Objetivo
The potassium efflux system, Kef, protects bacteria against the detrimental effects of electrophilic compounds via acidification of the cytoplasm. Its vital role in maintaining cell homeostasis makes Kef a promising target for antibiotics, but such drugs can be developed only with a molecular understanding of Kef activation. Our work indicates that phenylalanine residue 441 (F441) in Escherichia coli is crucial for the activation of K+ efflux. This mechanism is conserved, and F448 of Shewanella denitrificans Kef (SdKef) has the same function. This work employed X-ray crystallographic studies using a truncated construct of the E. coli Kef soluble C-terminal domain (EcKefCTD) and biophysical studies conducted on the SdKef C-terminal domain (SdKefCTD). While the crystallographic studies have been essential in hypothesis generation, they lack the dynamic aspect that is required to understand the mechanism of Kef activation. Although the use of a truncated construct has allowed development of biophysical assays, we wish to extend our work to focus on the full-length channel. To achieve these aims we will employ whole cell 19F NMR to probe the function of Kef.
To determine if 19F NMR can be used to monitor F448 conformation, we will employ amber stop codon technology to replace F448 of SdKef with 4-trifluromethyl-L-phenylalanine (tfmF). We will monitor the dynamics of F448tfmF by 19F NMR upon binding of activators and inhibitors, using our library of SdKef ligands. To gain an understanding of Kef activation in cells, we will quantitatively determine binding affinities of the Kef ligands to SdKef(F448tfmF), in E. coli transformants using in-cell 19F NMR. This direct determination of binding inside the cells will be more physiologically relevant than the in vitro KD data. To assess the antibiotic activity of compounds that show cellular activity against Kef, we will employ the Kirby-Bauer disc diffusion method to screen for compounds that can kill bacteria.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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- ciencias naturales ciencias biológicas microbiología bacteriología
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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PROGRAMA PRINCIPAL
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
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(se abrirá en una nueva ventana) H2020-MSCA-IF-2014
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
OX1 2JD Oxford
Reino Unido
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.