Systematic exploration of peroxisomal structure and function

Informations projet

PeroxiSystem

N° de convention de subvention: 646604

DOI

10.3030/646604

Projet clôturé

Date de signature de la CE 13 Mars 2015

Date de début 1 Septembre 2015

Date de fin 31 Août 2020

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 000 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 000 000,00

Coordonné par

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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Publications

Peer reviewed articles (21)

A piggybacking mechanism enables peroxisomal localization of the glyoxylate cycle enzyme Mdh2 in yeast

Auteurs: Shiran Gabay-Maskit, Luis Daniel Cruz-Zaragoza, Nadav Shai, Miriam Eisenstein, Chen Bibi, Nir Cohen, Tobias Hansen, Eden Yifrach, Nofar Harpaz, Ruth Belostotsky, Wolfgang Schliebs, Maya Schuldiner, Ralf Erdmann, Einat Zalckvar
Publié dans: Journal of Cell Science, 2021, ISSN 0021-9533
Éditeur: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.244376

YeastRGB: comparing the abundance and localization of yeast proteins across cells and libraries

Auteurs: Benjamin Dubreuil, Ehud Sass, Yotam Nadav, Meta Heidenreich, Joseph M Georgeson, Uri Weill, Yuanqiang Duan, Matthias Meurer, Maya Schuldiner, Michael Knop, Emmanuel D Levy
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 47/D1, 2018, Page(s) D1245-D1249, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky941

Pex14p Phosphorylation Modulates Import of Citrate Synthase 2 Into Peroxisomes in Saccharomyces cerevisiae

Auteurs: Andreas Schummer, Renate Maier, Shiran Gabay-Maskit, Tobias Hansen, Wignand W. D. Mühlhäuser, Ida Suppanz, Amir Fadel, Maya Schuldiner, Wolfgang Girzalsky, Silke Oeljeklaus, Einat Zalckvar, Ralf Erdmann, Bettina Warscheid
Publié dans: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Numéro 8, 2020, ISSN 2296-634X
Éditeur: Frontiers Journal
DOI: 10.3389/fcell.2020.549451

Saccharomyces cerevisiae cells lacking Pex3 contain membrane vesicles that harbor a subset of peroxisomal membrane proteins

Auteurs: Justyna P. Wróblewska, Luis Daniel Cruz-Zaragoza, Wei Yuan, Andreas Schummer, Silvia G. Chuartzman, Rinse de Boer, Silke Oeljeklaus, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar, Bettina Warscheid, Ralf Erdmann, Ida J. van der Klei
Publié dans: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research, Numéro 1864/10, 2017, Page(s) 1656-1667, ISSN 0167-4889
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbamcr.2017.05.021

Mind the Organelle Gap – Peroxisome Contact Sites in Disease

Auteurs: Inês Gomes Castro, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Publié dans: Trends in Biochemical Sciences, Numéro 43/3, 2018, Page(s) 199-210, ISSN 0968-0004
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibs.2018.01.001

Database for HIgh Throughput Screening hits (dHITS): A simple tool to retrieve gene specific phenotypes from systematic screens done in yeast

Auteurs: Silvia G. Chuartzman, Maya Schuldiner
Publié dans: Yeast, 2018, ISSN 0749-503X
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/yea.3312

Validation of a yeast malate dehydrogenase 2 (Mdh2) antibody tested for use in western blots

Auteurs: Shiran Gabay-Maskit, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Publié dans: F1000Research, Numéro 7, 2018, Page(s) 130, ISSN 2046-1402
Éditeur: F1000 Research Ltd.
DOI: 10.12688/f1000research.13396.1

Defining the Mammalian Peroxisomal Proteome

Auteurs: Eden Yifrach, Sven Fischer, Silke Oeljeklaus, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar, Bettina Warscheid
Publié dans: Subcellular Biochememistry, 2018, Page(s) 47-66, ISSN 0306-0225
Éditeur: Plenum Publishers
DOI: 10.1007/978-981-13-2233-4_2

Systematic mapping of contact sites reveals tethers and a function for the peroxisome-mitochondria contact

Auteurs: Nadav Shai, Eden Yifrach, Carlo W. T. van Roermund, Nir Cohen, Chen Bibi, Lodewijk IJlst, Laetitia Cavellini, Julie Meurisse, Ramona Schuster, Lior Zada, Muriel C. Mari, Fulvio M. Reggiori, Adam L. Hughes, Mafalda Escobar-Henriques, Mickael M. Cohen, Hans R. Waterham, Ronald J. A. Wanders, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Publié dans: Nature Communications, Numéro 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-03957-8

Genome-wide SWAp-Tag yeast libraries for proteome exploration

Auteurs: Uri Weill, Ido Yofe, Ehud Sass, Bram Stynen, Dan Davidi, Janani Natarajan, Reut Ben-Menachem, Zohar Avihou, Omer Goldman, Nofar Harpaz, Silvia Chuartzman, Kiril Kniazev, Barbara Knoblach, Janina Laborenz, Felix Boos, Jacqueline Kowarzyk, Shifra Ben-Dor, Einat Zalckvar, Johannes M. Herrmann, Richard A. Rachubinski, Ophry Pines, Doron Rapaport, Stephen W. Michnick, Emmanuel D. Levy, Maya Schuldiner
Publié dans: Nature Methods, Numéro 15/8, 2018, Page(s) 617-622, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-018-0044-9

