Genomic diagnostics beyond the sequence

Leistungen

Expanded database of plasmids from clinical isolates

Expanded database of unsequenced plasmids. An expanded database with >100 previously non-sequenced plasmids from clinical isolates, each plasmid with its clinical phenotype.

Fully sequenced and validated database of bacterial DNA

Fully validated database of sequenced bacterial DNA. A database of sequenced bacterial DNA, both chromosomal and plasmids, that has been validated with experiments on >20 of the plasmids and >20 of the bacterial strains in the database.

Dissemination plan

Toolbox for identification of bacteria and plasmids

Comprehensive toolbox for identification of bacteria and plasmids. Fully working and validated software as well as experimental protocols adapted to clinical situations for identification of barcode patterns along DNA for both bacterial identification and characterization of antibiotic resistance

Project logo, leaflets, presentation & website
International conference

Veröffentlichungen

Epigenetic Optical Mapping of 5-Hydroxymethylcytosine in Nanochannel Arrays

Autoren: Tslil Gabrieli, Hila Sharim, Gil Nifker, Jonathan Jeffet, Tamar Shahal, Rani Arielly, Michal Levi-Sakin, Lily Hoch, Nissim Arbib, Yael Michaeli, Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: ACS Nano, 2018, ISSN 1936-0851
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.8b03023

A general strategy for direct, enzyme-catalyzed conjugation of functional compounds to DNA

Autoren: Jochem Deen, Su Wang, Sven Van Snick, Volker Leen, Kris Janssen, Johan Hofkens, Robert K Neely
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 46/11, 2018, Seite(n) e64-e64, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky184

Single-molecule quantification of 5-hydroxymethylcytosine for diagnosis of blood and colon cancers

Autoren: Noa Gilat, Tzlil Tabachnik, Amit Shwartz, Tamar Shahal, Dmitry Torchinsky, Yael Michaeli, Gil Nifker, Shahar Zirkin, Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: Clinical Epigenetics, Ausgabe 9/1, 2017, ISSN 1868-7075
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1186/s13148-017-0368-9

Sensing Native Protein Solution Structures Using a Solid-state Nanopore: Unraveling the States of VEGF

Autoren: Nitinun Varongchayakul, Diana Huttner, Mark W. Grinstaff, Amit Meller
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-19332-y

Optical DNA mapping in nanofluidic devices: principles and applications

Autoren: Vilhelm Müller, Fredrik Westerlund
Veröffentlicht in: Lab on a Chip, Ausgabe 17/4, 2017, Seite(n) 579-590, ISSN 1473-0197
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c6lc01439a

Facilitated sequence assembly using densely labeled optical DNA barcodes: A combinatorial auction approach

Autoren: Albertas Dvirnas, Christoffer Pichler, Callum L. Stewart, Saair Quaderi, Lena K. Nyberg, Vilhelm Müller, Santosh Kumar Bikkarolla, Erik Kristiansson, Linus Sandegren, Fredrik Westerlund, Tobias Ambjörnsson
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 13/3, 2018, Seite(n) e0193900, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0193900

Open channel deterministic lateral displacement for particle and cell sorting

Autoren: Trung S. H. Tran, Bao D. Ho, Jason P. Beech, Jonas O. Tegenfeldt
Veröffentlicht in: Lab Chip, Ausgabe 17/21, 2017, Seite(n) 3592-3600, ISSN 1473-0197
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C7LC00707H

Broad spectrum detection of DNA damage by Repair Assisted Damage Detection (RADD)

Autoren: Nathaniel W. Holton, Yuval Ebenstein, Natalie R. Gassman
Veröffentlicht in: DNA Repair, Ausgabe 66-67, 2018, Seite(n) 42-49, ISSN 1568-7864
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.dnarep.2018.04.007

Exploring DNA–protein interactions on the single DNA molecule level using nanofluidic tools

Autoren: Karolin Frykholm, Lena K. Nyberg, Fredrik Westerlund
Veröffentlicht in: Integrative Biology, Ausgabe 9/8, 2017, Seite(n) 650-661, ISSN 1757-9694
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c7ib00085e

Real-time visualization and sub-diffraction limit localization of nanometer-scale pore formation by dielectric breakdown

