The Plasmidome: a Driving Force of Rumen Microbial Evolution from Birth to Adulthood

Projektinformationen

RuMicroPlas

ID Finanzhilfevereinbarung: 640384

DOI

10.3030/640384

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 27 August 2015

Startdatum 1 Januar 2016

Enddatum 31 Dezember 2021

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 499 000,00

EU-Beitrag

€ 1 499 000,00

Koordiniert durch

BEN-GURION UNIVERSITY OF THE NEGEV
Israel

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (32)

Unravelling plasmidome distribution and interaction with its hosting microbiome

Autoren: Brown Kav, Aya; Rozov, Roye; Bogumil, David; Sørensen, Søren Johannes; Hansen, Lars Hestbjerg; Benhar, Itai; Halperin, Eran; Shamir, Ron; Mizrahi, Itzhak
Veröffentlicht in: Environmental Microbiology, Ausgabe 14, 2020, ISSN 1462-2912
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.14813

Compositional and functional dynamics of the bovine rumen methanogenic community across different developmental stages.

Autoren: Nir Friedman; Elie Jami; Itzhak Mizrahi
Veröffentlicht in: Environmental Microbiology, Ausgabe 1, 2017, ISSN 0000-0000
Herausgeber: SFAM
DOI: 10.1111/1462-2920.13846

Modeling the temporal dynamics of the gut microbial community in adults and infants.

Autoren: Shenhav, Liat; Furman, Ori; Briscoe, Leah; Thompson, Mike; Silverman, Justin D.; Mizrahi, Itzhak; Halperin, Eran
Veröffentlicht in: PLoS Computational Biology, Ausgabe 20, 2019, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Plos
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006960

A heritable subset of the core rumen microbiome dictates dairy cow productivity and emissions

Autoren: Wallace, R. John; Sasson, Goor; Garnsworthy, Philip C.; Tapio, Ilma; Gregson, Emma; Bani, Paolo; Huhtanen, Pekka; Bayat, Ali R.; Strozzi, Francesco; Biscarini, Filippo; Snelling, Timothy J.; Saunders, Neil; Potterton, Sarah L.; Craigon, James; Minuti, Andrea; Trevisi, Erminio; Callegari, Maria L.; Cappelli, Fiorenzo Piccioli; Cabezas-Garcia, Edward H.; Vilkki, Johanna; Pinares-Patino, Cesar; Flieg
Veröffentlicht in: Sciences Advances, Ausgabe 9, 2019, ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.aav8391

Short- and long-term low-salinity acclimation effects on the branchial and intestinal gene expression in the European seabass (Dicentrarchus labrax).

Autoren: Kokou, Fotini; Con, Pazit; Barki, Assaf; Nitzan, Tali; Slosman, Tatiana; Mizrahi, Itzhak; Cnaani, Avner
Veröffentlicht in: Comparative Biochemistry and Physiology Part A: Molecular & Integrative Physiology, Ausgabe 8, 2019, ISSN 1095-6433
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cbpa.2019.01.018

Broad phylogeny and functionality of cellulosomal components in the bovine rumen microbiome.

Autoren: Lizi Bensoussan; Sarah Moraïs; Bareket Dassa; Nir Friedman; Bernard Henrissat; Vincent Lombard; Edward A. Bayer; Itzhak Mizrahi
Veröffentlicht in: Environmental Microbiology, Ausgabe 2, 2017, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1111/1462-2920.13561

Segregational drift and the interplay between plasmid copy number and evolvability

Autoren: Judith Ilhan; Anneke Kupczok; Christian Woehle; Tanita Wein; Nils F Huelter; Philip Rosenstiel; Giddy Landan; Itzhak Mizrahi; Tal Dagan
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe 21, 2018, ISSN 1537-1719
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/molbev/msy225

Emergence of plasmid stability under non-selective conditions maintains antibiotic resistance.

