Livrables
Full Map Transcriptomicproteomics pipeline
Enrichment tool based on llama antibodiesVerification of gene expression data from in vitro, ex vivo and in vivo samples
Validated PCR assays for resistant Candida isolates
Comparative transcriptomics of all transcriptional data
Comparative transcriptomics of all transcriptional data; identification of Candida-specific, species-specific and stage specific fungal and host pattern and factors
OPATHY OMICS pipelineValidated biomarkers candidiasis
Validated PCR assays for Candida pathogens
OPATHY final symposium and publication
Dissection of RNAseq samples from Candida-blood infections for diagnostic purposes
Dissection of RNAseq samples from Candida-blood infections for diagnostic purposes
In vitro, ex vivo and in vivo transcriptional profiles of all Candida speciesIn vitro ex vivo and in vivo transcriptional profiles of all Candida species
Analysis of the role of identified factorsIn vitro, ex vivo Infection models established and characterized for all Candida species
In vitro ex vivo Infection models established and characterized for all Candida species
Improved proteomics-based diagnostics of pathogenic yeast species complexesImproved proteomics-based diagnostics of pathogenic yeast species complexes
Validated biomarkers for resistant Candida isolatesProteomics-based diagnostics of infected clinical materials
Proteomics-based diagnostics of resistant isolates
Publications
Auteurs:
Mansoureh Vatanshenassan, Teun Boekhout, Cornelia Lass-Flörl, Michaela Lackner, Sören Schubert, Markus Kostrzewa, Katrin Sparbier
Publié dans:
Journal of Clinical Microbiology, Numéro 56/9, 2018, ISSN 0095-1137
Éditeur:
American Society for Microbiology
DOI:
10.1128/JCM.00420-18
Auteurs:
Amir Arastehfar, Wenjie Fang, Hamid Badali, Afsane Vaezi, Weiwei Jiang, Wanqing Liao, Weihua Pan, Ferry Hagen, Teun Boekhout
Publié dans:
Frontiers in Microbiology, Numéro 9, 2018, ISSN 1664-302X
Éditeur:
Frontiers Media
DOI:
10.3389/fmicb.2018.01119
Auteurs:
Ester Saus, Jesse R. Willis, Leszek P. Pryszcz, Ahmed Hafez, Carlos Llorens, Heinz Himmelbauer, Toni Gabaldón
Publié dans:
RNA, Numéro 24/4, 2018, Page(s) 609-619, ISSN 1355-8382
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI:
10.1261/rna.063073.117
Auteurs:
Antonio Rodríguez, Mario Vaneechoutte
Publié dans:
BMC Microbiology, Numéro 19/1, 2019, ISSN 1471-2180
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12866-019-1473-z
Auteurs:
Verónica Mixão, Antonio Perez Hansen, Ester Saus, Teun Boekhout, Cornelia Lass-Florl, Toni Gabaldón
Publié dans:
Frontiers in Genetics, Numéro 10, 2019, ISSN 1664-8021
Éditeur:
Frontiers Media
DOI:
10.3389/fgene.2019.00383
Auteurs:
Aimilia A. Stavrou, Verónica Mixão, Teun Boekhout, Toni Gabaldón
Publié dans:
Yeast, Numéro 35/6, 2018, Page(s) 425-429, ISSN 0749-503X
Éditeur:
John Wiley & Sons Inc.
DOI:
10.1002/yea.3303
Auteurs:
Elise Iracane, Paul D. Donovan, Mihaela Ola, Geraldine Butler, Linda M. Holland
Publié dans:
mSphere, Numéro 3/6, 2018, ISSN 2379-5042
Éditeur:
American Society for Microbiology
DOI:
10.1128/msphere.00532-18
Auteurs:
Mansoureh Vatanshenassan, Teun Boekhout, Jacques F. Meis, Judith Berman, Anuradha Chowdhary, Ronen Ben-Ami, Katrin Sparbier, Markus Kostrzewa
Publié dans:
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, Numéro 9, 2019, ISSN 2235-2988
Éditeur:
Frontiers Media S. A.