Autoren: Adam Zrehen, Tal Gilboa, Amit Meller
Veröffentlicht in: Nanoscale, Ausgabe 9/42, 2017, Seite(n) 16437-16445, ISSN 2040-3364
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c7nr02629c

Chapter Fourteen - Single-Molecule Characterization of DNA–Protein Interactions Using Nanopore Biosensors

Autoren: A.H. Squires, T. Gilboa, C. Torfstein, N. Varongchayakul, A. Meller
Veröffentlicht in: Methods in Enzymology, 2017, Seite(n) 353-385, ISSN 0076-6879
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/bs.mie.2016.08.010

Methyltransferase-directed covalent coupling of fluorophores to DNA

Autoren: Milena Helmer Lauer, Charlotte Vranken, Jochem Deen, Wout Frederickx, Willem Vanderlinden, Nathaniel Wand, Volker Leen, Marcelo H. Gehlen, Johan Hofkens, Robert K. Neely
Veröffentlicht in: Chemical Science, Ausgabe 8/5, 2017, Seite(n) 3804-3811, ISSN 2041-6520
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C6SC04229E

Irys Extract

Autoren: Rani Arielly, Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 34/1, 2017, Seite(n) 134-136, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btx437

Noise reduction in single time frame optical DNA maps

Autoren: Paola C. Torche, Vilhelm Müller, Fredrik Westerlund, Tobias Ambjörnsson
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 12/6, 2017, Seite(n) e0179041, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0179041

Methyltransferase-Directed Labeling of Biomolecules and its Applications

Autoren: Jochem Deen, Charlotte Vranken, Volker Leen, Robert K. Neely, Kris P. F. Janssen, Johan Hofkens
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, Ausgabe 56/19, 2017, Seite(n) 5182-5200, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201608625

Separation of pathogenic bacteria by chain length

Autoren: Jason P. Beech, Bao Dang Ho, Geneviève Garriss, Vitor Oliveira, Birgitta Henriques-Normark, Jonas O. Tegenfeldt
Veröffentlicht in: Analytica Chimica Acta, Ausgabe 1000, 2018, Seite(n) 223-231, ISSN 0003-2670
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.aca.2017.11.050

Single-Molecule DNA Methylation Quantification Using Electro-optical Sensing in Solid-State Nanopores

Autoren: Tal Gilboa, Chen Torfstein, Matyas Juhasz, Assaf Grunwald, Yuval Ebenstein, Elmar Weinhold, Amit Meller
Veröffentlicht in: ACS Nano, Ausgabe 10/9, 2016, Seite(n) 8861-8870, ISSN 1936-0851
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.6b04748

Super-Resolution Genome Mapping in Silicon Nanochannels

Autoren: Jonathan Jeffet, Asaf Kobo, Tianxiang Su, Assaf Grunwald, Ori Green, Adam N. Nilsson, Eli Eisenberg, Tobias Ambjörnsson, Fredrik Westerlund, Elmar Weinhold, Doron Shabat, Prashant K. Purohit, Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: ACS Nano, Ausgabe 10/11, 2016, Seite(n) 9823-9830, ISSN 1936-0851
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.6b05398

Rapid identification of intact bacterial resistance plasmids via optical mapping of single DNA molecules

Autoren: Lena K. Nyberg, Saair Quaderi, Gustav Emilsson, Nahid Karami, Erik Lagerstedt, Vilhelm Müller, Charleston Noble, Susanna Hammarberg, Adam N. Nilsson, Fei Sjöberg, Joachim Fritzsche, Erik Kristiansson, Linus Sandegren, Tobias Ambjörnsson, Fredrik Westerlund
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 6, 2016, Seite(n) 30410, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/srep30410

Rapid Tracing of Resistance Plasmids in a Nosocomial Outbreak Using Optical DNA Mapping

Autoren: Vilhelm Müller, Nahid Karami, Lena K. Nyberg, Christoffer Pichler, Paola C. Torche Pedreschi, Saair Quaderi, Joachim Fritzsche, Tobias Ambjörnsson, Christina Åhrén, Fredrik Westerlund
Veröffentlicht in: ACS Infectious Diseases, Ausgabe 2/5, 2016, Seite(n) 322-328, ISSN 2373-8227
Herausgeber: ACS Publications
DOI: 10.1021/acsinfecdis.6b00017

