The Plasmidome: a Driving Force of Rumen Microbial Evolution from Birth to Adulthood

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Publications

Unravelling plasmidome distribution and interaction with its hosting microbiome

Auteurs: Brown Kav, Aya; Rozov, Roye; Bogumil, David; Sørensen, Søren Johannes; Hansen, Lars Hestbjerg; Benhar, Itai; Halperin, Eran; Shamir, Ron; Mizrahi, Itzhak
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 14, 2020, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.14813

Compositional and functional dynamics of the bovine rumen methanogenic community across different developmental stages.

Auteurs: Nir Friedman; Elie Jami; Itzhak Mizrahi
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 1, 2017, ISSN 0000-0000
Éditeur: SFAM
DOI: 10.1111/1462-2920.13846

Modeling the temporal dynamics of the gut microbial community in adults and infants.

Auteurs: Shenhav, Liat; Furman, Ori; Briscoe, Leah; Thompson, Mike; Silverman, Justin D.; Mizrahi, Itzhak; Halperin, Eran
Publié dans: PLoS Computational Biology, Numéro 20, 2019, ISSN 0000-0000
Éditeur: Plos
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006960

A heritable subset of the core rumen microbiome dictates dairy cow productivity and emissions

Auteurs: Wallace, R. John; Sasson, Goor; Garnsworthy, Philip C.; Tapio, Ilma; Gregson, Emma; Bani, Paolo; Huhtanen, Pekka; Bayat, Ali R.; Strozzi, Francesco; Biscarini, Filippo; Snelling, Timothy J.; Saunders, Neil; Potterton, Sarah L.; Craigon, James; Minuti, Andrea; Trevisi, Erminio; Callegari, Maria L.; Cappelli, Fiorenzo Piccioli; Cabezas-Garcia, Edward H.; Vilkki, Johanna; Pinares-Patino, Cesar; Flieg
Publié dans: Sciences Advances, Numéro 9, 2019, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.aav8391

Short- and long-term low-salinity acclimation effects on the branchial and intestinal gene expression in the European seabass (Dicentrarchus labrax).

Auteurs: Kokou, Fotini; Con, Pazit; Barki, Assaf; Nitzan, Tali; Slosman, Tatiana; Mizrahi, Itzhak; Cnaani, Avner
Publié dans: Comparative Biochemistry and Physiology Part A: Molecular & Integrative Physiology, Numéro 8, 2019, ISSN 1095-6433
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cbpa.2019.01.018

Broad phylogeny and functionality of cellulosomal components in the bovine rumen microbiome.

Auteurs: Lizi Bensoussan; Sarah Moraïs; Bareket Dassa; Nir Friedman; Bernard Henrissat; Vincent Lombard; Edward A. Bayer; Itzhak Mizrahi
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 2, 2017, ISSN 0000-0000
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1111/1462-2920.13561

Segregational drift and the interplay between plasmid copy number and evolvability

Auteurs: Judith Ilhan; Anneke Kupczok; Christian Woehle; Tanita Wein; Nils F Huelter; Philip Rosenstiel; Giddy Landan; Itzhak Mizrahi; Tal Dagan
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 21, 2018, ISSN 1537-1719
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/molbev/msy225

Emergence of plasmid stability under non-selective conditions maintains antibiotic resistance.

Auteurs: Wein, Tanita; Hülter, Nils F.; Mizrahi, Itzhak; Dagan, Tal
Publié dans: Nature Communications, Numéro 1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-10600-7

SCAPP: an algorithm for improved plasmid assembly in metagenomes

Auteurs: Pellow, D., Zorea, A., Probst, M. et al.
Publié dans: Microbiome, 2021, ISSN 2049-2618
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1186/s40168-021-01068-z

Rapid adaptation for fibre degradation by changes in plasmid stoichiometry within Lactobacillus plantarum at the synthetic community level

Auteurs: Yonit Ben-David; Sarah Moraïs; Sarah Moraïs; Edward A. Bayer; Itzhak Mizrahi
Publié dans: Microbial Biotechnology, Numéro 1, 2020, ISSN 1751-7915
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1111/1751-7915.13584

The rumen microbiome: balancing food security and environmental impacts

Auteurs: Itzhak Mizrahi 1 , R John Wallace 2 , Sarah Moraïs 3
Publié dans: Nature reviews microbiology, 2021, ISSN 1740-1526
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-021-00543-6

