Exploring the human gut microbiome at strain resolution

Veröffentlichungen

Towards standardisation of naming novel prokaryotic taxa in the age of high-throughput microbiology

Autoren: Falk Hildebrand, Mark J Pallen, Peer Bork
Veröffentlicht in: Gut, Ausgabe 69/7, 2020, Seite(n) 1358.1-1359, ISSN 0017-5749
Herausgeber: BMJ Publishing Group
DOI: 10.1136/gutjnl-2019-319045

Diversity within species: interpreting strains in microbiomes

Autoren: Thea Van Rossum, Pamela Ferretti, Oleksandr M. Maistrenko, Peer Bork
Veröffentlicht in: Nature Reviews Microbiology, Ausgabe 18/9, 2020, Seite(n) 491-506, ISSN 1740-1526
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41579-020-0368-1

Identification of metabolites from tandem mass spectra with a machine learning approach utilizing structural features

Autoren: Anne-Claude Gavin; Peer Bork; Yuanyue Li; Michael Kuhn
Veröffentlicht in: Bioinformatics (2019), Ausgabe 1, 2019, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1101/573790

proGenomes2: an improved database for accurate and consistent habitat, taxonomic and functional annotations of prokaryotic genomes

Autoren: Daniel R Mende, Ivica Letunic, Oleksandr M Maistrenko, Thomas S B Schmidt, Alessio Milanese, Lucas Paoli, Ana Hernández-Plaza, Askarbek N Orakov, Sofia K Forslund, Shinichi Sunagawa, Georg Zeller, Jaime Huerta-Cepas, Luis Pedro Coelho, Peer Bork
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2019, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz1002

Combinatorial, additive and dose-dependent drug–microbiome associations

Autoren: "Forslund, S.*, Chakaroun, R.*, Zimmermann-Kogodeeva, M.* …[36 authors].... Metacardis consortium ....[14 authors]… Clement, K#, Stumvogel, M.# and Bork, P.#"
Veröffentlicht in: Nature, 2021, ISSN 1476-4687
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41586-021-04177-9

Meta-analysis of fecal metagenomes reveals global microbial signatures that are specific for colorectal cancer

Autoren: Jakob Wirbel, Paul Theodor Pyl, Ece Kartal, Konrad Zych, Alireza Kashani, Alessio Milanese, Jonas S. Fleck, Anita Y. Voigt, Albert Palleja, Ruby Ponnudurai, Shinichi Sunagawa, Luis Pedro Coelho, Petra Schrotz-King, Emily Vogtmann, Nina Habermann, Emma Niméus, Andrew M. Thomas, Paolo Manghi, Sara Gandini, Davide Serrano, Sayaka Mizutani, Hirotsugu Shiroma, Satoshi Shiba, Tatsuhiro Shibata, Shinich
Veröffentlicht in: Nature Medicine, Ausgabe 25/4, 2019, Seite(n) 679-689, ISSN 1078-8956
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-019-0406-6

A fecal microbiota signature with high specificity for pancreatic cancer

Autoren: "Kartal, E.*, Schmidt, S.*, Molina-Montes, E.* ...[21 authors]... PanGenEU study investigators, Benes, V., Zeller, G., Real, F.X., Malats, N.# And Bork, P.#"
Veröffentlicht in: Gut, 2022, ISSN 1468-3288
Herausgeber: BMJ publishing group
DOI: 10.1136/gutjnl-2021-324755

Interactive Tree Of Life (iTOL) v4: recent updates and new developments

Autoren: Ivica Letunic, Peer Bork
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 47/W1, 2019, Seite(n) W256-W259, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz239

eggNOG-mapper v2: Functional Annotation, Orthology Assignments, and Domain Prediction at the Metagenomic Scale

Autoren: Cantalapiedra, C.P., Hernandez-Plaza, A., Letunic, I., Bork, P. and Huerta-Cepas, J.
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, 2021, ISSN 1537-1719
Herausgeber: Oxford Academic
DOI: 10.1093/molbev/msab293

GUNC: detection of chimerism and contamination in prokaryotic genomes

Autoren: Orakov, A.N., Fullam, A.N., Coelho, L.P., Khefkar, S., Szklarczyk, D., Mende, D.R., Schmidt, T.S.B. and Bork, P.
Veröffentlicht in: Genome Biology, 2021, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Biomed central - springer nature
DOI: 10.1186/s13059-021-02393-0

NG-meta-profiler: fast processing of metagenomes using NGLess, a domain-specific language

