Evolution of viral codon usage preferences:manipulation of translation accuracy and evasion of immune response

Informations projet

CODOVIREVOL

N° de convention de subvention: 647916

DOI

10.3030/647916

Projet clôturé

Date de signature de la CE 9 Decembre 2015

Date de début 1 Janvier 2016

Date de fin 30 Juin 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 997 100,00

Contribution de l’UE

€ 1 997 100,00

Coordonné par

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

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Publications

Other (6)

The multi-level phenotypic impact of synonymous substitutions: heterologous gene expression in human cells

Auteurs: Marion A.L. Picard, Fiona Leblay, Cécile Cassan, Anouk Willemsen, Josquin Daron, Frédérique Bauffe, Mathilde Decourcelle, Antonin Demange, Ignacio G. Bravo
Publié dans: biorxiv, 2021
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.01.07.475042

Human cellular homeostasis buffers trans-acting translational effects of heterologous gene expression with very different codon usage bias

Auteurs: Arthur J Jallet, Antonin Demange, Fiona Leblay, Mathilde Decourcelle, Khadija El Koulali, Marion AL Picard, Ignacio G Bravo
Publié dans: biorxiv, 2021
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2021.12.09.471957

Genome plasticity in Papillomaviruses and de novo emergence of E5 oncogenes

Auteurs: Marta Félez-Sánchez, Anouk Willemsen, Ignacio Bravo
Publié dans: biorxiv, 2018
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/337477

Macroecology suggests cancer-causing papillomaviruses form non-neutral communities

Auteurs: Marta Felez-Sanchez, Carmen Lia Murall, Ignacio G. Bravo
Publié dans: biorxiv, 2017
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/187047

Ecological opportunity, radiation events and genomic innovations shaped the episodic evolutionary history of papillomaviruses

Auteurs: Anouk Willemsen, Ignacio G. Bravo
Publié dans: biorxiv, 2021
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2020.03.08.982421

Subfunctionalisation of paralogous genes and evolution of differential codon usage preferences: the showcase of polypyrimidine tract binding proteins

Auteurs: Jérôme Bourret, Fanni Borvető, Ignacio G. Bravo
Publié dans: biorxiv, 2021
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2020.08.30.274191

Peer reviewed articles (11)

Origin and evolution of papillomavirus (onco)genes and genomes

Auteurs: Anouk Willemsen, Ignacio G. Bravo
Publié dans: Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci ., 2019, ISSN 1471-2970
Éditeur: The Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rstb.2018.0303

COUSIN (COdon Usage Similarity INdex): A Normalized Measure of Codon Usage Preferences

Auteurs: Jérôme Bourret, Samuel Alizon, Ignacio G Bravo
Publié dans: Genome Biology and Evolution, 2019, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1101/600361

Why Human Papillomavirus Acute Infections Matter

Auteurs: Samuel Alizon, Carmen Murall, Ignacio Bravo
Publié dans: Viruses, Numéro 9/10, 2017, Page(s) 293, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v9100293

Genome Sequences of Two Novel Papillomaviruses Isolated from Healthy Skin of Pudu puda and Cervus elaphus Deer

Auteurs: Beatriz Mengual-Chuliá, Ulrich Wittstatt, Philipp Olias, Ignacio G. Bravo
Publié dans: Genome Announcements, Numéro 6/18, 2018, ISSN 2169-8287
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/genomeA.00298-18

Two Novel, Distantly Related Papillomaviruses Isolated from Healthy Skin of the Timor Deer ( Rusa timorensis )

Auteurs: Beatriz Mengual-Chuliá, Gudrun Wibbelt, Marc Gottschling, Ignacio G. Bravo
Publié dans: Genome Announcements, Numéro 6/24, 2018, ISSN 2169-8287
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/genomeA.00505-18

Evolutionary Changes after Translational Challenges imposed by Horizontal Gene Transfer

Auteurs: Stéphanie Bedhomme, Dolors Amorós-Moya, Luz M Valero, Nùria Bonifaci, Miquel-Àngel Pujana, Ignacio G Bravo
Publié dans: Genome Biology and Evolution, 2019, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evz031

Transmission between Archaic and Modern Human Ancestors during the Evolution of the Oncogenic Human Papillomavirus 16

Auteurs: Ville N. Pimenoff, Cristina Mendes de Oliveira, Ignacio G. Bravo
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 34/1, 2017, Page(s) 4-19, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msw214

Plasmid and clonal interference during post horizontal gene transfer evolution

Auteurs: S. Bedhomme, D. Perez Pantoja, I. G. Bravo
Publié dans: Molecular Ecology, Numéro 26/7, 2017, Page(s) 1832-1847, ISSN 0962-1083
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/mec.14056

Genome Plasticity in Papillomaviruses and De Novo Emergence of E5 Oncogenes

Auteurs: Anouk Willemsen, Marta Félez-Sánchez, Ignacio G Bravo
Publié dans: Genome Biology and Evolution, 2019, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evz095

Papillomaviruses infecting cetaceans exhibit signs of genome adaptation following a recombination event

Auteurs: Fanni Borvető, Ignacio G Bravo, Anouk Willemsen
Publié dans: Virus Evolution, 2020, ISSN 2057-1577
Éditeur: Oxford Academic
DOI: 10.1093/ve/veaa038

Variability in Codon Usage in Coronaviruses Is Mainly Driven by Mutational Bias and Selective Constraints on CpG Dinucleotide

Auteurs: Josquin Daron, Ignacio G. Bravo
Publié dans: Viruses, 2021, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v13091800