Autoren: Wein, Tanita; Hülter, Nils F.; Mizrahi, Itzhak; Dagan, Tal
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 1, 2019, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-10600-7

SCAPP: an algorithm for improved plasmid assembly in metagenomes

Autoren: Pellow, D., Zorea, A., Probst, M. et al.
Veröffentlicht in: Microbiome, 2021, ISSN 2049-2618
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1186/s40168-021-01068-z

Rapid adaptation for fibre degradation by changes in plasmid stoichiometry within Lactobacillus plantarum at the synthetic community level

Autoren: Yonit Ben-David; Sarah Moraïs; Sarah Moraïs; Edward A. Bayer; Itzhak Mizrahi
Veröffentlicht in: Microbial Biotechnology, Ausgabe 1, 2020, ISSN 1751-7915
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1111/1751-7915.13584

The rumen microbiome: balancing food security and environmental impacts

Autoren: Itzhak Mizrahi 1 , R John Wallace 2 , Sarah Moraïs 3
Veröffentlicht in: Nature reviews microbiology, 2021, ISSN 1740-1526
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-021-00543-6

Generating lineage-resolved, complete metagenome-assembled genomes from complex microbial communities

Autoren: Derek M. Bickhart, Mikhail Kolmogorov, Elizabeth Tseng, Daniel M. Portik, Anton Korobeynikov, Ivan Tolstoganov, Gherman Uritskiy, Ivan Liachko, Shawn T. Sullivan, Sung Bong Shin, Alvah Zorea, Victòria Pascal Andreu, Kevin Panke-Buisse, Marnix H. Medema, Itzhak Mizrahi, Pavel A. Pevzner & Timothy P. L. Smith
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, 2021, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-021-01130-z

PlasClass improves plasmid sequence classification

Autoren: David Pellow; Itzik Mizrahi; Ron Shamir
Veröffentlicht in: PLoS Computational Biology, Vol 16, Iss 4, p e1007781 (2020), Ausgabe 4, 2020, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1101/783571

Heritable Bovine Rumen Bacteria Are Phylogenetically Related and Correlated with the Cow’s Capacity To Harvest Energy from Its Feed

Autoren: Goor Sasson, Sheerli Kruger Ben-Shabat, Eyal Seroussi, Adi Doron-Faigenboim, Naama Shterzer, Shamay Yaacoby, Margret E. Berg Miller, Bryan A. White, Eran Halperin, Itzhak Mizrahi
Veröffentlicht in: mBio, Ausgabe 8/4, 2017, ISSN 2150-7511
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mBio.00703-17

Insights Into Culturomics of the Rumen Microbiome

Autoren: Tamar Zehavi, Maraike Probst, Itzhak Mizrahi
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2018.01999

Review: The compositional variation of the rumen microbiome and its effect on host performance and methane emission

Autoren: I. Mizrahi, E. Jami
Veröffentlicht in: animal, 2018, Seite(n) 1-13, ISSN 1751-7311
Herausgeber: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/S1751731118001957

Recycler: an algorithm for detecting plasmids from de novo assembly graphs

Autoren: Roye Rozov, Aya Brown Kav, David Bogumil, Naama Shterzer, Eran Halperin, Itzhak Mizrahi, Ron Shamir
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2016, Seite(n) btw651, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btw651

Specific microbiome-dependent mechanisms underlie the energy harvest efficiency of ruminants

Autoren: Sheerli Kruger Ben Shabat, Goor Sasson, Adi Doron-Faigenboim, Thomer Durman, Shamay Yaacoby, Margret E Berg Miller, Bryan A White, Naama Shterzer, Itzhak Mizrahi
Veröffentlicht in: The ISME Journal, Ausgabe 10/12, 2016, Seite(n) 2958-2972, ISSN 1751-7362
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ismej.2016.62

Assembly of Synthetic Functional Cellulosomal Structures onto the Cell Surface of Lactobacillus plantarum , a Potent Member of the Gut Microbiome

Autoren: Johanna Stern, Sarah Moraïs, Yonit Ben-David, Rachel Salama, Melina Shamshoum, Raphael Lamed, Yuval Shoham, Edward A. Bayer, Itzhak Mizrahi
Veröffentlicht in: Applied and Environmental Microbiology, Ausgabe 84/8, 2018, ISSN 0099-2240
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/AEM.00282-18

Microbiome niche modification drives diurnal rumen community assembly, overpowering individual variability and diet effects

Autoren: Yoav Shaani, Tamar Zehavi, Stav Eyal, Joshuah Miron, Itzhak Mizrahi
Veröffentlicht in: The ISME Journal, Ausgabe 12/10, 2018, Seite(n) 2446-2457, ISSN 1751-7362
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-018-0203-0

Addressing Global Ruminant Agricultural Challenges Through Understanding the Rumen Microbiome: Past, Present, and Future