Generating lineage-resolved, complete metagenome-assembled genomes from complex microbial communities

Auteurs: Derek M. Bickhart, Mikhail Kolmogorov, Elizabeth Tseng, Daniel M. Portik, Anton Korobeynikov, Ivan Tolstoganov, Gherman Uritskiy, Ivan Liachko, Shawn T. Sullivan, Sung Bong Shin, Alvah Zorea, Victòria Pascal Andreu, Kevin Panke-Buisse, Marnix H. Medema, Itzhak Mizrahi, Pavel A. Pevzner & Timothy P. L. Smith
Publié dans: Nature Biotechnology, 2021, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-021-01130-z

PlasClass improves plasmid sequence classification

Auteurs: David Pellow; Itzik Mizrahi; Ron Shamir
Publié dans: PLoS Computational Biology, Vol 16, Iss 4, p e1007781 (2020), Numéro 4, 2020, ISSN 1553-7358
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1101/783571

Heritable Bovine Rumen Bacteria Are Phylogenetically Related and Correlated with the Cow’s Capacity To Harvest Energy from Its Feed

Auteurs: Goor Sasson, Sheerli Kruger Ben-Shabat, Eyal Seroussi, Adi Doron-Faigenboim, Naama Shterzer, Shamay Yaacoby, Margret E. Berg Miller, Bryan A. White, Eran Halperin, Itzhak Mizrahi
Publié dans: mBio, Numéro 8/4, 2017, ISSN 2150-7511
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mBio.00703-17

Insights Into Culturomics of the Rumen Microbiome

Auteurs: Tamar Zehavi, Maraike Probst, Itzhak Mizrahi
Publié dans: Frontiers in Microbiology, Numéro 9, 2018, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2018.01999

Review: The compositional variation of the rumen microbiome and its effect on host performance and methane emission

Auteurs: I. Mizrahi, E. Jami
Publié dans: animal, 2018, Page(s) 1-13, ISSN 1751-7311
Éditeur: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/S1751731118001957

Recycler: an algorithm for detecting plasmids from de novo assembly graphs

Auteurs: Roye Rozov, Aya Brown Kav, David Bogumil, Naama Shterzer, Eran Halperin, Itzhak Mizrahi, Ron Shamir
Publié dans: Bioinformatics, 2016, Page(s) btw651, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btw651

Specific microbiome-dependent mechanisms underlie the energy harvest efficiency of ruminants

Auteurs: Sheerli Kruger Ben Shabat, Goor Sasson, Adi Doron-Faigenboim, Thomer Durman, Shamay Yaacoby, Margret E Berg Miller, Bryan A White, Naama Shterzer, Itzhak Mizrahi
Publié dans: The ISME Journal, Numéro 10/12, 2016, Page(s) 2958-2972, ISSN 1751-7362
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ismej.2016.62

Assembly of Synthetic Functional Cellulosomal Structures onto the Cell Surface of Lactobacillus plantarum , a Potent Member of the Gut Microbiome

Auteurs: Johanna Stern, Sarah Moraïs, Yonit Ben-David, Rachel Salama, Melina Shamshoum, Raphael Lamed, Yuval Shoham, Edward A. Bayer, Itzhak Mizrahi
Publié dans: Applied and Environmental Microbiology, Numéro 84/8, 2018, ISSN 0099-2240
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/AEM.00282-18

Microbiome niche modification drives diurnal rumen community assembly, overpowering individual variability and diet effects

Auteurs: Yoav Shaani, Tamar Zehavi, Stav Eyal, Joshuah Miron, Itzhak Mizrahi
Publié dans: The ISME Journal, Numéro 12/10, 2018, Page(s) 2446-2457, ISSN 1751-7362
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-018-0203-0

Addressing Global Ruminant Agricultural Challenges Through Understanding the Rumen Microbiome: Past, Present, and Future

Auteurs: Sharon A. Huws, Christopher J. Creevey, Linda B. Oyama, Itzhak Mizrahi, Stuart E. Denman, Milka Popova, Rafael Muñoz-Tamayo, Evelyne Forano, Sinead M. Waters, Matthias Hess, Ilma Tapio, Hauke Smidt, Sophie J. Krizsan, David R. Yáñez-Ruiz, Alejandro Belanche, Leluo Guan, Robert J. Gruninger, Tim A. McAllister, C. Jamie Newbold, Rainer Roehe, Richard J. Dewhurst, Tim J. Snelling, Mick Watson, Gar
Publié dans: Frontiers in Microbiology, Numéro 9, 2018, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2018.02161

