Descripción del proyecto
Metilación del ADN: secuencia de ADN, densidad de metilación y unión a factores de transcripción
Los cambios en la expresión de determinados genes a corto y largo plazo son fundamentales para la salud y la enfermedad. La metilación, la adición de un grupo metilo al ADN, es un mecanismo clave de regulación de la expresión génica queimpide la expresión génica al inhibir la unión de los factores de transcripción. Sin embargo, sus mecanismos son poco conocidos. El equipo del proyecto ReaDMe, financiado por el Consejo Europeo de Investigación, identificará los reguladores transcripcionales que responden a la metilación del ADN «in vivo» mediante una combinación de herramientas de genómica, edición genómica y proteómica en células embrionarias y somáticas. Los conocimientos adquiridos contribuirán al desarrollo de una configuración integrada para identificar y caracterizar en qué parte del genoma influye la metilación del ADN en los perfiles de unión de los factores de transcripción «in vivo».
Objetivo
DNA and chromatin modifications are essential for proper control of gene expression during development. How these marks alter transcriptional programs and modulate binding patterns of sequence specific transcription factors (TF) remains poorly understood. This currently limits our interpretation of epigenomic maps towards their incorporation into predictive models of gene regulation.
ReaDMe has the ambitious goal to systematically define the sensitivity of TFs to local levels of DNA methylation in vivo. We will use a combination of genomics, genome editing and proteomics tools to comprehensively identify transcriptional regulators that respond to DNA methylation. As a first approach, we will interrogate changes in the global TF binding landscape when DNA methylation is ablated from the genome. Using both embryonic stem cells and somatic cells, these experiments are aimed at identifying sites that are occupied by TFs in a DNA methylation dependent manner within different cellular context. Secondly, we will combine parallelized chromosomal insertions with targeted footprinting to determine the link between DNA sequence context, methylation density and TF binding. In a third approach we will define the global chromatin proteome as a function of DNA methylation. Through the use of a novel and orthogonal proteomics assay, we will characterize DNA methylation sensitive changes in the chromatin-bound proteome. Candidate factors predicted from all approaches will be validated and functionally characterized through direct genome-wide mapping as well as loss of function analysis.
ERC funding would enable ReaDMe to develop an integrated setup to in vivo identify and characterize where DNA methylation influences the cis-regulatory landscape by modulating binding profiles of trans-acting factors. This goal represents a crucial step towards comprehensive understanding of the genomic readout of DNA methylation and its impact on gene regulation.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
- ciencias naturales ciencias biológicas bioquímica biomoléculas proteínas proteómica
- ciencias naturales ciencias biológicas genética ADN
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- ciencias naturales ciencias biológicas genética genoma
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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H2020-EU.1.1. - EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)
PROGRAMA PRINCIPAL
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
ERC-ADG - Advanced Grant
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) ERC-2014-ADG
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
4056 BASEL
Suiza
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.