Autoren: Luis Pedro Coelho, Renato Alves, Paulo Monteiro, Jaime Huerta-Cepas, Ana Teresa Freitas, Peer Bork
Veröffentlicht in: Microbiome, Ausgabe 7/1, 2019, ISSN 2049-2618
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1186/s40168-019-0684-8

Subspecies in the global human gut microbiome

Autoren: Paul I Costea, Luis Pedro Coelho, Shinichi Sunagawa, Robin Munch, Jaime Huerta‐Cepas, Kristoffer Forslund, Falk Hildebrand, Almagul Kushugulova, Georg Zeller, Peer Bork
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 13/12, 2017, Seite(n) 960, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20177589

Functional implications of microbial and viral gut metagenome changes in early stage L-DOPA-naïve Parkinson’s disease patients

Autoren: J. R. Bedarf, F. Hildebrand, L. P. Coelho, S. Sunagawa, M. Bahram, F. Goeser, P. Bork, U. Wüllner
Veröffentlicht in: Genome Medicine, Ausgabe 9/1, 2017, ISSN 1756-994X
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13073-017-0428-y

Erratum to: Functional implications of microbial and viral gut metagenome changes in early stage L-DOPA-naïve Parkinson’s disease patients

Fast Genome-Wide Functional Annotation through Orthology Assignment by eggNOG-Mapper

Autoren: Jaime Huerta-Cepas, Kristoffer Forslund, Luis Pedro Coelho, Damian Szklarczyk, Lars Juhl Jensen, Christian von Mering, Peer Bork
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe 34/8, 2017, Seite(n) 2115-2122, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msx148

metaSNV: A tool for metagenomic strain level analysis

Autoren: Paul Igor Costea, Robin Munch, Luis Pedro Coelho, Lucas Paoli, Shinichi Sunagawa, Peer Bork
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 12/7, 2017, Seite(n) e0182392, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0182392

Extensive transmission of microbes along the gastrointestinal tract

Autoren: Thomas SB Schmidt, Matthew R Hayward, Luis P Coelho, Simone S Li, Paul I Costea, Anita Y Voigt, Jakob Wirbel, Oleksandr M Maistrenko, Renato JC Alves, Emma Bergsten, Carine de Beaufort, Iradj Sobhani, Anna Heintz-Buschart, Shinichi Sunagawa, Georg Zeller, Paul Wilmes, Peer Bork
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 8, 2019, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.42693

Pole-to-Pole Connections: Similarities between Arctic and Antarctic Microbiomes and Their Vulnerability to Environmental Change

Autoren: Julia Kleinteich, Falk Hildebrand, Mohammad Bahram, Anita Y. Voigt, Susanna A. Wood, Anne D. Jungblut, Frithjof C. Küpper, Antonio Quesada, Antonio Camacho, David A. Pearce, Peter Convey, Warwick F. Vincent, Christiane Zarfl, Peer Bork, Daniel R. Dietrich
Veröffentlicht in: Frontiers in Ecology and Evolution, Ausgabe 5, 2017, Seite(n) 1-11, ISSN 2296-701X
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fevo.2017.00137

Selective maternal seeding and environment shape the human gut microbiome

Autoren: Katri Korpela, Paul Costea, Luis Pedro Coelho, Stefanie Kandels-Lewis, Gonneke Willemsen, Dorret I. Boomsma, Nicola Segata, Peer Bork
Veröffentlicht in: Genome Research, Ausgabe 28/4, 2018, Seite(n) 561-568, ISSN 1088-9051
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.233940.117

Antibiotics-induced monodominance of a novel gut bacterial order

Autoren: Falk Hildebrand, Lucas Moitinho-Silva, Sonja Blasche, Martin T Jahn, Toni Ingolf Gossmann, Jaime Huerta-Cepas, Rajna Hercog, Mechthild Luetge, Mohammad Bahram, Anna Pryszlak, Renato J Alves, Sebastian M Waszak, Ana Zhu, Lumeng Ye, Paul Igor Costea, Steven Aalvink, Clara Belzer, Sofia K Forslund, Shinichi Sunagawa, Ute Hentschel, Christoph Merten, Kiran Raosaheb Patil, Vladimir Benes, Peer Bork
Veröffentlicht in: Gut, 2019, Seite(n) gutjnl-2018-317715, ISSN 0017-5749
Herausgeber: BMJ Publishing Group
DOI: 10.1136/gutjnl-2018-317715

Extensive impact of non-antibiotic drugs on human gut bacteria

Autoren: Lisa Maier, Mihaela Pruteanu, Michael Kuhn, Georg Zeller, Anja Telzerow, Exene Erin Anderson, Ana Rita Brochado, Keith Conrad Fernandez, Hitomi Dose, Hirotada Mori, Kiran Raosaheb Patil, Peer Bork, Athanasios Typas
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 555/7698, 2018, Seite(n) 623-628, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature25979