Autoren: Sharon A. Huws, Christopher J. Creevey, Linda B. Oyama, Itzhak Mizrahi, Stuart E. Denman, Milka Popova, Rafael Muñoz-Tamayo, Evelyne Forano, Sinead M. Waters, Matthias Hess, Ilma Tapio, Hauke Smidt, Sophie J. Krizsan, David R. Yáñez-Ruiz, Alejandro Belanche, Leluo Guan, Robert J. Gruninger, Tim A. McAllister, C. Jamie Newbold, Rainer Roehe, Richard J. Dewhurst, Tim J. Snelling, Mick Watson, Gar
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2018.02161

Compositional and functional dynamics of the bovine rumen methanogenic community across different developmental stages

Autoren: Nir Friedman, Elie Jami, Itzhak Mizrahi
Veröffentlicht in: Environmental Microbiology, Ausgabe 19/8, 2017, Seite(n) 3365-3373, ISSN 1462-2912
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.13846

Diet-induced changes of redox potential underlie compositional shifts in the rumen archaeal community

Autoren: Nir Friedman, Eran Shriker, Ben Gold, Thomer Durman, Raphy Zarecki, Eytan Ruppin, Itzhak Mizrahi
Veröffentlicht in: Environmental Microbiology, Ausgabe 19/1, 2017, Seite(n) 174-184, ISSN 1462-2912
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.13551

Host genetic selection for cold tolerance shapes microbiome composition and modulates its response to temperature

Autoren: Fotini Kokou, Goor Sasson, Tali Nitzan, Adi Doron-Faigenboim, Sheenan Harpaz, Avner Cnaani, Itzhak Mizrahi
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 7, 2018, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.36398

The Road Not Taken: The Rumen Microbiome, Functional Groups, and Community States

Autoren: Sarah Moraïs, Itzhak Mizrahi
Veröffentlicht in: Trends in Microbiology, 2019, ISSN 0966-842X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tim.2018.12.011

Man-made microbial resistances in built environments

Autoren: Mahnert, Alexander; Moissl-Eichinger, Christine; Zojer, Markus; Bogumil, David; Mizrahi, Itzhak; Rattei, Thomas; Martinez, José Luis; Berg, Gabriele
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2019, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-08864-0

Review: The compositional variation of the rumen microbiome and its effect on host performance and methane emission.

Autoren: Itzhak Mizrahi; Elie Jami
Veröffentlicht in: animal, Ausgabe 7, 2018, ISSN 1751-7311
Herausgeber: Cambridge University Press
DOI: 10.1017/s1751731118001957

Assembly of Synthetic Functional Cellulosomal Structures onto the Cell Surface of Lactobacillus plantarum, a Potent Member of the Gut Microbiome.

Autoren: Stern, Johanna; Moraïs, Sarah; Ben-David, Yonit; Salama, Rachel; Shamshoum, Melina; Lamed, Raphael; Shoham, Yuval; Bayer, Edward A.; Mizrahi, Itzhak
Veröffentlicht in: AEM, Ausgabe 8, 2018, ISSN 0000-0000
Herausgeber: American Society for microbiology
DOI: 10.1128/aem.00282-18

Islands in the stream: from individual to communal fiber degradation in the rumen ecosystem.

Autoren: Moraïs, Sarah; Mizrahi, Itzhak
Veröffentlicht in: FEMS Microbiology Reviews, Ausgabe 3, 2019, ISSN 0168-6445
Herausgeber: Blackwell
DOI: 10.1093/femsre/fuz007

Algorithmic Learning for Auto-deconvolution of GC-MS Data to Enable Molecular Networking within GNPS

Autoren: Aksenov, Alexander A.; Laponogov, Ivan; Zhang, Zheng; Doran, Sophie LF; Belluomo, Ilaria; Veselkov, Dennis; Bittremieux, Wout; Nothias, Louis Felix; Nothias-Esposito, Mélissa; Maloney, Katherine N.; Misra, Biswapriya B.; Melnik, Alexey V.; Jones II, Kenneth L.; Dorrestein, Kathleen; Panitchpakdi, Morgan; Ernst, Madeleine; van der Hooft, Justin J.J.; Gonzalez, Mabel; Carazzone, Chiara; Amézquita,
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 16, 2021, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1101/2020.01.13.905091

Context-dependent dynamics lead to the assembly of functionally distinct microbial communities.

Autoren: Leonora S. Bittleston; Leonora S. Bittleston; Matti Gralka; Gabriel E. Leventhal; Itzhak Mizrahi; Otto X. Cordero
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 6, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-15169-0

Disentangling the individual forces that shape the rumen microbiome

Autoren: Itzhak Mizrahi; Elie Jami
Veröffentlicht in: EMBO, Ausgabe 5, 2021, ISSN 1469-221X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202052269