2D Conformal mapping of protein surfaces: applications to VIsualization and DOCKing software

Informations projet

VIDOCK

N° de convention de subvention: 640283

DOI 10.3030/640283

Projet clôturé

Date de signature de la CE 11 Juin 2015

Date de début 1 Juillet 2015

Date de fin 31 Decembre 2021

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total € 1 498 791,25

Contribution de l’UE € 1 498 791,25

Coordonné par

CONSERVATOIRE NATIONAL DES ARTS ET METIERS
France

Publications

Conference proceedings (9)

SHREC 2021: surface-based protein domains retrieval

Auteurs: Florent Langenfeld, Tunde Aderinwale, Charles Christoffer, Woong-Hee Shin, Genki Terashi, Xiao Wang, Daisuke Kihara, Halim Benhabiles, Karim Hammoudi, Adnane Cabani,Feryal Windal, Mahmoud Melkemi, Ekpo Otu, Reyer Zwiggelaar, David Hunter, Yonghuai Liu, Léa Sirugue, Huu-Nghia Nguyen, Tuan-Duy Nguyen, Vinh-Thuyen Nguyen-Truong, Danh Le, Hai-Dang Nguyen, Minh-Triet Tran, Matthieu Montès
Publié dans: 3D Shape Retrieval Challenge SHREC 2021 in 14th Eurographics Workshop on 3D Object Retrieval 2021, 2021, Page(s) 19-26, ISBN 978-3-905674-79-8
Éditeur: Eurographics
DOI: 10.2312/3dor.20211308

Automatic Molecular Tour Creation: a Study

Auteurs: Larroque, Vincent; Maria, Maxime; Mérillou, Stéphane; Montes, Matthieu
Publié dans: https://hal.science/hal-04225143, Numéro 5, 2023, ISSN 2312-6124
Éditeur: Eurographics

Immersive sonification of protein surface

Auteurs: Bouchara Tifanie, Montes Matthieu
Publié dans: 2020 IEEE Conference on Virtual Reality and 3D User Interfaces Abstracts and Workshops (VRW), 2020, Page(s) 380-383
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/vrw50115.2020.00082

Global-to-local protein shape similarity system driven by digital elevation models

Auteurs: Daniela Craciun, Jeremy Sirugue, Matthieu Montes
Publié dans: 2017 2nd International Conference on Bio-engineering for Smart Technologies (BioSMART), 2017, Page(s) 1-4, ISBN 978-1-5386-0706-0
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/BIOSMART.2017.8095317

SHREC 2018 – Protein Shape Retrieval

Auteurs: Langenfeld, Florent; Axenopoulos, Apostolos; Chatzitofis, Anargyros; Craciun, Daniela; Daras, Petros; Du, Bowen; Giachetti, Andrea; Lai, Yu-kun; Li, Haisheng; Li, Yingbin; Masoumi, Majid; Peng, Yuxu; Rosin, Paul; Sirugue, Jeremy; Sun, Li; Thermos, Spyridon; Toews, Matthew; Wei, Yang; Wu, Yujuan; Zhai, Yujia; Zhao, Tianyu; Zheng, Yanping; Montes, Matthieu
Publié dans: Eurographics Workshop on 3D Object Retrieval (2018) 53-61, Numéro 1, 2018, ISSN 1997-0463
Éditeur: Eurographics Association
DOI: 10.2312/3dor.20181053

Protein Shape Retrieval Contest

Auteurs: Langenfeld, Florent; Axenopoulos, Apostolos; Benhabiles, Halim; Daras, Petros; Giachetti, Andrea; Han, Xusi; Hammoudi, Karim; Kihara, Daisuke; Lai, Tuan; Liu, Haiguang; Melkemi, Mahmoud; Mylonas, Stelios; Terashi, Genki; Wang, Yufan; Windal, Feryal; Montes, Matthieu
Publié dans: 3DOR 2019, Numéro 1, 2019
Éditeur: Eurographics
DOI: 10.2312/3dor.20191058