DOI:
10.3389/fcimb.2019.00020
Auteurs:
Lisa Lombardi, João Oliveira-Pacheco, Geraldine Butler
Publié dans:
mSphere, Numéro 4/2, 2019, ISSN 2379-5042
Éditeur:
American Society for Microbiology
DOI:
10.1128/msphere.00125-19
Auteurs:
Afsane Vaezi, Hamed Fakhim, Amir Arastehfar, Tahereh Shokohi, Mohammad T. Hedayati, Sadegh Khodavaisy, Ali Rezaei-Matehkolaei, Parisa Badiee, Ferry Hagen, Cornelia Lass-Flörl, Eric Dannaoui, Jacques F. Meis, Hamid Badali
Publié dans:
Mycoses, Numéro 61/2, 2018, Page(s) 134-142, ISSN 0933-7407
Éditeur:
Blackwell Publishing Inc.
DOI:
10.1111/myc.12716
Auteurs:
Amir Arastehfar, Farnaz Daneshnia, Mohammad Kord, Maryam Roudbary, Hossein Zarrinfar, Wenjie Fang, Sayed Jamal Hashemi, Mohammad Javad Najafzadeh, Sadegh Khodavaisy, Weihua Pan, Wanqing Liao, Hamid Badali, Sassan Rezaie, Kamiar Zomorodian, Ferry Hagen, Teun Boekhout
Publié dans:
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, Numéro 9, 2019, ISSN 2235-2988
Éditeur:
Frontiers Media S. A.
DOI:
10.3389/fcimb.2019.00021
Auteurs:
Amir Arastehfar, Wenjie Fang, Weihua Pan, Michaela Lackner, Wanqing Liao, Parisa Badiee, Kamiar Zomorodian, Hamid Badali, Ferry Hagen, Cornelia Lass-Flörl, Teun Boekhout
Publié dans:
Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, Numéro 93/2, 2019, Page(s) 112-119, ISSN 0732-8893
Éditeur:
Elsevier BV
DOI:
10.1016/j.diagmicrobio.2018.09.007
Auteurs:
Amir Arastehfar, Wenjie Fang, Weihua Pan, Wanqing Liao, Liang Yan, Teun Boekhout
Publié dans:
BMC Infectious Diseases, Numéro 18/1, 2018, ISSN 1471-2334
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12879-018-3381-5
Auteurs:
Amir Arastehfar, Wenjie Fang, Farnaz Daneshnia, Abdullah MS Al-Hatmi, Wanqing Liao, Weihua Pan, Ziauddin Khan, Suhail Ahmad, Katharina Rosam, Michaela Lackner, Cornelia Lass-Flörl, Ferry Hagen, Teun Boekhout
Publié dans:
Future Microbiology, Numéro 14/1, 2019, Page(s) 33-45, ISSN 1746-0913
Éditeur:
Future Medicine Ltd.
DOI:
10.2217/fmb-2018-0227
Auteurs:
Amir Arastehfar, Farnaz Daneshnia, Kamiar Zomorodian, Mohammad-Javad Najafzadeh, Sadegh Khodavaisy, Hossein Zarrinfar, Ferry Hagen, Zahra Zare Shahrabadi, Michaela Lackner, Hossein Mirhendi, Mohammadreza Salehi, Maryam Roudbary, Weihua Pan, Markus Kostrzewa, Teun Boekhout
Publié dans:
Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2019, ISSN 0066-4804
Éditeur:
American Society for Microbiology
DOI:
10.1128/aac.02503-18
Auteurs:
A Arastehfar, T Boekhout, G Butler, G Buda De Cesare, E Dolk, T Gabaldóln, A Hafez, B Hube, F Hagen, H Hovhannisyan, E Iracane, M Kostrzewa, M Lackner, C Lass-Flörl, C Llorens, V Mixão, C Munro, J Oliveira-Pacheco, M Pekmezovic, A Pérez-Hansen, A Rodriguez Sanchez, F M Sauer, K Sparbier, A A Stavrou, M Vaneechoutte, M Vatanshenassan, Toni Gabaldón
Publié dans:
FEMS Microbiology Reviews, 2019, ISSN 0168-6445
Éditeur:
Blackwell