Compositional and functional dynamics of the bovine rumen methanogenic community across different developmental stages

Auteurs: Nir Friedman, Elie Jami, Itzhak Mizrahi
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 19/8, 2017, Page(s) 3365-3373, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.13846

Diet-induced changes of redox potential underlie compositional shifts in the rumen archaeal community

Auteurs: Nir Friedman, Eran Shriker, Ben Gold, Thomer Durman, Raphy Zarecki, Eytan Ruppin, Itzhak Mizrahi
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 19/1, 2017, Page(s) 174-184, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.13551

Host genetic selection for cold tolerance shapes microbiome composition and modulates its response to temperature

Auteurs: Fotini Kokou, Goor Sasson, Tali Nitzan, Adi Doron-Faigenboim, Sheenan Harpaz, Avner Cnaani, Itzhak Mizrahi
Publié dans: eLife, Numéro 7, 2018, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.36398

The Road Not Taken: The Rumen Microbiome, Functional Groups, and Community States

Auteurs: Sarah Moraïs, Itzhak Mizrahi
Publié dans: Trends in Microbiology, 2019, ISSN 0966-842X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2018.12.011

Man-made microbial resistances in built environments

Auteurs: Mahnert, Alexander; Moissl-Eichinger, Christine; Zojer, Markus; Bogumil, David; Mizrahi, Itzhak; Rattei, Thomas; Martinez, José Luis; Berg, Gabriele
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-08864-0

Review: The compositional variation of the rumen microbiome and its effect on host performance and methane emission.

Auteurs: Itzhak Mizrahi; Elie Jami
Publié dans: animal, Numéro 7, 2018, ISSN 1751-7311
Éditeur: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/s1751731118001957

Assembly of Synthetic Functional Cellulosomal Structures onto the Cell Surface of Lactobacillus plantarum, a Potent Member of the Gut Microbiome.

Auteurs: Stern, Johanna; Moraïs, Sarah; Ben-David, Yonit; Salama, Rachel; Shamshoum, Melina; Lamed, Raphael; Shoham, Yuval; Bayer, Edward A.; Mizrahi, Itzhak
Publié dans: AEM, Numéro 8, 2018, ISSN 0000-0000
Éditeur: American Society for microbiology
DOI: 10.1128/aem.00282-18

Islands in the stream: from individual to communal fiber degradation in the rumen ecosystem.

Auteurs: Moraïs, Sarah; Mizrahi, Itzhak
Publié dans: FEMS Microbiology Reviews, Numéro 3, 2019, ISSN 0168-6445
Éditeur: Blackwell
DOI: 10.1093/femsre/fuz007

Algorithmic Learning for Auto-deconvolution of GC-MS Data to Enable Molecular Networking within GNPS

Auteurs: Aksenov, Alexander A.; Laponogov, Ivan; Zhang, Zheng; Doran, Sophie LF; Belluomo, Ilaria; Veselkov, Dennis; Bittremieux, Wout; Nothias, Louis Felix; Nothias-Esposito, Mélissa; Maloney, Katherine N.; Misra, Biswapriya B.; Melnik, Alexey V.; Jones II, Kenneth L.; Dorrestein, Kathleen; Panitchpakdi, Morgan; Ernst, Madeleine; van der Hooft, Justin J.J.; Gonzalez, Mabel; Carazzone, Chiara; Amézquita,
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 16, 2021, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2020.01.13.905091

Context-dependent dynamics lead to the assembly of functionally distinct microbial communities.

Auteurs: Leonora S. Bittleston; Leonora S. Bittleston; Matti Gralka; Gabriel E. Leventhal; Itzhak Mizrahi; Otto X. Cordero
Publié dans: Nature Communications, Numéro 6, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-15169-0

Disentangling the individual forces that shape the rumen microbiome

Auteurs: Itzhak Mizrahi; Elie Jami
Publié dans: EMBO, Numéro 5, 2021, ISSN 1469-221X
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202052269

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