Evolution of viral codon usage preferences:manipulation of translation accuracy and evasion of immune response

Información del proyecto

CODOVIREVOL

Identificador del acuerdo de subvención: 647916

DOI

10.3030/647916

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 9 Diciembre 2015

Fecha de inicio 1 Enero 2016

Fecha de finalización 30 Junio 2022

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 997 100,00

Aportación de la UE

€ 1 997 100,00

Coordinado por

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

CORDIS proporciona enlaces a los documentos públicos y las publicaciones de los proyectos de los programas marco HORIZONTE.

Los enlaces a los documentos y las publicaciones de los proyectos del Séptimo Programa Marco, así como los enlaces a algunos tipos de resultados específicos, como conjuntos de datos y «software», se obtienen dinámicamente de OpenAIRE .

Publicaciones

Other (6)

The multi-level phenotypic impact of synonymous substitutions: heterologous gene expression in human cells

Autores: Marion A.L. Picard, Fiona Leblay, Cécile Cassan, Anouk Willemsen, Josquin Daron, Frédérique Bauffe, Mathilde Decourcelle, Antonin Demange, Ignacio G. Bravo
Publicado en: biorxiv, 2021
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.01.07.475042

Human cellular homeostasis buffers trans-acting translational effects of heterologous gene expression with very different codon usage bias

Autores: Arthur J Jallet, Antonin Demange, Fiona Leblay, Mathilde Decourcelle, Khadija El Koulali, Marion AL Picard, Ignacio G Bravo
Publicado en: biorxiv, 2021
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.12.09.471957

Genome plasticity in Papillomaviruses and de novo emergence of E5 oncogenes

Autores: Marta Félez-Sánchez, Anouk Willemsen, Ignacio Bravo
Publicado en: biorxiv, 2018
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/337477

Macroecology suggests cancer-causing papillomaviruses form non-neutral communities

Autores: Marta Felez-Sanchez, Carmen Lia Murall, Ignacio G. Bravo
Publicado en: biorxiv, 2017
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/187047

Ecological opportunity, radiation events and genomic innovations shaped the episodic evolutionary history of papillomaviruses

Autores: Anouk Willemsen, Ignacio G. Bravo
Publicado en: biorxiv, 2021
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2020.03.08.982421

Subfunctionalisation of paralogous genes and evolution of differential codon usage preferences: the showcase of polypyrimidine tract binding proteins

Autores: Jérôme Bourret, Fanni Borvető, Ignacio G. Bravo
Publicado en: biorxiv, 2021
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2020.08.30.274191

Peer reviewed articles (11)

Origin and evolution of papillomavirus (onco)genes and genomes

Autores: Anouk Willemsen, Ignacio G. Bravo
Publicado en: Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci ., 2019, ISSN 1471-2970
Editor: The Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rstb.2018.0303

COUSIN (COdon Usage Similarity INdex): A Normalized Measure of Codon Usage Preferences

Autores: Jérôme Bourret, Samuel Alizon, Ignacio G Bravo
Publicado en: Genome Biology and Evolution, 2019, ISSN 1759-6653
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1101/600361

Why Human Papillomavirus Acute Infections Matter

Autores: Samuel Alizon, Carmen Murall, Ignacio Bravo
Publicado en: Viruses, Edición 9/10, 2017, Página(s) 293, ISSN 1999-4915
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v9100293

Genome Sequences of Two Novel Papillomaviruses Isolated from Healthy Skin of Pudu puda and Cervus elaphus Deer

Autores: Beatriz Mengual-Chuliá, Ulrich Wittstatt, Philipp Olias, Ignacio G. Bravo
Publicado en: Genome Announcements, Edición 6/18, 2018, ISSN 2169-8287
Editor: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/genomeA.00298-18

Two Novel, Distantly Related Papillomaviruses Isolated from Healthy Skin of the Timor Deer ( Rusa timorensis )

Autores: Beatriz Mengual-Chuliá, Gudrun Wibbelt, Marc Gottschling, Ignacio G. Bravo
Publicado en: Genome Announcements, Edición 6/24, 2018, ISSN 2169-8287
Editor: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/genomeA.00505-18

Evolutionary Changes after Translational Challenges imposed by Horizontal Gene Transfer

Autores: Stéphanie Bedhomme, Dolors Amorós-Moya, Luz M Valero, Nùria Bonifaci, Miquel-Àngel Pujana, Ignacio G Bravo
Publicado en: Genome Biology and Evolution, 2019, ISSN 1759-6653
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evz031

Transmission between Archaic and Modern Human Ancestors during the Evolution of the Oncogenic Human Papillomavirus 16

Autores: Ville N. Pimenoff, Cristina Mendes de Oliveira, Ignacio G. Bravo
Publicado en: Molecular Biology and Evolution, Edición 34/1, 2017, Página(s) 4-19, ISSN 0737-4038
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msw214

Plasmid and clonal interference during post horizontal gene transfer evolution

Autores: S. Bedhomme, D. Perez Pantoja, I. G. Bravo
Publicado en: Molecular Ecology, Edición 26/7, 2017, Página(s) 1832-1847, ISSN 0962-1083
Editor: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/mec.14056

Genome Plasticity in Papillomaviruses and De Novo Emergence of E5 Oncogenes

Autores: Anouk Willemsen, Marta Félez-Sánchez, Ignacio G Bravo
Publicado en: Genome Biology and Evolution, 2019, ISSN 1759-6653
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evz095

Papillomaviruses infecting cetaceans exhibit signs of genome adaptation following a recombination event

Autores: Fanni Borvető, Ignacio G Bravo, Anouk Willemsen
Publicado en: Virus Evolution, 2020, ISSN 2057-1577
Editor: Oxford Academic
DOI: 10.1093/ve/veaa038

Variability in Codon Usage in Coronaviruses Is Mainly Driven by Mutational Bias and Selective Constraints on CpG Dinucleotide

Autores: Josquin Daron, Ignacio G. Bravo
Publicado en: Viruses, 2021, ISSN 1999-4915
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v13091800