs. Independent binding sites and interactions will be converted to features, and used in statistical
models to identify cis-regulatory elements that are predictive of PTR events such as localization,
stability, and differential gene expression in cancer. Identification of such cis-regulatory elements and their interacting trans factors will lead to new insights in disease-causing perturbations, and hence, will hopefully lead to novel approaches for
their cure.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas proteómica
- ciencias médicas y de la salud medicina clínica oncología
- ciencias naturales matemáticas matemáticas aplicadas estadística y probabilidad
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ARN
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
FP7-PEOPLE-2013-CIG
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
MC-CIG - Support for training and career development of researcher (CIG)
Coordinador
07230 ANTALYA
Turquía
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.