Evolutionary genomics: new perspectives and novel medical applications

Informations projet

EvoGenMed

N° de convention de subvention: 669207

DOI

10.3030/669207

Projet clôturé

Date de signature de la CE 18 Novembre 2015

Date de début 1 Janvier 2016

Date de fin 30 Juin 2021

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 497 996,00

Contribution de l’UE

€ 2 497 996,00

Coordonné par

UNIVERSITY OF BATH
United Kingdom

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Publications

Peer reviewed articles (33)

Mitotic gene conversion can be as important as meiotic conversion in driving genetic variability in plants and other species without early germline segregation

Auteurs: Xianqing Jia, Qijun Zhang, Mengmeng Jiang, Ju Huang, Luyao Yu, Milton Brian Traw, Dacheng Tian, Laurence D. Hurst, Sihai Yang
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 19/3, 2021, Page(s) e3001164, ISSN 1545-7885
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001164

Evidence for Strong Mutation Bias toward, and Selection against, U Content in SARS-CoV-2: Implications for Vaccine Design

Auteurs: Alan M Rice, Atahualpa Castillo Morales, Alexander T Ho, Christine Mordstein, Stefanie Mühlhausen, Samir Watson, Laura Cano, Bethan Young, Grzegorz Kudla, Laurence D Hurst
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 38/1, 2020, Page(s) 67-83, ISSN 1537-1719
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa188

Causes and consequences of purifying selection on SARS-CoV-2

Auteurs: Atahualpa Castillo Morales, Alan M Rice, Alexander T Ho, Christine Mordstein, Stefanie Mühlhausen, Samir Watson, Laura Cano, Bethan Young, Grzegorz Kudla, Laurence D Hurst
Publié dans: Genome Biology and Evolution, 2021, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evab196

Variation in release factor abundance is not needed to explain trends in bacterial stop codon usage

Auteurs: Alexander T Ho, Laurence D Hurst
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, 2021, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msab326

A Depletion of Stop Codons in lincRNA is Owing to Transfer of Selective Constraint from Coding Sequences

Auteurs: Liam Abrahams, Laurence D Hurst
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 37/4, 2019, Page(s) 1148-1164, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msz299

Effective Population Size Predicts Local Rates but Not Local Mitigation of Read-through Errors

Auteurs: Alexander T Ho, Laurence D Hurst
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 38/1, 2020, Page(s) 244-262, ISSN 1537-1719
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa210

Transcription, mRNA export and immune evasion shape the codon usage of viruses

Auteurs: Christine Mordstein, Laura Cano, Atahualpa Castillo Morales, Bethan Young, Alexander T Ho, Alan M Rice, Michael Liss, Laurence D Hurst, Grzegorz Kudla
Publié dans: Genome Biology and Evolution, 2021, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evab106

Depletion of somatic mutations in splicing-associated sequences in cancer genomes

Auteurs: Laurence D. Hurst, Nizar N. Batada
Publié dans: Genome Biology, Numéro 18/1, 2017, ISSN 1474-760X
Éditeur: BMC
DOI: 10.1186/s13059-017-1337-5

Faster Evolving Primate Genes Are More Likely to Duplicate

Auteurs: Áine N O’Toole, Laurence D Hurst, Aoife McLysaght
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 35/1, 2017, Page(s) 107-118, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msx270

Refining the ambush hypothesis: evidence that GC and AT rich bacteria employ different frameshift defence strategies

Auteurs: Liam Abrahams, Laurence D Hurst
Publié dans: Genome Biology and Evolution, 2018, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evy075

Disturbed Placental Imprinting in Preeclampsia Leads to Altered Expression of DLX5, a Human-Specific Early Trophoblast Marker

Auteurs: Julianna Zadora, Manvendra Singh, Florian Herse, Lukasz Przybyl, Nadine Haase, Michaela Golic, Hong Wa Yung, Berthold Huppertz, Judith E. Cartwright, Guy Whitley, Guro M. Johnsen, Giovanni Levi, Annette Isbruch, Herbert Schulz, Friedrich C. Luft, Dominik N. Müller, Anne Cathrine Staff, Laurence D. Hurst, Ralf Dechend, Zsuzsanna Izsvák
Publié dans: Circulation, Numéro 136/19, 2017, Page(s) 1824-1839, ISSN 0009-7322
Éditeur: Lippincott Williams & Wilkins Ltd.
DOI: 10.1161/circulationaha.117.028110

