2D Conformal mapping of protein surfaces: applications to VIsualization and DOCKing software

Projektinformationen

VIDOCK

ID Finanzhilfevereinbarung: 640283

DOI

10.3030/640283

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 11 Juni 2015

Startdatum 1 Juli 2015

Enddatum 31 Dezember 2021

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 498 791,25

EU-Beitrag

€ 1 498 791,25

Koordiniert durch

CONSERVATOIRE NATIONAL DES ARTS ET METIERS
France

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Veröffentlichungen

Conference proceedings (9)

SHREC 2021: surface-based protein domains retrieval

Autoren: Florent Langenfeld, Tunde Aderinwale, Charles Christoffer, Woong-Hee Shin, Genki Terashi, Xiao Wang, Daisuke Kihara, Halim Benhabiles, Karim Hammoudi, Adnane Cabani,Feryal Windal, Mahmoud Melkemi, Ekpo Otu, Reyer Zwiggelaar, David Hunter, Yonghuai Liu, Léa Sirugue, Huu-Nghia Nguyen, Tuan-Duy Nguyen, Vinh-Thuyen Nguyen-Truong, Danh Le, Hai-Dang Nguyen, Minh-Triet Tran, Matthieu Montès
Veröffentlicht in: 3D Shape Retrieval Challenge SHREC 2021 in 14th Eurographics Workshop on 3D Object Retrieval 2021, 2021, Seite(n) 19-26, ISBN 978-3-905674-79-8
Herausgeber: Eurographics
DOI: 10.2312/3dor.20211308

Automatic Molecular Tour Creation: a Study

Autoren: Larroque, Vincent; Maria, Maxime; Mérillou, Stéphane; Montes, Matthieu
Veröffentlicht in: https://hal.science/hal-04225143, Ausgabe 5, 2023, ISSN 2312-6124
Herausgeber: Eurographics

Immersive sonification of protein surface

Autoren: Bouchara Tifanie, Montes Matthieu
Veröffentlicht in: 2020 IEEE Conference on Virtual Reality and 3D User Interfaces Abstracts and Workshops (VRW), 2020, Seite(n) 380-383
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/vrw50115.2020.00082

Global-to-local protein shape similarity system driven by digital elevation models

Autoren: Daniela Craciun, Jeremy Sirugue, Matthieu Montes
Veröffentlicht in: 2017 2nd International Conference on Bio-engineering for Smart Technologies (BioSMART), 2017, Seite(n) 1-4, ISBN 978-1-5386-0706-0
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/BIOSMART.2017.8095317

SHREC 2018 – Protein Shape Retrieval

Autoren: Langenfeld, Florent; Axenopoulos, Apostolos; Chatzitofis, Anargyros; Craciun, Daniela; Daras, Petros; Du, Bowen; Giachetti, Andrea; Lai, Yu-kun; Li, Haisheng; Li, Yingbin; Masoumi, Majid; Peng, Yuxu; Rosin, Paul; Sirugue, Jeremy; Sun, Li; Thermos, Spyridon; Toews, Matthew; Wei, Yang; Wu, Yujuan; Zhai, Yujia; Zhao, Tianyu; Zheng, Yanping; Montes, Matthieu
Veröffentlicht in: Eurographics Workshop on 3D Object Retrieval (2018) 53-61, Ausgabe 1, 2018, ISSN 1997-0463
Herausgeber: Eurographics Association
DOI: 10.2312/3dor.20181053

Protein Shape Retrieval Contest

Autoren: Langenfeld, Florent; Axenopoulos, Apostolos; Benhabiles, Halim; Daras, Petros; Giachetti, Andrea; Han, Xusi; Hammoudi, Karim; Kihara, Daisuke; Lai, Tuan; Liu, Haiguang; Melkemi, Mahmoud; Mylonas, Stelios; Terashi, Genki; Wang, Yufan; Windal, Feryal; Montes, Matthieu
Veröffentlicht in: 3DOR 2019, Ausgabe 1, 2019
Herausgeber: Eurographics
DOI: 10.2312/3dor.20191058