Characterization of proteome dynamics in oleate reveals a novel peroxisome targeting receptor

Auteurs: Eden Yifrach, Silvia G. Chuartzman, Noa Dahan, Shiran Maskit, Lior Zada, Uri Weill, Ido Yofe, Tsviya Olender, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Publié dans: Journal of Cell Science, 2016, Page(s) jcs.195255, ISSN 0021-9533
Éditeur: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.195255

A Tether Is a Tether Is a Tether: Tethering at Membrane Contact Sites

Auteurs: Michal Eisenberg-Bord, Nadav Shai, Maya Schuldiner, Maria Bohnert
Publié dans: Developmental Cell, Numéro 39/4, 2016, Page(s) 395-409, ISSN 1534-5807
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2016.10.022

No peroxisome is an island — Peroxisome contact sites

Auteurs: Nadav Shai, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Publié dans: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research, Numéro 1863/5, 2016, Page(s) 1061-1069, ISSN 0167-4889
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbamcr.2015.09.016

Peroxisystem: Harnessing systems cell biology to study peroxisomes

Auteurs: Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Publié dans: Biology of the Cell, Numéro 107/4, 2015, Page(s) 89-97, ISSN 0248-4900
Éditeur: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1111/boc.201400091

Pex35 is a regulator of peroxisome abundance

Auteurs: Ido Yofe, Kareem Soliman, Silvia G. Chuartzman, Bruce Morgan, Uri Weill, Eden Yifrach, Tobias P. Dick, Sara J. Cooper, Christer S. Ejsing, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar, Sven Thoms
Publié dans: Journal of Cell Science, Numéro 130/4, 2017, Page(s) 791-804, ISSN 0021-9533
Éditeur: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.187914

One library to make them all: streamlining the creation of yeast libraries via a SWAp-Tag strategy

Auteurs: Ido Yofe, Uri Weill, Matthias Meurer, Silvia Chuartzman, Einat Zalckvar, Omer Goldman, Shifra Ben-Dor, Conny Schütze, Nils Wiedemann, Michael Knop, Anton Khmelinskii, Maya Schuldiner
Publié dans: Nature Methods, Numéro 13/4, 2016, Page(s) 371-378, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nmeth.3795

Coming together to define membrane contact sites

Auteurs: Luca Scorrano, Maria Antonietta De Matteis, Scott Emr, Francesca Giordano, György Hajnóczky, Benoît Kornmann, Laura L. Lackner, Tim P. Levine, Luca Pellegrini, Karin Reinisch, Rosario Rizzuto, Thomas Simmen, Harald Stenmark, Christian Ungermann, Maya Schuldiner
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-09253-3

Protein Topology Prediction Algorithms Systematically Investigated in the Yeast Saccharomyces cerevisiae

Auteurs: Uri Weill, Nir Cohen, Amir Fadel, Shifra Ben‐Dor, Maya Schuldiner
Publié dans: BioEssays, Numéro 41/8, 2019, Page(s) 1800252, ISSN 0265-9247
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.201800252

High-throughput ultrastructure screening using electron microscopy and fluorescent barcoding

Auteurs: Yury S. Bykov, Nir Cohen, Natalia Gabrielli, Hetty Manenschijn, Sonja Welsch, Petr Chlanda, Wanda Kukulski, Kiran R. Patil, Maya Schuldiner, John A.G. Briggs
Publié dans: Journal of Cell Biology, Numéro 218/8, 2019, Page(s) 2797-2811, ISSN 0021-9525
Éditeur: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.201812081

Assessment of GFP Tag Position on Protein Localization and Growth Fitness in Yeast

Auteurs: Uri Weill, Gat Krieger, Zohar Avihou, Ron Milo, Maya Schuldiner, Dan Davidi
Publié dans: Journal of Molecular Biology, Numéro 431/3, 2019, Page(s) 636-641, ISSN 0022-2836
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2018.12.004

Uncovering targeting priority to yeast peroxisomes using an in-cell competition assay

Auteurs: Mira Rosenthal, Eyal Metzl-Raz, Jérôme Bürgi, Eden Yifrach, Layla Drwesh, Amir Fadel, Yoav Peleg, Doron Rapaport, Matthias Wilmanns, Naama Barkai, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 117/35, 2020, Page(s) 21432-21440, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1920078117

Book chapters (1)

Peroxisome Mini-Libraries: Systematic Approaches to Study Peroxisomes Made Easy.

Auteurs: Noa Dahan, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Publié dans: Methods Mol Biol, 2017, Page(s) 305-318
Éditeur: Springer New York
DOI: 10.1007/978-1-4939-6937-1_28

Non-peer reviewed articles (1)

Incredibly close—A newly identified peroxisome–ER contact site in humans

Auteurs: Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Publié dans: Journal of Cell Biology, Numéro 216/2, 2017, Page(s) 287-289, ISSN 0021-9525
Éditeur: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.201701072