Adenine Enrichment at the Fourth CDS Residue in Bacterial Genes Is Consistent with Error Proofing for +1 Frameshifts

Auteurs: Liam Abrahams, Laurence D Hurst
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 34/12, 2017, Page(s) 3064-3080, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msx223

Tetrad analysis in plants and fungi finds large differences in gene conversion rates but no GC bias

Auteurs: Haoxuan Liu, Ju Huang, Xiaoguang Sun, Jing Li, Yingwen Hu, Luyao Yu, Gianni Liti, Dacheng Tian, Laurence D. Hurst, Sihai Yang
Publié dans: Nature Ecology & Evolution, Numéro 2/1, 2018, Page(s) 164-173, ISSN 2397-334X
Éditeur: Nature publishing group
DOI: 10.1038/s41559-017-0372-7

Identifying a large number of high-yield genes in rice by pedigree analysis, whole-genome sequencing, and CRISPR-Cas9 gene knockout

Auteurs: Ju Huang, Jing Li, Jun Zhou, Long Wang, Sihai Yang, Laurence D. Hurst, Wen-Hsiung Li, Dacheng Tian
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2018, Page(s) 201806110, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1806110115

Endogenous Stochastic Decoding of the CUG Codon by Competing Ser- and Leu-tRNAs in Ascoidea asiatica

Auteurs: Stefanie Mühlhausen, Hans Dieter Schmitt, Kuan-Ting Pan, Uwe Plessmann, Henning Urlaub, Laurence D. Hurst, Martin Kollmar
Publié dans: Current Biology, Numéro 28/13, 2018, Page(s) 2046-2057.e5, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2018.04.085

Exonic splice regulation imposes strong selection at synonymous sites

Auteurs: Rosina Savisaar, Laurence D. Hurst
Publié dans: Genome Research, 2018, ISSN 1088-9051
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.233999.117

Determinants of the Usage of Splice-Associated cis -Motifs Predict the Distribution of Human Pathogenic SNPs

Auteurs: XianMing Wu, Laurence D. Hurst
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 33/2, 2016, Page(s) 518-529, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msv251

The Constrained Maximal Expression Level Owing to Haploidy Shapes Gene Content on the Mammalian X Chromosome

Auteurs: Laurence D. Hurst, Avazeh T. Ghanbarian, Alistair R. R. Forrest, Lukasz Huminiecki
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 13/12, 2015, Page(s) e1002315, ISSN 1545-7885
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.1002315

Purifying Selection on Exonic Splice Enhancers in Intronless Genes

Auteurs: Rosina Savisaar, Laurence D. Hurst
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 33/6, 2016, Page(s) 1396-1418, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msw018

Isolation and cultivation of naive-like human pluripotent stem cells based on HERVH expression

Auteurs: Jichang Wang, Manvendra Singh, Chuanbo Sun, Daniel Besser, Alessandro Prigione, Zoltán Ivics, Laurence D Hurst, Zsuzsanna Izsvák
Publié dans: Nature Protocols, Numéro 11/2, 2016, Page(s) 327-346, ISSN 1754-2189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nprot.2016.016

Direct Determination of the Mutation Rate in the Bumblebee Reveals Evidence for Weak Recombination-Associated Mutation and an Approximate Rate Constancy in Insects

Auteurs: Haoxuan Liu, Yanxiao Jia, Xiaoguang Sun, Dacheng Tian, Laurence D. Hurst, Sihai Yang
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 34/1, 2017, Page(s) 119-130, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msw226

Mutation rate analysis via parent–progeny sequencing of the perennial peach. II. No evidence for recombination-associated mutation

Auteurs: Long Wang, Yanchun Zhang, Chao Qin, Dacheng Tian, Sihai Yang, Laurence D. Hurst
Publié dans: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 283/1841, 2016, Page(s) 20161785, ISSN 0962-8452
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rspb.2016.1785

Mutation rate analysis via parent–progeny sequencing of the perennial peach. I. A low rate in woody perennials and a higher mutagenicity in hybrids

Auteurs: Zhengqing Xie, Long Wang, Lirong Wang, Zhiqiang Wang, Zhenhua Lu, Dacheng Tian, Sihai Yang, Laurence D. Hurst
Publié dans: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 283/1841, 2016, Page(s) 20161016, ISSN 0962-8452
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rspb.2016.1016