SHREC'17 Track: Protein Shape Retrieval

Autoren: Song, Na; Craciun, Daniela; Christoffer, Charles; Han, Xusi; Kihara, Daisuke; Levieux, Guillaume; Montes, Matthieu; Qin, Hong; Sahu, Pranjal; Terashi, Genki; Liu, Haiguang
Veröffentlicht in: 3DOR 2017, Ausgabe 1, 2017, ISBN 978-3-03868-030-7
Herausgeber: Eurographics
DOI: 10.2312/3dor.20171055

Shape Similarity System driven by Digital Elevation Models for Non-rigid Shape Retrieval

Autoren: Craciun, Daniela; Levieux, Guillaume; Montes, Matthieu
Veröffentlicht in: 3DOR 2017, Ausgabe 1, 2017
Herausgeber: Eurographics
DOI: 10.2312/3dor.20171051

Immersive sonification of protein surface

Autoren: Tifanie Bouchara; Valère Raigneau; Matthieu Montes
Veröffentlicht in: IHM, Ausgabe 1, 2018
Herausgeber: ACM
DOI: 10.1145/3286689.3286713

Peer reviewed articles (4)

Surface-based protein domains retrieval methods from a SHREC2021 challenge

Autoren: Florent Langenfeld, Tunde Aderinwale, Charles Christoffer, Woong-Hee Shin, Genki Terashi, Xiao Wang, Daisuke Kihara, Halim Benhabiles, Karim Hammoudi, Adnane Cabani, Feryal Windal, Mahmoud Melkemi, Ekpo Otu, Reyer Zwiggelaar, David Hunter, Yonghuai Liu, Léa Sirugue, Huu-Nghia H Nguyen, Tuan-Duy H Nguyen, Vinh-Thuyen Nguyen-Truong, Danh Le, Hai-Dang Nguyen, Minh-Triet Tran, Matthieu Montès
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Graphics and Modelling, Ausgabe 111, 2022, Seite(n) 108103, ISSN 1093-3263
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jmgm.2021.108103

Comparative Evaluation of Shape Retrieval Methods on Macromolecular Surfaces: An Application of Computer Vision Methods in Structural Bioinformatics

Autoren: Machat, Mohamed; Langenfeld, Florent; Craciun, Daniela; Sirugue, Lea; Labib, Taoufik; Lagarde, Maria; Maria, Maxime; Montes, Matthieu
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 2, 2021, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab511

<i>UDock2</i>: interactive real-time multi-body protein–protein docking software

Autoren: Cyprien Plateau-Holleville; Simon Guionnière; Benjamin Boyer; Brian Jiménez-Garcia; Guillaume Levieux; Stéphane Mérillou; Maxime Maria; Matthieu Montes
Veröffentlicht in: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/39/10/btad609/7288885, Ausgabe 2, 2023, ISSN 1367-4811
Herausgeber: Oxford Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btad609

SHREC 2020: Multi-domain protein shape retrieval challenge

Autoren: Florent Langenfeld, Yuxu Peng, Yu-Kun Lai, Paul L. Rosin, Tunde Aderinwale, Genki Terashi, Charles Christoffer, Daisuke Kihara, Halim Benhabiles, Karim Hammoudi, Adnane Cabani, Feryal Windal, Mahmoud Melkemi, Andrea Giachetti, Stelios Mylonas, Apostolos Axenopoulos, Petros Daras, Ekpo Otu, Reyer Zwiggelaar, David Hunter, Yonghuai Liu, Matthieu Montès
Veröffentlicht in: Computers & Graphics, Ausgabe 91, 2020, Seite(n) 189-198, ISSN 0097-8493
Herausgeber: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.cag.2020.07.013

Other (2)

PLO3S : Protein LOcal Surficial Similarity Screening

Autoren: Sirugue, Lea; Langenfeld, Florent; Lagarde, Nathalie; Montes, Matthieu
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2022
Herausgeber: BioRxiv
DOI: 10.1101/2022.03.25.484718

Mapping the Future Of Drug Design

Autoren: Montes Matthieu
Veröffentlicht in: 2019
Herausgeber: EU Researcher