SHREC'17 Track: Protein Shape Retrieval

Auteurs: Song, Na; Craciun, Daniela; Christoffer, Charles; Han, Xusi; Kihara, Daisuke; Levieux, Guillaume; Montes, Matthieu; Qin, Hong; Sahu, Pranjal; Terashi, Genki; Liu, Haiguang
Publié dans: 3DOR 2017, Numéro 1, 2017, ISBN 978-3-03868-030-7
Éditeur: Eurographics
DOI: 10.2312/3dor.20171055

Shape Similarity System driven by Digital Elevation Models for Non-rigid Shape Retrieval

Auteurs: Craciun, Daniela; Levieux, Guillaume; Montes, Matthieu
Publié dans: 3DOR 2017, Numéro 1, 2017
Éditeur: Eurographics
DOI: 10.2312/3dor.20171051

Immersive sonification of protein surface

Auteurs: Tifanie Bouchara; Valère Raigneau; Matthieu Montes
Publié dans: IHM, Numéro 1, 2018
Éditeur: ACM
DOI: 10.1145/3286689.3286713

Peer reviewed articles (4)

Surface-based protein domains retrieval methods from a SHREC2021 challenge

Auteurs: Florent Langenfeld, Tunde Aderinwale, Charles Christoffer, Woong-Hee Shin, Genki Terashi, Xiao Wang, Daisuke Kihara, Halim Benhabiles, Karim Hammoudi, Adnane Cabani, Feryal Windal, Mahmoud Melkemi, Ekpo Otu, Reyer Zwiggelaar, David Hunter, Yonghuai Liu, Léa Sirugue, Huu-Nghia H Nguyen, Tuan-Duy H Nguyen, Vinh-Thuyen Nguyen-Truong, Danh Le, Hai-Dang Nguyen, Minh-Triet Tran, Matthieu Montès
Publié dans: Journal of Molecular Graphics and Modelling, Numéro 111, 2022, Page(s) 108103, ISSN 1093-3263
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jmgm.2021.108103

Comparative Evaluation of Shape Retrieval Methods on Macromolecular Surfaces: An Application of Computer Vision Methods in Structural Bioinformatics

Auteurs: Machat, Mohamed; Langenfeld, Florent; Craciun, Daniela; Sirugue, Lea; Labib, Taoufik; Lagarde, Maria; Maria, Maxime; Montes, Matthieu
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 2, 2021, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab511

<i>UDock2</i>: interactive real-time multi-body protein–protein docking software

Auteurs: Cyprien Plateau-Holleville; Simon Guionnière; Benjamin Boyer; Brian Jiménez-Garcia; Guillaume Levieux; Stéphane Mérillou; Maxime Maria; Matthieu Montes
Publié dans: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/39/10/btad609/7288885, Numéro 2, 2023, ISSN 1367-4811
Éditeur: Oxford Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad609

SHREC 2020: Multi-domain protein shape retrieval challenge

Auteurs: Florent Langenfeld, Yuxu Peng, Yu-Kun Lai, Paul L. Rosin, Tunde Aderinwale, Genki Terashi, Charles Christoffer, Daisuke Kihara, Halim Benhabiles, Karim Hammoudi, Adnane Cabani, Feryal Windal, Mahmoud Melkemi, Andrea Giachetti, Stelios Mylonas, Apostolos Axenopoulos, Petros Daras, Ekpo Otu, Reyer Zwiggelaar, David Hunter, Yonghuai Liu, Matthieu Montès
Publié dans: Computers & Graphics, Numéro 91, 2020, Page(s) 189-198, ISSN 0097-8493
Éditeur: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.cag.2020.07.013

Other (2)

PLO3S : Protein LOcal Surficial Similarity Screening

Auteurs: Sirugue, Lea; Langenfeld, Florent; Lagarde, Nathalie; Montes, Matthieu
Publié dans: bioRxiv, 2022
Éditeur: BioRxiv
DOI: 10.1101/2022.03.25.484718

Mapping the Future Of Drug Design

Auteurs: Montes Matthieu
Publié dans: 2019
Éditeur: EU Researcher