Open questions in the study of de novo genes: what, how and why

Auteurs: Aoife McLysaght, Laurence D. Hurst
Publié dans: Nature Reviews Genetics, Numéro 17/9, 2016, Page(s) 567-578, ISSN 1471-0056
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nrg.2016.78

The architecture of intra-organism mutation rate variation in plants

Auteurs: Long Wang, Yilun Ji, Yingwen Hu, Huaying Hu, Xianqin Jia, Mengmeng Jiang, Xiaohui Zhang, Lina Zhao, Yanchun Zhang, Yanxiao Jia, Chao Qin, Luyao Yu, Ju Huang, Sihai Yang, Laurence D. Hurst, Dacheng Tian
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 17/4, 2019, Page(s) e3000191, ISSN 1545-7885
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pbio.3000191

In eubacteria, unlike eukaryotes, there is no evidence for selection favouring fail-safe 3’ additional stop codons

Auteurs: Alexander T. Ho, Laurence D. Hurst
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 15/9, 2019, Page(s) e1008386, ISSN 1553-7404
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1008386

Codon Usage and Splicing Jointly Influence mRNA Localization

Auteurs: Christine Mordstein, Rosina Savisaar, Robert S. Young, Jeanne Bazile, Lana Talmane, Juliet Luft, Michael Liss, Martin S. Taylor, Laurence D. Hurst, Grzegorz Kudla
Publié dans: Cell Systems, 2020, ISSN 2405-4712
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cels.2020.03.001

Estimating the prevalence of functional exonic splice regulatory information

Auteurs: Rosina Savisaar, Laurence D. Hurst
Publié dans: Human Genetics, 2017, ISSN 0340-6717
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00439-017-1798-3

Engineering of PEDF-Expressing Primary Pigment Epithelial Cells by the SB Transposon System Delivered by pFAR4 Plasmids

Auteurs: Gabriele Thumann, Nina Harmening, Cécile Prat-Souteyrand, Corinne Marie, Marie Pastor, Attila Sebe, Csaba Miskey, Laurence D. Hurst, Sabine Diarra, Martina Kropp, Peter Walter, Daniel Scherman, Zoltán Ivics, Zsuzsanna Izsvák, Sandra Johnen
Publié dans: Molecular Therapy - Nucleic Acids, Numéro 6, 2017, Page(s) 302-314, ISSN 2162-2531
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1016/j.omtn.2017.02.002

Both maintenance and avoidance of RNA-binding protein interactions constrain coding sequence evolution

Auteurs: Savisaar Rosina, Laurence D. Hurst
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 34, 2017, Page(s) msx061, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msx061

SDHA related tumorigenesis: a new case series and literature review for variant interpretation and pathogenicity

Auteurs: Ruth T. Casey, David B. Ascher, Eleanor Rattenberry, Louise Izatt, Katrina A. Andrews, Helen L. Simpson, Benjamen Challis, Soo-Mi Park, Venkata R. Bulusu, Fiona Lalloo, Douglas E. V. Pires, Hannah West, Graeme R. Clark, Philip S. Smith, James Whitworth, Thomas G. Papathomas, Phillipe Taniere, Rosina Savisaar, Laurence D. Hurst, Emma R. Woodward, Eamonn R. Maher
Publié dans: Molecular Genetics & Genomic Medicine, Numéro 5/3, 2017, Page(s) 237-250, ISSN 2324-9269
Éditeur: Wiley Periodicals, Inc.
DOI: 10.1002/mgg3.279

Repeat-induced point mutation in Neurospora crassa causes the highest known mutation rate and mutational burden of any cellular life

Auteurs: Long Wang, Yingying Sun, Xiaoguang Sun, Luyao Yu, Lan Xue, Zhen He, Ju Huang, Dacheng Tian, Laurence D. Hurst, Sihai Yang
Publié dans: Genome Biology, Numéro 21/1, 2020, ISSN 1474-760X
Éditeur: SpringerNature
DOI: 10.1186/s13059-020-02060-w

Evidence in disease and non-disease contexts that nonsense mutations cause altered splicing via motif disruption

Auteurs: Liam Abrahams, Rosina Savisaar, Christine Mordstein, Bethan Young, Grzegorz Kudla, Laurence D Hurst
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2021, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab750