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FRET-based dynamic structural biology: Challenges, perspectives and an appeal for open-science practices

Auteurs: Eitan Lerner, Anders Barth, Jelle Hendrix, Benjamin Ambrose, Victoria Birkedal, Scott C Blanchard, Richard Börner, Hoi Sung Chung, Thorben Cordes, Timothy D Craggs, Ashok A Deniz, Jiajie Diao, Jingyi Fei, Ruben L Gonzalez, Irina V Gopich, Taekjip Ha, Christian A Hanke, Gilad Haran, Nikos S Hatzakis, Sungchul Hohng, Seok-Cheol Hong, Thorsten Hugel, Antonino Ingargiola, Chirlmin Joo, Achillefs N Ka
Publié dans: eLife, Numéro 10, 2021, Page(s) e60416, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.60416

Fundamental photophysics of isomorphic and expanded fluorescent nucleoside analogues

Auteurs: Dmytro Dziuba, Pascal Didier, Stefano Ciaco, Anders Barth, Claus A. M. Seidel, Yves Mély
Publié dans: Chemical Society Reviews, Numéro 50/12, 2021, Page(s) 7062-7107, ISSN 0306-0012
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1cs00194a

Single-molecule FRET reveals multiscale chromatin dynamics modulated by HP1α

Auteurs: Sinan Kilic, Suren Felekyan, Olga Doroshenko, Iuliia Boichenko, Mykola Dimura, Hayk Vardanyan, Louise C. Bryan, Gaurav Arya, Claus A. M. Seidel, Beat Fierz
Publié dans: Nature Communications, Numéro 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-02619-5

Precision and accuracy of single-molecule FRET measurements—a multi-laboratory benchmark study

Auteurs: Björn Hellenkamp, Sonja Schmid, Olga Doroshenko, Oleg Opanasyuk, Ralf Kühnemuth, Soheila Rezaei Adariani, Benjamin Ambrose, Mikayel Aznauryan, Anders Barth, Victoria Birkedal, Mark E. Bowen, Hongtao Chen, Thorben Cordes, Tobias Eilert, Carel Fijen, Christian Gebhardt, Markus Götz, Giorgos Gouridis, Enrico Gratton, Taekjip Ha, Pengyu Hao, Christian A. Hanke, Andreas Hartmann, Jelle Hendrix, Lass
Publié dans: Nature Methods, Numéro 15/9, 2018, Page(s) 669-676, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-018-0085-0

High precision FRET studies reveal reversible transitions in nucleosomes between microseconds and minutes

Auteurs: Alexander Gansen, Suren Felekyan, Ralf Kühnemuth, Kathrin Lehmann, Katalin Tóth, Claus A. M. Seidel, Jörg Langowski
Publié dans: Nature Communications, Numéro 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-06758-1

Combining Graphical and Analytical Methods with Molecular Simulations to Analyze Time-resolved FRET-measurements of Labeled Macromolecules Accurately

Auteurs: Thomas-Otavio Peulen, Oleg Opanasyuk, Claus A.M. Seidel
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry B, Numéro 121, 2017, Page(s) 8211-8241, ISSN 1520-6106
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.7b03441

Quantitative FRET studies and integrative modeling unravel the structure and dynamics of biomolecular systems

Auteurs: Mykola Dimura, Thomas O Peulen, Christian A Hanke, Aiswaria Prakash, Holger Gohlke, Claus AM Seidel
Publié dans: Current Opinion in Structural Biology, Numéro 40, 2016, Page(s) 163-185, ISSN 0959-440X
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2016.11.012

Dynamics of the nucleosomal histone H3 N-terminal tail revealed by high precision single-molecule FRET

Auteurs: Kathrin Lehmann, Suren Felekyan, Ralf Kühnemuth, Mykola Dimura, Katalin Tóth, Claus A M Seidel, Jörg Langowski
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 48/3, 2020, Page(s) 1551-1571, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz1186

Federating Structural Models and Data: Outcomes from A Workshop on Archiving Integrative Structures

Auteurs: Berman, H.M., Adams, P.D., Bonvin, A.A., Burley, S.K., Carragher, B., Chiu, W., DiMaio, F., Ferrin, T.E., Gabanyi, M.J., Goddard, T.D., Griffin, P.R., Haas, J., Hanke, C.A., Hoch, J.C., Hummer, G., Kurisu, G., Lawson, C.L., Leitner, A., Markley, J.L., Meiler, J., Montelione, G.T., Phillips, G.N., Prisner, T., Rappsilber, J., Schriemer, D.C., Schwede, T., Seidel, C. A. M., Strutzenberg, T.S., Sverg
Publié dans: Structure, Numéro 27, 2019, Page(s) 1745-1759, ISSN 0969-2126
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.str.2019.11.002

Specific Conformational Dynamics and Expansion Underpin a Multi-Step Mechanism for Specific Binding of p27 with Cdk2/Cyclin A

Auteurs: Maksym Tsytlonok, Katherina Hemmen, George Hamilton, Narendar Kolimi, Suren Felekyan, Claus A.M. Seidel, Peter Tompa, Hugo Sanabria
Publié dans: Journal of Molecular Biology, Numéro 432/9, 2020, Page(s) 2998-3017, ISSN 0022-2836
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2020.02.010

Integrative dynamic structural biology unveils conformers essential for the oligomerization of a large GTPase

Auteurs: Thomas-Otavio Peulen, Carola S. Hengstenberg, Ralf Biehl, Mykola Dimura, Charlotte Lorenz, Alessandro Valeri, Semra Ince, Tobias Vöpel, Bela Farago, Holger Gohlke, Johann Klare, Andreas M. Stadler, Claus A.M. Seidel, Christian Hermann
Publié dans: arXiv, 2020
Éditeur: arXiv.org

Unraveling multi-state molecular dynamics in single-molecule FRET experiments - Part I: Theory of FRET-lines

Auteurs: Anders Barth, Oleg Opanasyuk, Thomas-Otavio Peulen, Suren Felekyan, Stanislav Kalinin, Hugo Sanabria, Claus A.M. Seidel
Publié dans: arXiv, 2021
Éditeur: arXiv.org

FRET nanoscopy enables seamless imaging of molecular assemblies with sub-nanometer resolution

Auteurs: Jan-Hendrik Budde, Nicolaas van der Voort, Suren Felekyan, Julian Folz, Ralf Kühnemuth, Paul Lauterjung, Markus Köhler, Andreas Schönle, Julian Sindram, Marius Otten, Matthias Karg, Christian Herrmann, Anders Barth, Claus A. M. Seidel
Publié dans: arXiv, 2021
Éditeur: arXiv.org

Resolving dynamics and function of transient states in single enzyme molecules

Auteurs: Hugo Sanabria, Dmitro Rodnin, Katherina Hemmen, Thomas Peulen, Suren Felekyan, Mark R. Fleissner, Mykola Dimura, Felix Koberling, Ralf Kühnemuth, Wayne Hubbell, Holger Gohlke, Claus A.M. Seidel
Publié dans: 2018
Éditeur: arXiv.org

Dynamic anticipation by Cdk2/Cyclin A-bound p27 mediates signal integration in cell cycle regulation

Auteurs: Maksym Tsytlonok, Hugo Sanabria, Yuefeng Wang, Suren Felekyan, Katherina Hemmen, Aaron Phillips, Mi-Kyung Yun, Brett Waddell, Cheon-Gil Park, Sivaraja Vaithiyalingam, Luigi Iconaru, Stephen W. White, Peter Tompa, Claus A. M. Seidel, Richard Kriwacki
Publié dans: 2018
Éditeur: arXiv.org

Unraveling multi-state molecular dynamics in single-molecule FRET experiments - Part II: Quantitative analysis of multi-state kinetic networks

Auteurs: Oleg Opanasyuk, Anders Barth, Thomas-Otavio Peulen, Suren Felekyan, Stanislav Kalinin, Hugo Sanabria, Claus A.M. Seidel
Publié dans: arXiv, 2021
Éditeur: arXiv.org

Efficient FRET-assisted computational structural modelling

Auteurs: Mykola Dimura
Publié dans: 2020
Éditeur: Heinrich Heine University Duesseldorf

Accurate structural determination of biomolecules via single-molecule high-precision FRET measurements

Auteurs: Olga Doroshenko
Publié dans: 2019
Éditeur: Heinrich Heine University Duesseldorf

Mapping protein structure and dynamics by Förster Resonance Energy Transfer in vitro and in live cells

Auteurs: Thomas-Otavio Peulen
Publié dans: 2017
Éditeur: Heinrich Heine University Duesseldorf

Automated and optimally FRET-assisted structural modeling

Auteurs: Mykola Dimura, Thomas-Otavio Peulen, Hugo Sanabria, Dmitro Rodnin, Katherina Hemmen, Christian A. Hanke, Claus A. M. Seidel, Holger Gohlke
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-19023-1

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