DOI:
10.1093/femsre/fuz015
Auteurs:
H Hovhannisyan, A Hafez, C Llorens, T Gabaldón
Publié dans:
Bioinformatics, 2019, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btz626
Auteurs:
Kontxi Martinez de San Vicente, Markus S. Schröder, Lisa Lombardi, Elise Iracane, Geraldine Butler
Publié dans:
"G3: Genes|Genomes|Genetics", 2019, Page(s) g3.400348.2019, ISSN 2160-1836
Éditeur:
Genetics Society of America
DOI:
10.1534/g3.119.400348
Auteurs:
Amir Arastehfar, Farnaz Daneshnia, Mohammad-Reza Salehi, Hossein Zarrinfar, Sadegh Khodavaisy, Pieter-Jan Haas, Maryam Roudbary, Mohammad-Javad Najafzadeh, Kamiar Zomorodian, Arezoo Charsizadeh, Carlo Brouwer, Weihua Pan, Ferry Hagen, Teun Boekhout
Publié dans:
Journal of Medical Microbiology, Numéro 68/5, 2019, Page(s) 770-777, ISSN 0022-2615
Éditeur:
Society for General Microbiology
DOI:
10.1099/jmm.0.000963
Auteurs:
Amir Arastehfar, Farnaz Daneshnia, Shirin Farahyar, Wenjie Fang, Maryam Salimi, Mohammadreza Salehi, Ferry Hagen, Pan Weihua, Maryam Roudbary, Teun Boekhout
Publié dans:
Journal of Oral Microbiology, Numéro 11/1, 2019, Page(s) 1601061, ISSN 2000-2297
Éditeur:
Co-Action Publishing
DOI:
10.1080/20002297.2019.1601061
Auteurs:
Amir Arastehfar, Mina Bakhtiari, Farnaz Daneshnia, Wenjie Fang, Sara Khanjari Sadati, Abdullah MS Al-Hatmi, Marizeth Groenewald, Hamid Sharifi-Mehr, Wanqing Liao, Weihua Pan, Kamiar Zomorodian, Ferry Hagen, Teun Boekhout
Publié dans:
Future Microbiology, Numéro 14/4, 2019, Page(s) 267-274, ISSN 1746-0913
Éditeur:
Future Medicine Ltd.
DOI:
10.2217/fmb-2018-0253
Auteurs:
Amir Arastehfar, Sadegh Khodavaisy, Farnaz Daneshnia, Mohammad-Javad Najafzadeh, Shahram Mahmoudi, Arezoo Charsizadeh, Mohammad-Reza Salehi, Hossein Zarrinfar, Abbas Raeisabadi, Somayeh Dolatabadi, Zahra Zare Shahrabadi, Kamiar Zomorodian, Weihua Pan, Ferry Hagen, Teun Boekhout
Publié dans:
Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, Numéro 9, 2019, ISSN 2235-2988
Éditeur:
Frontiers Media S. A.
DOI:
10.3389/fcimb.2019.00264
Auteurs:
Antonio Rodríguez, Brecht Guillemyn, Paul Coucke, Mario Vaneechoutte
Publié dans:
Scientific Reports, Numéro 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41598-019-54608-x
Auteurs:
Ágnes Jakab, Selene Mogavero, Toni M. Förster, Marina Pekmezovic, Nadja Jablonowski, Viktor Dombrádi, István Pócsi, Bernhard Hube
Publié dans:
Microbiology, Numéro 162/12, 2016, Page(s) 2116-2125, ISSN 1350-0872
Éditeur:
Society for General Microbiology
DOI:
10.1099/mic.0.000383
Auteurs:
Verónica Mixão, Toni Gabaldón
Publié dans:
Yeast, 2017, ISSN 0749-503X
Éditeur:
John Wiley & Sons Inc.
DOI:
10.1002/yea.3242
Auteurs:
Hrant Hovhannisyan, Toni Gabaldón
Publié dans:
Current Topics in Microbiology and Immunology, 2018
Éditeur:
Springer Berlin Heidelberg
DOI:
10.1007/82_2018_122
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