Direct identification of antibiotic resistance genes on single plasmid molecules using CRISPR/Cas9 in combination with optical DNA mapping

Autoren: Vilhelm Müller, Fredrika Rajer, Karolin Frykholm, Lena K. Nyberg, Saair Quaderi, Joachim Fritzsche, Erik Kristiansson, Tobias Ambjörnsson, Linus Sandegren, Fredrik Westerlund
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 6, 2016, Seite(n) 37938, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/srep37938

Light-Enhancing Plasmonic-Nanopore Biosensor for Superior Single-Molecule Detection

Autoren: Ossama N. Assad, Tal Gilboa, Joshua Spitzberg, Matyas Juhasz, Elmar Weinhold, Amit Meller
Veröffentlicht in: Advanced Materials, 2016, Seite(n) 1605442, ISSN 0935-9648
Herausgeber: United Nations Industrial Developement Organization
DOI: 10.1002/adma.201605442

Single-molecule protein sensing in a nanopore: a tutorial

Autoren: Nitinun Varongchayakul, Jiaxi Song, Amit Meller, Mark W. Grinstaff
Veröffentlicht in: Chemical Society Reviews, Ausgabe 47/23, 2018, Seite(n) 8512-8524, ISSN 0306-0012
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c8cs00106e

Analytical epigenetics: single-molecule optical detection of DNA and histone modifications

Autoren: Christian Heck, Yael Michaeli, Ilko Bald, Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: Current Opinion in Biotechnology, Ausgabe 55, 2019, Seite(n) 151-158, ISSN 0958-1669
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.copbio.2018.09.006

Hypersensitive quantification of global 5-hydroxymethylcytosine by chemoenzymatic tagging

Autoren: Tamar Shahal, Omri Koren, Gabi Shefer, Naftali Stern, Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: Analytica Chimica Acta, Ausgabe 1038, 2018, Seite(n) 87-96, ISSN 0003-2670
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.aca.2018.08.035

Microfluidic DNA combing for parallel single-molecule analysis

Autoren: Shuyi Wu, Jonathan Jeffet, Assaf Grunwald, Hila Sharim, Noa Gilat, Dmitry Torchinsky, Quanshui Zheng, Shahar Zirkin, Luping Xu, Yuval Ebenstein
Veröffentlicht in: Nanotechnology, Ausgabe 30/4, 2019, Seite(n) 045101, ISSN 0957-4484
Herausgeber: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1361-6528/aaeddc

Optically-Monitored Nanopore Fabrication Using a Focused Laser Beam

Autoren: Tal Gilboa, Adam Zrehen, Arik Girsault, Amit Meller
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-28136-z

DNA barcodes for rapid, whole genome, single-molecule analyses

Autoren: Nathaniel O Wand, Darren A Smith, Andrew A Wilkinson, Ashleigh E Rushton, Stephen J W Busby, Iain B Styles, Robert K Neely
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2019, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz212

Enzyme-free optical DNA mapping of the human genome using competitive binding

Autoren: Vilhelm Müller, Albertas Dvirnas, John Andersson, Vandana Singh, Sriram KK, Pegah Johansson, Yuval Ebenstein, Tobias Ambjörnsson, Fredrik Westerlund
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2019, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz489

Long-read single-molecule maps of the functional methylome

Autoren: Hila Sharim, Assaf Grunwald, Tslil Gabrieli, Yael Michaeli, Sapir Margalit, Dmitry Torchinsky, Rani Arielly, Gil Nifker, Matyas Juhasz, Felix Gularek, Miguel Almalvez, Brandon Dufault, Sreetama Sen Chandra, Alexander Liu, Surajit Bhattacharya, Yi-Wen Chen, Eric Vilain, Kathryn R. Wagner, Jonathan Pevsner, Jeff Reifenberger, Ernest T. Lam, Alex R. Hastie, Han Cao, Hayk Barseghyan, Elmar Weinhold, Y
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe 29/4, 2019, Seite(n) 646-656, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.240739.118

Rechte des geistigen Eigentums

METHODS OF DETECTING 5-HYDROXYMETHYLCYTOSINE AND DIAGNOSING OF CANCER

Antrags-/Publikationsnummer: WO 2017081689
Datum: 2017-05-18