The Human Gut Microbiome: From Association to Modulation

Autoren: Thomas S.B. Schmidt, Jeroen Raes, Peer Bork
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 172/6, 2018, Seite(n) 1198-1215, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.02.044

iPath3.0: interactive pathways explorer v3

Autoren: Youssef Darzi, Ivica Letunic, Peer Bork, Takuji Yamada
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 46/W1, 2018, Seite(n) W510-W513, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky299

proGenomes: a resource for consistent functional and taxonomic annotations of prokaryotic genomes

Autoren: Daniel R. Mende, Ivica Letunic, Jaime Huerta-Cepas, Simone S. Li, Kristoffer Forslund, Shinichi Sunagawa, Peer Bork
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 45/D1, 2017, Seite(n) D529-D534, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkw989

Durable coexistence of donor and recipient strains after fecal microbiota transplantation

Autoren: Simone S. Li, Ana Zhu, Vladimir Benes, Paul I. Costea, Rajna Hercog, Falk Hildebrand, Jaime Huerta-Cepas, Max Nieuwdorp, Jarkko Salojärvi, Anita Y. Voigt, Georg Zeller, Shinichi Sunagawa, Willem M. de Vos, Peer Bork
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 352/6285, 2016, Seite(n) 586-589, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aad8852

Dispersal strategies shape persistence and evolution of gut bacteria

Autoren: Hildebrand, F., Gossmann, T.I., Frioux, C., Özkurt, E., Myers, P.N., Ferretti, P., Bahram, M., Nielsen, H.B. and Bork, P.
Veröffentlicht in: Cell Host & Microbe, 2021, ISSN 1934-6069
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2021.05.008

eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology resource based on 5090 organisms and 2502 viruses

Autoren: Huerta-Cepas, J.*, Szklarczyk, D.*, Heller, D., Hernandez-Plaza, A., Forslund, S.K., Cook, H., Mende, D., Letunic, I., Rattei, T., Jensen, L.J., von Mering, C. and Bork, P.
Veröffentlicht in: NAR, 2019, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford Academics
DOI: 10.1093/nar/gky1085

Disentangling the impact of environmental and phylogenetic constraints on prokaryotic within-species diversity

Autoren: Oleksandr M. Maistrenko, Daniel R. Mende, Mechthild Luetge, Falk Hildebrand, Thomas S. B. Schmidt, Simone S. Li, João F. Matias Rodrigues, Christian von Mering, Luis Pedro Coelho, Jaime Huerta-Cepas, Shinichi Sunagawa, Peer Bork
Veröffentlicht in: The ISME Journal, Ausgabe 14/5, 2020, Seite(n) 1247-1259, ISSN 1751-7362
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-020-0600-z

SMART: recent updates, new developments and status in 2020

Autoren: Ivica Letunic, Supriya Khedkar, Peer Bork
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 49/D1, 2020, Seite(n) D458-D460, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa937

metaSNV v2: detection of SNVs and subspecies in prokaryotic metagenomes

Autoren: Van Rossum, T., Costea, P., Paoli, L., Alves, R., Thielemann, R., Sunugava, S. and Bork., P.
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2022, ISSN 1460-2059
Herausgeber: oxford university press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab789

Newly designed 16S rRNA metabarcoding primers amplify diverse and novel archaeal taxa from the environment

Autoren: Mohammad Bahram, Sten Anslan, Falk Hildebrand, Peer Bork, Leho Tedersoo
Veröffentlicht in: Environmental Microbiology Reports, Ausgabe 11/4, 2019, Seite(n) 487-494, ISSN 1758-2229
Herausgeber: Wiley-Blackwell
DOI: 10.1111/1758-2229.12684

Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation

Autoren: Andrew Maltez Thomas, Paolo Manghi, Francesco Asnicar, Edoardo Pasolli, Federica Armanini, Moreno Zolfo, Francesco Beghini, Serena Manara, Nicolai Karcher, Chiara Pozzi, Sara Gandini, Davide Serrano, Sonia Tarallo, Antonio Francavilla, Gaetano Gallo, Mario Trompetto, Giulio Ferrero, Sayaka Mizutani, Hirotsugu Shiroma, Satoshi Shiba, Tatsuhiro Shibata, Shinichi Yachida, Takuji Yamada, Jakob Wirbel,
Veröffentlicht in: Nature Medicine, Ausgabe 25/4, 2019, Seite(n) 667-678, ISSN 1078-8956
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-019-0405-7

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