Systematic exploration of peroxisomal structure and function

Projektinformationen

PeroxiSystem

ID Finanzhilfevereinbarung: 646604

DOI

10.3030/646604

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 13 März 2015

Startdatum 1 September 2015

Enddatum 31 August 2020

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 000 000,00

EU-Beitrag

€ 2 000 000,00

Koordiniert durch

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (21)

A piggybacking mechanism enables peroxisomal localization of the glyoxylate cycle enzyme Mdh2 in yeast

Autoren: Shiran Gabay-Maskit, Luis Daniel Cruz-Zaragoza, Nadav Shai, Miriam Eisenstein, Chen Bibi, Nir Cohen, Tobias Hansen, Eden Yifrach, Nofar Harpaz, Ruth Belostotsky, Wolfgang Schliebs, Maya Schuldiner, Ralf Erdmann, Einat Zalckvar
Veröffentlicht in: Journal of Cell Science, 2021, ISSN 0021-9533
Herausgeber: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.244376

YeastRGB: comparing the abundance and localization of yeast proteins across cells and libraries

Autoren: Benjamin Dubreuil, Ehud Sass, Yotam Nadav, Meta Heidenreich, Joseph M Georgeson, Uri Weill, Yuanqiang Duan, Matthias Meurer, Maya Schuldiner, Michael Knop, Emmanuel D Levy
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 47/D1, 2018, Seite(n) D1245-D1249, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky941

Pex14p Phosphorylation Modulates Import of Citrate Synthase 2 Into Peroxisomes in Saccharomyces cerevisiae

Autoren: Andreas Schummer, Renate Maier, Shiran Gabay-Maskit, Tobias Hansen, Wignand W. D. Mühlhäuser, Ida Suppanz, Amir Fadel, Maya Schuldiner, Wolfgang Girzalsky, Silke Oeljeklaus, Einat Zalckvar, Ralf Erdmann, Bettina Warscheid
Veröffentlicht in: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Ausgabe 8, 2020, ISSN 2296-634X
Herausgeber: Frontiers Journal
DOI: 10.3389/fcell.2020.549451

Saccharomyces cerevisiae cells lacking Pex3 contain membrane vesicles that harbor a subset of peroxisomal membrane proteins

Autoren: Justyna P. Wróblewska, Luis Daniel Cruz-Zaragoza, Wei Yuan, Andreas Schummer, Silvia G. Chuartzman, Rinse de Boer, Silke Oeljeklaus, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar, Bettina Warscheid, Ralf Erdmann, Ida J. van der Klei
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research, Ausgabe 1864/10, 2017, Seite(n) 1656-1667, ISSN 0167-4889
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbamcr.2017.05.021

Mind the Organelle Gap – Peroxisome Contact Sites in Disease

Autoren: Inês Gomes Castro, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Veröffentlicht in: Trends in Biochemical Sciences, Ausgabe 43/3, 2018, Seite(n) 199-210, ISSN 0968-0004
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tibs.2018.01.001

Database for HIgh Throughput Screening hits (dHITS): A simple tool to retrieve gene specific phenotypes from systematic screens done in yeast

Autoren: Silvia G. Chuartzman, Maya Schuldiner
Veröffentlicht in: Yeast, 2018, ISSN 0749-503X
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/yea.3312

Validation of a yeast malate dehydrogenase 2 (Mdh2) antibody tested for use in western blots

Autoren: Shiran Gabay-Maskit, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Veröffentlicht in: F1000Research, Ausgabe 7, 2018, Seite(n) 130, ISSN 2046-1402
Herausgeber: F1000 Research Ltd.
DOI: 10.12688/f1000research.13396.1

Defining the Mammalian Peroxisomal Proteome

Autoren: Eden Yifrach, Sven Fischer, Silke Oeljeklaus, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar, Bettina Warscheid
Veröffentlicht in: Subcellular Biochememistry, 2018, Seite(n) 47-66, ISSN 0306-0225
Herausgeber: Plenum Publishers
DOI: 10.1007/978-981-13-2233-4_2

Systematic mapping of contact sites reveals tethers and a function for the peroxisome-mitochondria contact

Autoren: Nadav Shai, Eden Yifrach, Carlo W. T. van Roermund, Nir Cohen, Chen Bibi, Lodewijk IJlst, Laetitia Cavellini, Julie Meurisse, Ramona Schuster, Lior Zada, Muriel C. Mari, Fulvio M. Reggiori, Adam L. Hughes, Mafalda Escobar-Henriques, Mickael M. Cohen, Hans R. Waterham, Ronald J. A. Wanders, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-03957-8

Genome-wide SWAp-Tag yeast libraries for proteome exploration

Autoren: Uri Weill, Ido Yofe, Ehud Sass, Bram Stynen, Dan Davidi, Janani Natarajan, Reut Ben-Menachem, Zohar Avihou, Omer Goldman, Nofar Harpaz, Silvia Chuartzman, Kiril Kniazev, Barbara Knoblach, Janina Laborenz, Felix Boos, Jacqueline Kowarzyk, Shifra Ben-Dor, Einat Zalckvar, Johannes M. Herrmann, Richard A. Rachubinski, Ophry Pines, Doron Rapaport, Stephen W. Michnick, Emmanuel D. Levy, Maya Schuldiner
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 15/8, 2018, Seite(n) 617-622, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-018-0044-9

Characterization of proteome dynamics in oleate reveals a novel peroxisome targeting receptor

Autoren: Eden Yifrach, Silvia G. Chuartzman, Noa Dahan, Shiran Maskit, Lior Zada, Uri Weill, Ido Yofe, Tsviya Olender, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Veröffentlicht in: Journal of Cell Science, 2016, Seite(n) jcs.195255, ISSN 0021-9533
Herausgeber: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.195255

A Tether Is a Tether Is a Tether: Tethering at Membrane Contact Sites

Autoren: Michal Eisenberg-Bord, Nadav Shai, Maya Schuldiner, Maria Bohnert
Veröffentlicht in: Developmental Cell, Ausgabe 39/4, 2016, Seite(n) 395-409, ISSN 1534-5807
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2016.10.022

No peroxisome is an island — Peroxisome contact sites

Autoren: Nadav Shai, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research, Ausgabe 1863/5, 2016, Seite(n) 1061-1069, ISSN 0167-4889
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbamcr.2015.09.016

Peroxisystem: Harnessing systems cell biology to study peroxisomes

Autoren: Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Veröffentlicht in: Biology of the Cell, Ausgabe 107/4, 2015, Seite(n) 89-97, ISSN 0248-4900
Herausgeber: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1111/boc.201400091

Pex35 is a regulator of peroxisome abundance

Autoren: Ido Yofe, Kareem Soliman, Silvia G. Chuartzman, Bruce Morgan, Uri Weill, Eden Yifrach, Tobias P. Dick, Sara J. Cooper, Christer S. Ejsing, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar, Sven Thoms
Veröffentlicht in: Journal of Cell Science, Ausgabe 130/4, 2017, Seite(n) 791-804, ISSN 0021-9533
Herausgeber: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.187914

One library to make them all: streamlining the creation of yeast libraries via a SWAp-Tag strategy

Autoren: Ido Yofe, Uri Weill, Matthias Meurer, Silvia Chuartzman, Einat Zalckvar, Omer Goldman, Shifra Ben-Dor, Conny Schütze, Nils Wiedemann, Michael Knop, Anton Khmelinskii, Maya Schuldiner
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 13/4, 2016, Seite(n) 371-378, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nmeth.3795

Coming together to define membrane contact sites

Autoren: Luca Scorrano, Maria Antonietta De Matteis, Scott Emr, Francesca Giordano, György Hajnóczky, Benoît Kornmann, Laura L. Lackner, Tim P. Levine, Luca Pellegrini, Karin Reinisch, Rosario Rizzuto, Thomas Simmen, Harald Stenmark, Christian Ungermann, Maya Schuldiner
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-09253-3

Protein Topology Prediction Algorithms Systematically Investigated in the Yeast Saccharomyces cerevisiae

Autoren: Uri Weill, Nir Cohen, Amir Fadel, Shifra Ben‐Dor, Maya Schuldiner
Veröffentlicht in: BioEssays, Ausgabe 41/8, 2019, Seite(n) 1800252, ISSN 0265-9247
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/bies.201800252

High-throughput ultrastructure screening using electron microscopy and fluorescent barcoding

Autoren: Yury S. Bykov, Nir Cohen, Natalia Gabrielli, Hetty Manenschijn, Sonja Welsch, Petr Chlanda, Wanda Kukulski, Kiran R. Patil, Maya Schuldiner, John A.G. Briggs
Veröffentlicht in: Journal of Cell Biology, Ausgabe 218/8, 2019, Seite(n) 2797-2811, ISSN 0021-9525
Herausgeber: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.201812081

Assessment of GFP Tag Position on Protein Localization and Growth Fitness in Yeast

Autoren: Uri Weill, Gat Krieger, Zohar Avihou, Ron Milo, Maya Schuldiner, Dan Davidi
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, Ausgabe 431/3, 2019, Seite(n) 636-641, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2018.12.004

Uncovering targeting priority to yeast peroxisomes using an in-cell competition assay

Autoren: Mira Rosenthal, Eyal Metzl-Raz, Jérôme Bürgi, Eden Yifrach, Layla Drwesh, Amir Fadel, Yoav Peleg, Doron Rapaport, Matthias Wilmanns, Naama Barkai, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 117/35, 2020, Seite(n) 21432-21440, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1920078117

Book chapters (1)

Peroxisome Mini-Libraries: Systematic Approaches to Study Peroxisomes Made Easy.

Autoren: Noa Dahan, Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Veröffentlicht in: Methods Mol Biol, 2017, Seite(n) 305-318
Herausgeber: Springer New York
DOI: 10.1007/978-1-4939-6937-1_28

Non-peer reviewed articles (1)

Incredibly close—A newly identified peroxisome–ER contact site in humans

Autoren: Maya Schuldiner, Einat Zalckvar
Veröffentlicht in: Journal of Cell Biology, Ausgabe 216/2, 2017, Seite(n) 287-289, ISSN 0021-9525
Herausgeber: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.201701072